与大稀疏矩阵的计算有关的内存错误问题

℡oメ心情浪子o

    从文件导入数据建立一个大于10000*5000的稀疏矩阵，然后用corrcoef()计算相关系数时，刚开始就不能跑起来，直接显示 out of memort，后来通过开启3G模式之后可以跑起来，但是跑了大概40分分钟之后显示相同的错误，错误信息如下：
  U! Y  b" u5 S) Iaaa=corrcoef(B)
Error using  ./
+ H. |& ^  @, i1 z- W3 {4 dOut of memory. Type HELP MEMORY for your options.


Error in cov (line 97)
    xy = (xc' * xc) / (m-1);
5 K9 K8 E4 b: h' h% l! `* n
$ c2 Q. R& }1 D- y; c+ C$ ^
  v5 f  _! d+ H! O' Z* MError in corrcoef>correl (line 209)
3 B; A, O, x: ?) g* Xr = cov(x);
* }5 {! u+ u' H

Error in corrcoef (line 92)
7 f! i3 A' R' i" w) h# J% t' h# H" x3 m" S   r = correl(x);
怎么破，求大神！
: s* {; L" L+ M# p4 }. z

madio

这个问题我觉得既然3G模式可以跑起来，说明这个矩阵可以放进去了，但是跑了一段时间出现内存不足，说明中间变量过多了，我建议你不要用这个函数来求相关系数矩阵，毕竟这个相关系数矩阵数学上的算法很明确，你编一个循环程序来计算，每次只调用两个向量，用完了这个空间就被下一组向量占用，这样会省很大的空间。不要只依赖函数

madio

转一篇别人写的过于内存溢出问题的文章，里面介绍了一些基本的方法。
MATLAB程序碰到OUT OF MEMORY的问题

matlab程序碰到out of memory的问题真是让人崩溃的一件事情，程序是别人的，不能做大的改动，只能想办法增加内存。别人总结的可用的方法有：

1. 增加虚拟内存：右击我的电脑—属性--高级--性能设置--高级--虚拟内存更改，按自己电脑的硬盘在自定义大小里设置数字，然后再按设置-确定，然后重启。否则更改无效。

对XP，我发现即使增大虚拟内存到4G, matlab可用虚拟内存仍只有2G。仍然out of memory.
7 q1 W- s& F( r; K2 Y

>> feature('memstats')
Physical Memory (RAM):
In Use:                              611 MB (26364000)
Free:                               1428 MB (59418000)
% G  }+ s9 o9 h% sTotal:                              2039 MB (7f77c000)
6 p! ~& u: x2 }( o5 B/ g; Y4 sPage File (Swap space):
In Use:                              470 MB (1d628000)
Free:                               4481 MB (118156000)
7 X( A3 t; m3 ?' J: S0 j  BTotal:                              4951 MB (13577e000)
  ?- e  z/ y6 }! u9 m' W3 b5 EVirtual Memory (Address Space):
- J- }* a; B3 w2 iIn Use:                              400 MB (190d3000)
Free:                               1647 MB (66f0d000)
1 Q9 H0 {, n6 e/ h! e1 kTotal:                              2047 MB (7ffe0000)
8 l( Z( q/ ^% HLargest Contiguous Free Blocks:
1. [at 20017000]                    675 MB (2a3f9000)
4 e' r& ^, V0 s  a2. [at 4b033000]                    253 MB ( fd8d000)
  k1 h/ e7 s+ ]& n3. [at 18010000]                    127 MB ( 7ff0000)
5 X; p2 P5 A0 G1 x3 ~- V4. [at 68ff7000]                     64 MB ( 4009000)
5. [at 6d7c5000]                     56 MB ( 389b000)
6. [at 62c29000]                     50 MB ( 3207000)
' l4 p& g5 y2 L  O  p7. [at  d330000]                     44 MB ( 2ca0000)
8. [at 663dd000]                     41 MB ( 2983000)
" B% v" I! i" t. f, }9. [at 60809000]                     36 MB ( 2417000)
- P% R8 ?0 J5 a  f  _7 l10. [at 5adf7000]                     35 MB ( 2379000)
======= ==========
1385 MB (569d4000)

对Vista系统，可能是因为我在第四步设置了命令3GB switche：可用最大虚拟内存是3G

>> feature('memstats')

Physical Memory (RAM):
In Use:                             1082 MB (43a3a000)
8 I- i" ]/ X3 f5 F  h! M6 @1 uFree:                               1467 MB (5bb96000)
Total:                              2549 MB (9f5d0000)
Page File (Swap space):
In Use:                             1227 MB (4cbe3000)
6 {6 U; z0 X0 cFree:                               5315 MB (14c36e000)
5 a  ?3 H$ v& ~$ Y: \( \. DTotal:                              6543 MB (198f51000)
7 M' j2 a& x) ]! W( b# {Virtual Memory (Address Space):
In Use:                              501 MB (1f5bf000)
% d; i; |% [1 g6 @5 F4 t" n0 MFree:                               2570 MB (a0a21000)
. U8 U6 \8 w5 Z7 ?0 Z6 f) E, Z" _Total:                              3071 MB (bffe0000)
/ n: r/ r) c" v( o* uLargest Contiguous Free Blocks:
9 S# [# C- s$ e0 S& H! o/ f9 T1. [at 1b010000]                   1074 MB (432d0000)
2. [at 7fff0000]                   1023 MB (3ff9c000)
6 O) W! o8 j7 t3 m7 N0 I. H3. [at 5e302000]                    227 MB ( e32e000)
" C, H1 Q+ C7 L4 }* Q* G4. [at 7c41b000]                     50 MB ( 32d5000)
5. [at 6d857000]                     30 MB ( 1e09000)
& F* s; q- Q! G; ~8 d6. [at 6f66b000]                     21 MB ( 1595000)
) K1 T( ~- X- k9 _+ ~7. [at 715c3000]                     20 MB ( 149d000)
0 Z" I' |4 j- X0 v8. [at 7a038000]                     18 MB ( 12f8000)
9. [at 739a6000]                     17 MB ( 114a000)
5 a. s7 K- o$ y: O9 P10. [at 70c41000]                      9 MB (  94f000)
======= ==========
  H3 V' B+ D: S2494 MB (9be3b000)

2. 采用PACK： 试了不管用

2 C. D: Y0 A3 g/ w0 e7 @3. 条件允许的话采用64位系统：32位免谈

4. 采用3GB switch： 由于32位 Windows 操作系统的限制，每个进程只能使用最多 2GB 的虚拟内存地址空间，因此 Matlab 的可分配内存也受到相应的限制。Matlab 7.0.1 引进了新的内存管理机制，可以利用 Windows 的 3GB 开关，使用 3GB 开关启动的 Windows 每个进程可以在多分配 1 GB 的虚拟地址空间。我的笔记本是vista系统，台式机是XP系统。

1）对vista系统：Bcdedit 位于X:\Windows\system32\ "X:"为安装Vista的盘符，利用Bcdedit命令，可以自定义你的Vista启动管理项。使用命令: BCDEdit /set increaseuserva 3072 ，DOS界面显示操作成功，注意虚拟内存应设成大于3G，否则内存分配<3G。可在matlab里使用 system_dependent memstats或feature('memstats')命令查询。

2）对XP：右键单击我的电脑--->>属性--->>高级--->>启动和故障修复--->>设置--->>编辑--->>将最后一行multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS="Microsoft Windows XP Professional" 复制，在下一行粘贴，并将粘贴一行改为： multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS="Microsoft Windows XP Professional with 3GB switche" /3gb --->>存储--->>确定--->>重新启动计算机--->>在显示选择操作系统时，选择带有 3GB switche的一项--->>打开matlab。可是我设置完重启计算机，选择3GB switche的一项时，显示lsass.exe 应用程序错误，无法登陆！看来我的XP系统不支持3GB switche模式登录，因此matlab的可用虚拟内存不会超过2G。

( I; p6 Z2 Z( f3 V5. 优化程序，减少变量

6. 如果必有必要，不要启动java虚拟机，采用matlab -nojvm启动

" S2 f. F# f4 z5 ^! H6 f7 x, Y5 S1 L7. 关闭Matlab Server

6 }4 J$ i, y& |
5 H7 r1 w  E6 l& v6 o

℡oメ心情浪子o

madio 发表于 2013-10-3 18:16
转一篇别人写的过于内存溢出问题的文章，里面介绍了一些基本的方法。
MATLAB程序碰到OUT OF MEMORY的问题m ...

$ e# T* ^" j8 I! i' p# ^0 N十分谢谢。。