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标题: python 解决层次聚类 [打印本页]

作者: 2744557306    时间: 2024-3-21 10:54
标题: python 解决层次聚类
层次聚类(Hierarchical Clustering)是一种常见的聚类算法,它将数据点分层次地组织成树状结构,形成一个聚类的层次结构。该算法不需要预先指定要形成的聚类数量,而是根据数据的相似性度量逐步合并最相似的数据点或聚类,直到形成一个包含所有数据点的聚类或满足某个停止条件。
# i5 V6 j& [9 K8 ]- Z/ G+ M层次聚类算法可以分为两个主要类型:凝聚型(Agglomerative)和分裂型(Divisive)。0 T. o- k& Y& j* l
凝聚型层次聚类(自底向上)的工作流程如下:. g: I1 \" Q+ T( [9 c# i* W

! I" R& p3 x5 q: t6 f+ D1.将每个数据点视为一个初始聚类。
% L9 Y9 w6 E0 O, R' v# |5 @2.计算所有聚类之间的相似性或距离度量。
9 U9 O! }/ \. Z2 i& v/ E3.合并距离最近的两个聚类形成一个新的聚类,更新相似性矩阵。
8 q8 A0 J# s+ `" [( Q/ l' U. f# B3 E2 _4.重复步骤 3,直到满足停止条件,例如达到指定的聚类数量或某个相似性阈值。+ ^5 A4 Y; t* m6 t& `0 t' t- i& y. C
5.最终的层次聚类结果可以表示为树状的聚类结构(树状图或树状图谱),也可以通过截断树状图来获得特定数量的聚类。
. l" k5 K. m4 ?% W0 F; _. l+ i; [" ^$ O3 u% @% ?5 r) {) }/ l* ~
分裂型层次聚类(自顶向下)与凝聚型相反,它从一个包含所有数据点的初始聚类开始,然后递归地分裂聚类,直到形成单个数据点作为一个独立的聚类。
9 O" p- C7 Q. ?9 x0 v( a; U层次聚类算法的优点包括不需要预先指定聚类数量、能够提供层次结构的聚类结果以及可以使用不同的相似度度量方法。然而,该算法的计算复杂度较高,尤其在大规模数据集上运行时可能不太高效。& r* G6 ~) ~' n* S! @3 h$ f
在Python中,你可以使用scikit-learn库中的AgglomerativeClustering类来实现凝聚型层次聚类算法。该类提供了灵活的参数设置,例如聚类的链接类型、距离度量方法等。
5 |5 f. [: f  h+ x0 k/ a) ]8 F解释代码的含义:
) B+ H; }- c) g; mimport numpy as np( |. j5 O  ]4 L
import pandas as pd
" g& y+ s" I# U& |, E& Jimport scipy.cluster.hierarchy as sch
2 |2 Z* Z% f1 B$ O1 p% ?2 `8 o
7 ~" o7 ^) J$ ?1 m3 A9 S这些是导入所需的库。numpy用于数值计算,pandas用于数据处理,scipy.cluster.hierarchy提供了层次聚类的功能。
! ?  C# `8 N  K5 D& kdf = pd.DataFrame({
8 n) W9 k/ W- v5 j; P    'Cu': [2.9909, 3.2044, 2.8392, 2.5315, 2.5897, 2.9600, 3.1184],
* \2 f  F: R  v4 e9 e    'W': [.3111, .5348, .5696, .4528, .3010, 3.0480, 2.8395],2 E* ]: o( g. K* X
    'Mo': [.5324, .7718, .7614, .4893, .2735, 1.4997, 1.9350],. F" F1 Y% b" D3 V# B" l
})* x1 X2 E/ f7 s4 N+ |. H4 n, m
: |6 Y0 Y$ H4 N# l; I8 h/ M4 r
这里创建了一个DataFrame对象df,其中包含了三列数据:'Cu'、'W'和'Mo'。每一列代表了一个属性,每行代表一个样本点。( A6 V0 z6 n& O, [% f4 Z1 E  I' @
dist = sch.distance.pdist(df)9 `9 @7 @% U7 T" o  g

- g( k% a4 }% c* `- F这行代码使用scipy.cluster.hierarchy中的pdist函数计算数据帧df中样本点之间的距离。函数返回一个一维数组,该数组包含了所有样本点之间的距离。, \. j( k$ C3 W
dist_mat = sch.distance.squareform(dist)
2 X- l; O  f* B3 D+ H1 G
- c* w, M# N' ]8 O9 G0 C: y1 O这行代码使用scipy.cluster.hierarchy中的squareform函数将一维数组形式的距离转换为方阵形式的距离矩阵。距离矩阵是一个对称矩阵,其中每个元素表示对应样本点之间的距离。4 A& U1 b  t8 y0 U" h9 U$ Q7 Y
z = sch.linkage(dist)& F4 c+ I: e! @
/ ]& Z2 H; C8 V8 w7 F+ q7 P
这行代码使用scipy.cluster.hierarchy中的linkage函数进行层次聚类。函数接受距离矩阵作为输入,并基于距离计算样本点之间的相似性。这里使用默认的'single'链接方法,即使用最近邻距离作为聚类相似性的衡量。
6 e* ^8 J+ C( K, t% ^% esch.dendrogram(z)  d) H0 X& C. z2 b

, b8 A! J/ g2 T( o" K0 ?/ B/ n这行代码使用scipy.cluster.hierarchy中的dendrogram函数绘制树状图。函数接受聚类的连接矩阵z作为输入,并根据聚类的合并信息绘制树状图。树状图展示了每个样本点和聚类之间的层次关系。5 K# _- L" v0 e
希望这个逐行解释对你有帮助!如果你还有其他问题,请随时提问。# g  }- R: K2 Y, J. \2 z

- ]. P6 y& f' G9 O/ o& ?- B; U% x* b8 f# N) l! i

! C% I& L) h* `5 A0 O: N: f

29.hierarchical_clustering.py

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