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标题: 复杂网络实验六:SIR病毒传播模型(matlab) [打印本页]

作者: 杨利霞    时间: 2020-4-18 15:46
标题: 复杂网络实验六:SIR病毒传播模型(matlab)

0 L4 @9 _9 n4 a2 t; {' q! ~9 C6 n复杂网络实验六:SIR病毒传播模型(matlab)
1 a1 X( Z6 G! s8 Z4 V4 c一、SIR模型简介% F" }8 B' Z  K: b, n* z! G
' u6 _% n+ c3 P. t% g# k9 n1 k
在典型的传染病模型中,种群(Population)内的N个个体的状态可分为如下几类:- [7 j! s7 |1 {( K% |

8 V6 \. t( b3 p  L6 X9 Z(1)、易染状态S(Susceptible),即健康状态,可被感染的个体。9 H  I& u/ v6 E" d; \

, Y6 ^- t) f  M( C! d. r(2)、感染状态I(Infected),处于感染状态的个体还能够感染将康状态的个体。/ f' d% k) `& B& q  ]
& I# v. d0 y+ [. x9 I' _
(3)、移除状态R(Removed,Refractory or Recovered),也称为免疫状态和恢复状态。一个个体经历过一个完整的感染周期后,该个体就不再被感染,因此就可以不再考虑该个体。! c3 A: z% ~: q5 l9 J5 s
8 w2 d* }. y! o' W
另外还有病人的日接触率λ,日治愈率μ+ J9 k+ I! A5 D8 e( L

: L! J: B' c( q; N, K这个λ是针对于病人而言的,代表了一个病人接触多少个人。而可接触的人包括除自己以外的种群中的所有人。
3 Z2 ^) I4 N/ w" O4 q( [
$ e0 R2 {2 g9 X0 O1 A' G8 Atips:. X, S0 `2 }( h  Y

5 P/ K6 ~8 U5 O/ j1 Q1.初始时刻,只有少数个体处于感染状态,其他都是易染状态。$ v. S. V  t% L! J2 j, |& X

1 l. q* ^6 H/ }# F  N; l4 ~, z% O9 S2.假设病毒的时间尺度远小于个体生命周期,从而不考虑个体的出生和自然死亡。$ z0 ~6 U( D' J! G* D

  g9 i) f+ q7 a1 l3.一个基本假设是完全混合(Fully mixed),也就是说一个个体与其他个体接触的机会均等。  \) d! U) O7 v+ f
: O" ]: y8 l! y7 R& G
二、模型中涉及的方程# R3 x% V) j3 a+ @4 f) t4 I5 R
  j2 E8 n$ d) r2 s
1.S(t),I(t),R(t),N(t),N
+ z+ ]% y1 z( J7 N( a7 \6 N- h0 g) P3 p' Z9 Z8 {; j
S(t)的意思是第t天健康个体的数量,I(t)是第t天感染个体的数量,R(t)是第t天免疫个体的数量5 o% f9 e6 i" ^9 R$ @* n, O

4 z/ j- ?/ G( i6 e$ M7 `8 FN(t)是整个种群的数量,在假设情况下固定不变为N+ k" J0 l9 m/ {8 m$ E
8 R1 s/ }# e: B; \
1.png - c- s8 }4 q, j) D  Z, I
' L+ Q3 h9 U8 T
2.s(t),i(t),r(t)7 J1 C9 v4 R% p- W. Y) \( B

" w# `0 s+ S0 S* J9 S 2.png
. }8 ?8 t- `8 n% a6 g8 m4 W# ]. q: s1 l! S* L( q
由上方公式可以看出,s(t)的意思是t时刻健康个体占总个体的比例
/ B7 I# O' U. W, z# ~8 x' F/ L2 a; k0 N$ s; M1 ?3 T) P. C
3.关于S(t),I(t),R(t)的微分公式
  c  o% B0 F4 u1 C+ F7 r 3.png
3 X+ T1 j& \7 `# o
" T* n6 W# m5 H& Y/ G7 P; Z9 F$ w: D其中S随时间的变化率是这样理解的:
5 `7 w8 ?5 o/ o# S$ Q
+ h7 T6 h& O$ ?, c& l4 u- F1 J5 t0 \$ _. q: u- w
λ作用于S(t)和I(t),是一个病人的日接触率,这个病人可以接触健康人,也可以接触病人,但是接触病人不会导致S有变化,所以有效的变化是这个病人接触健康人。
/ D9 t" R: U0 I6 R- T( H
. T$ j2 Z) L8 p" X如果λ等于2,也就是说一个病人每天接触2个人,这两个人是不是病人不知道。4 u. p9 {$ y. v4 {3 p" V& M9 V
4 s7 u% x" L' }! O; r8 C
如果λ等于0.5,也就是说一个病人每天接触0.5个人(有0.5几率去接触人)
, Q+ i& L6 O& j- k& c3 o  s* r/ k9 @: R0 q* O" L* y9 c
那么λ×I(t)就是所有被接触的人的数量,要把里面有效的人拿出来; q. v; l$ k9 \7 Y( w1 _

! M) a) ]& u5 y. p# T有效的人的概率是S(t)/N。
2 q2 V' j) ]) n7 T. c0 h$ p$ W  k; \2 j9 r; \& U
这样应该能理解了吧,我理解这个公式用了好久好久,简直是一个傻吊。. G8 u/ l' c- V- P. ?( X+ L+ Z4 z3 `

1 C/ _8 t& @# G/ }/ ?( R* R, C0 h网上有的文章i(t)和I(t)不分,导致理解公式特别困难。
6 a5 P6 l& R/ ]) E8 {& v* o& }6 l$ g" Y* ~# {6 p6 W, w* p
最后作图都是用的i(t),s(t),r(t)随t的变化的图像,所以纵坐标是一个百分比。" R& y( f5 g1 o. Z, z+ d

/ v# n+ h& D8 U2 B3 {$ I( }. ]4.关于s(t),i(t),r(t)的微分公式' R: ^0 D8 n/ p+ [

7 w+ K7 C# I; n6 S# A4 N+ B 4.png
  p) I- b& W3 R& v! o, Z
0 X. \: q; b6 w! b7 u( M这里细致地做了微分公式的推导,方便大家理解$ V" y; a  }  f

8 f1 S) f, ^6 n( h; X2 `9 `三、具体模型8 M# B7 {  Z  r9 b7 e

8 C: V" L# O& l) |) ~' w1.sir.m 脚本1 l& x$ D# H8 I" [
5.png
) t3 j5 t' W( r% Cfunction y=sir(t,x)9 L6 q) k  T5 H" z% w, {
a=0.8;  %感染率0.8
8 h2 I" B% \/ Tb=0.2;  %治愈率0.2( N* |! p( A$ S
y=[-a*x(1)*x(2),a*x(1)*x(2)-b*x(2),b*x(2)]';' f1 f+ `, X" x+ {: R
%s变化率,i变化率,r变化率
2 G& C- {$ u9 T%通过这三个微分公式,求出s,i,r随着t的变化图像% a( r4 L* v. I3 k! _
2.实际运行脚本 sirrum.m
4 Z( Q% y9 i8 x3 m" E9 \ 6.png 2 u) U3 q" `* E' z. k7 U
[t,x]=ode45('sir',[0,50],[0.97 0.02 0.01]);
0 [* v. z  K' v0 Z& y, z%ode45参数:1.函数句柄or函数名 2.t的取值 3.3个y的初始值
5 G5 g( P7 l# R! T! E: m0 Y%ode45是用来求解常微分函数的方法
( N; [) O4 z) ^! f%原问题只知道变化率函数,这里求解原函数,用到该方法3 u# o# Z) K& m5 e* _) H
[t,x]   %不加封号,作输出用1 `( V8 k. G. K2 ?4 f
plot(t,x(:,1),'-',t,x(:,2),'*',t,x(:,3),'+')' W, a& @# `2 j  q% g1 j& g5 H9 _
四、小结- Y. a; K) y; z  O9 Q

/ k' W+ p% F( \# x* f* J4 U 7.png 0 h  O, a  _" y- z
/ e( q) s( j: o: X+ X5 U' I
搞了一下午才把那个公式看懂,网上的公式不好好说明清楚,很具有迷惑性,可能他们也没了解这个小写函数大写函数的区别。0 q% y  i6 C$ Y
8 |4 |& `) [( \  t* s
在豆瓣《猜想与反驳》一书底下评论中看到一句有趣的话,摘录如下:4 ]  b2 B7 W4 U3 n

9 v3 W# D9 w8 n* @' y每个知识分子都有一个很特殊的责任。
/ d( W* n+ T! w! ^% I
6 F0 d9 @9 P* \  n4 {" a9 u4 k他拥有学习的特权和机会。
- e- _, `- j: F$ ^$ ?& [* j8 `6 d# y# n" M% Q4 [+ B( I. Q/ O
作为回报,他对于同胞(或对于社会)有责任尽可能简单,清楚,谦虚地描述他的研究结果。
3 B0 f- w# X( u0 h$ e7 c7 q4 _
4 _8 Q0 W% T, m, L& l知识分子所做的最糟的事情(主要罪过)是,  }/ j9 M! H+ e
- P/ j5 |: z2 {$ B5 M
试图对同胞自命为伟大的预言家,给他们留下令人迷惑的哲学的印象。2 ]7 r$ B: H$ Y; E0 ]8 z5 `6 H
3 ]  ~& f. I, h4 s, Q1 f' m
任何不能简单,清楚地讲话的人最应住口,继续下写功夫,直至能这样做为止。
* l; v  |9 J* N  Z" U  U
. G4 R& J% C' t4 i% j  B所以,有什么问题都可以问我,如果我能帮你的话,虽然我也是一只很菜的菜鸟........
' F" q6 s6 n. o; _, v————————————————
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: H+ ]7 O. L# Q: y0 W
* }, z: c9 q4 ]+ b6 c1 w

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4.png


作者: 2863358207    时间: 2020-4-18 15:50
总结的太好了,我微分方程就是会建立,但是不会编程,感动哭了. |1 Q; r0 Z& R  d5 g& r

作者: FMLXQLJN    时间: 2020-4-18 16:03
你写的很详细,很棒
, j4 [* g1 ^# a
作者: nmslaaaaaa    时间: 2020-5-11 10:52
这个没考虑潜伏期的
8 E+ X  M, J1 J3 j+ L: B




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