与大稀疏矩阵的计算有关的内存错误问题

℡oメ心情浪子o

    从文件导入数据建立一个大于10000*5000的稀疏矩阵，然后用corrcoef()计算相关系数时，刚开始就不能跑起来，直接显示 out of memort，后来通过开启3G模式之后可以跑起来，但是跑了大概40分分钟之后显示相同的错误，错误信息如下：
7 p6 ?& f- x8 X/ [- s/ |' }7 Laaa=corrcoef(B)
3 r) p/ l# |2 ^( N7 h" \Error using  ./
; v; G* k! A' r" N! @Out of memory. Type HELP MEMORY for your options.


+ _# ^1 ~9 S) z2 n3 M+ w* b) Q1 Z6 d, WError in cov (line 97)
    xy = (xc' * xc) / (m-1);
" u- F/ x% ~' d

Error in corrcoef>correl (line 209)
4 R' K" G4 Q1 w; _r = cov(x);
. J1 `; |$ O$ }' A/ y3 K$ i7 x
8 ~/ I! `. T/ E* f9 X4 F# B# t
% Q( \% M! P- p7 kError in corrcoef (line 92)
   r = correl(x);
怎么破，求大神！

madio

这个问题我觉得既然3G模式可以跑起来，说明这个矩阵可以放进去了，但是跑了一段时间出现内存不足，说明中间变量过多了，我建议你不要用这个函数来求相关系数矩阵，毕竟这个相关系数矩阵数学上的算法很明确，你编一个循环程序来计算，每次只调用两个向量，用完了这个空间就被下一组向量占用，这样会省很大的空间。不要只依赖函数

madio

转一篇别人写的过于内存溢出问题的文章，里面介绍了一些基本的方法。
MATLAB程序碰到OUT OF MEMORY的问题

matlab程序碰到out of memory的问题真是让人崩溃的一件事情，程序是别人的，不能做大的改动，只能想办法增加内存。别人总结的可用的方法有：

1. 增加虚拟内存：右击我的电脑—属性--高级--性能设置--高级--虚拟内存更改，按自己电脑的硬盘在自定义大小里设置数字，然后再按设置-确定，然后重启。否则更改无效。

对XP，我发现即使增大虚拟内存到4G, matlab可用虚拟内存仍只有2G。仍然out of memory.

>> feature('memstats')
+ P7 t! g- Q6 b0 T9 t% M4 UPhysical Memory (RAM):
In Use:                              611 MB (26364000)
Free:                               1428 MB (59418000)
Total:                              2039 MB (7f77c000)
3 v9 u# v! K% a; IPage File (Swap space):
# P, v2 I5 b" ZIn Use:                              470 MB (1d628000)
Free:                               4481 MB (118156000)
: @/ k7 g" d- b6 j' Q9 tTotal:                              4951 MB (13577e000)
Virtual Memory (Address Space):
1 a5 }% [. D+ V& bIn Use:                              400 MB (190d3000)
Free:                               1647 MB (66f0d000)
Total:                              2047 MB (7ffe0000)
Largest Contiguous Free Blocks:
# A7 f5 W  l, Q1. [at 20017000]                    675 MB (2a3f9000)
2. [at 4b033000]                    253 MB ( fd8d000)
3. [at 18010000]                    127 MB ( 7ff0000)
4. [at 68ff7000]                     64 MB ( 4009000)
5. [at 6d7c5000]                     56 MB ( 389b000)
6. [at 62c29000]                     50 MB ( 3207000)
7. [at  d330000]                     44 MB ( 2ca0000)
8. [at 663dd000]                     41 MB ( 2983000)
9. [at 60809000]                     36 MB ( 2417000)
6 T) @7 h6 d/ f* |+ _# D10. [at 5adf7000]                     35 MB ( 2379000)
======= ==========
1385 MB (569d4000)

对Vista系统，可能是因为我在第四步设置了命令3GB switche：可用最大虚拟内存是3G

>> feature('memstats')
9 I) Z2 V" g! v. N/ Z$ Y
+ h( x4 A4 T" T. [Physical Memory (RAM):
2 }6 A6 @: Z9 m" z) [  K+ jIn Use:                             1082 MB (43a3a000)
4 m4 Q# R. s. m3 aFree:                               1467 MB (5bb96000)
. g3 G+ p& U* j# H2 TTotal:                              2549 MB (9f5d0000)
Page File (Swap space):
" W( Y* z% E& ~In Use:                             1227 MB (4cbe3000)
% b' R  O: L( R: }# jFree:                               5315 MB (14c36e000)
Total:                              6543 MB (198f51000)
5 u$ r% c6 |) V- J% p0 W( m; eVirtual Memory (Address Space):
In Use:                              501 MB (1f5bf000)
- P6 _1 h( y6 b, n; SFree:                               2570 MB (a0a21000)
6 o! T1 B7 ~. m2 c; ~: MTotal:                              3071 MB (bffe0000)
Largest Contiguous Free Blocks:
0 ^: x& n# j/ e$ Z& k$ M1. [at 1b010000]                   1074 MB (432d0000)
2. [at 7fff0000]                   1023 MB (3ff9c000)
4 m" e- w( z9 `: i4 K7 E( P9 g3. [at 5e302000]                    227 MB ( e32e000)
4. [at 7c41b000]                     50 MB ( 32d5000)
5 }9 U" b) [6 v5 @. Q5. [at 6d857000]                     30 MB ( 1e09000)
' d; i% T& Z8 V, {, z" Q; k6. [at 6f66b000]                     21 MB ( 1595000)
. K2 G8 I. P) Y4 h* R7. [at 715c3000]                     20 MB ( 149d000)
4 @0 k5 t- V2 T0 E) `( w* h; `8. [at 7a038000]                     18 MB ( 12f8000)
* _1 Q2 t! _% @2 F6 A9. [at 739a6000]                     17 MB ( 114a000)
10. [at 70c41000]                      9 MB (  94f000)
======= ==========
2494 MB (9be3b000)

2. 采用PACK： 试了不管用

, s- g8 J' T7 Q- i' e" {3. 条件允许的话采用64位系统：32位免谈

4. 采用3GB switch： 由于32位 Windows 操作系统的限制，每个进程只能使用最多 2GB 的虚拟内存地址空间，因此 Matlab 的可分配内存也受到相应的限制。Matlab 7.0.1 引进了新的内存管理机制，可以利用 Windows 的 3GB 开关，使用 3GB 开关启动的 Windows 每个进程可以在多分配 1 GB 的虚拟地址空间。我的笔记本是vista系统，台式机是XP系统。

1）对vista系统：Bcdedit 位于X:\Windows\system32\ "X:"为安装Vista的盘符，利用Bcdedit命令，可以自定义你的Vista启动管理项。使用命令: BCDEdit /set increaseuserva 3072 ，DOS界面显示操作成功，注意虚拟内存应设成大于3G，否则内存分配<3G。可在matlab里使用 system_dependent memstats或feature('memstats')命令查询。

2）对XP：右键单击我的电脑--->>属性--->>高级--->>启动和故障修复--->>设置--->>编辑--->>将最后一行multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS="Microsoft Windows XP Professional" 复制，在下一行粘贴，并将粘贴一行改为： multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS="Microsoft Windows XP Professional with 3GB switche" /3gb --->>存储--->>确定--->>重新启动计算机--->>在显示选择操作系统时，选择带有 3GB switche的一项--->>打开matlab。可是我设置完重启计算机，选择3GB switche的一项时，显示lsass.exe 应用程序错误，无法登陆！看来我的XP系统不支持3GB switche模式登录，因此matlab的可用虚拟内存不会超过2G。

5. 优化程序，减少变量

6. 如果必有必要，不要启动java虚拟机，采用matlab -nojvm启动

* X2 A9 O9 C9 m' b% E2 x4 q: f7. 关闭Matlab Server

; {: _( w4 X1 X. ~% u4 g+ d

℡oメ心情浪子o

madio 发表于 2013-10-3 18:16
( m, F4 K5 B+ Q转一篇别人写的过于内存溢出问题的文章，里面介绍了一些基本的方法。
9 @+ C7 i0 M+ P: G/ N( ~& T+ ]; `MATLAB程序碰到OUT OF MEMORY的问题m ...

十分谢谢。。