与大稀疏矩阵的计算有关的内存错误问题

℡oメ心情浪子o

    从文件导入数据建立一个大于10000*5000的稀疏矩阵，然后用corrcoef()计算相关系数时，刚开始就不能跑起来，直接显示 out of memort，后来通过开启3G模式之后可以跑起来，但是跑了大概40分分钟之后显示相同的错误，错误信息如下：
aaa=corrcoef(B)
Error using  ./
8 h/ ^. K: W7 |/ d- p3 @+ J! ^Out of memory. Type HELP MEMORY for your options.
: \. x% N8 z. e  u+ ]: `) n
5 s9 V! d/ L- L: A& L
Error in cov (line 97)
. c+ d( l' z2 S# J5 C9 C9 y( L    xy = (xc' * xc) / (m-1);
: p. x2 `0 j) y% {7 u: O1 b
2 n: c8 E. e6 V' B+ N& ?7 N
; n4 V5 S' R; p  _5 E! L% |Error in corrcoef>correl (line 209)
; p6 c# t$ @8 ?4 ]! Mr = cov(x);
8 L- Y$ c$ u2 `

Error in corrcoef (line 92)
   r = correl(x);
怎么破，求大神！

madio

这个问题我觉得既然3G模式可以跑起来，说明这个矩阵可以放进去了，但是跑了一段时间出现内存不足，说明中间变量过多了，我建议你不要用这个函数来求相关系数矩阵，毕竟这个相关系数矩阵数学上的算法很明确，你编一个循环程序来计算，每次只调用两个向量，用完了这个空间就被下一组向量占用，这样会省很大的空间。不要只依赖函数

madio

转一篇别人写的过于内存溢出问题的文章，里面介绍了一些基本的方法。
MATLAB程序碰到OUT OF MEMORY的问题

matlab程序碰到out of memory的问题真是让人崩溃的一件事情，程序是别人的，不能做大的改动，只能想办法增加内存。别人总结的可用的方法有：

1. 增加虚拟内存：右击我的电脑—属性--高级--性能设置--高级--虚拟内存更改，按自己电脑的硬盘在自定义大小里设置数字，然后再按设置-确定，然后重启。否则更改无效。

对XP，我发现即使增大虚拟内存到4G, matlab可用虚拟内存仍只有2G。仍然out of memory.

>> feature('memstats')
Physical Memory (RAM):
In Use:                              611 MB (26364000)
Free:                               1428 MB (59418000)
Total:                              2039 MB (7f77c000)
+ E( s( M, [: q7 ?Page File (Swap space):
+ z" n) S) b% d/ q8 J% ?In Use:                              470 MB (1d628000)
. ?0 l: a. O" ~) B5 ~& m6 lFree:                               4481 MB (118156000)
  m8 x. e. b" n( XTotal:                              4951 MB (13577e000)
Virtual Memory (Address Space):
5 }4 t4 m/ Z- j. I8 kIn Use:                              400 MB (190d3000)
7 _; p7 \( h% t- e6 {Free:                               1647 MB (66f0d000)
) F% c  A8 L1 N: Z4 T6 |Total:                              2047 MB (7ffe0000)
Largest Contiguous Free Blocks:
1 g, T/ z/ @, `- M2 z  F1. [at 20017000]                    675 MB (2a3f9000)
2. [at 4b033000]                    253 MB ( fd8d000)
! W# N5 g- p* T" G) U) o( n3. [at 18010000]                    127 MB ( 7ff0000)
7 B: P- }' C, M" Z: K4 ?1 N6 {4. [at 68ff7000]                     64 MB ( 4009000)
& W4 K& }0 e9 C& ]5. [at 6d7c5000]                     56 MB ( 389b000)
' Z  ^7 C* A$ W9 B% R6. [at 62c29000]                     50 MB ( 3207000)
2 l; W  B0 l! k/ q6 \" F7. [at  d330000]                     44 MB ( 2ca0000)
1 n) C* I5 ?4 g, `8. [at 663dd000]                     41 MB ( 2983000)
9. [at 60809000]                     36 MB ( 2417000)
10. [at 5adf7000]                     35 MB ( 2379000)
======= ==========
7 U1 X; c5 M2 b+ f/ K  b; _) l1385 MB (569d4000)

对Vista系统，可能是因为我在第四步设置了命令3GB switche：可用最大虚拟内存是3G

>> feature('memstats')

4 u1 ?# M7 D( ^8 E* R# F) r/ @Physical Memory (RAM):
In Use:                             1082 MB (43a3a000)
Free:                               1467 MB (5bb96000)
. G' R8 B) V/ Z3 E+ S$ dTotal:                              2549 MB (9f5d0000)
Page File (Swap space):
' }2 Q$ f" y4 D  hIn Use:                             1227 MB (4cbe3000)
! u0 E/ {7 o$ N. qFree:                               5315 MB (14c36e000)
Total:                              6543 MB (198f51000)
Virtual Memory (Address Space):
. H; K8 F6 x# |+ H, I; u4 jIn Use:                              501 MB (1f5bf000)
Free:                               2570 MB (a0a21000)
Total:                              3071 MB (bffe0000)
Largest Contiguous Free Blocks:
1. [at 1b010000]                   1074 MB (432d0000)
2. [at 7fff0000]                   1023 MB (3ff9c000)
& X8 h- I# C) Y& D# M, f3. [at 5e302000]                    227 MB ( e32e000)
$ \3 i$ g) {' b6 R- O9 u* ?4. [at 7c41b000]                     50 MB ( 32d5000)
3 _" r$ E6 n7 o0 g  l) l5. [at 6d857000]                     30 MB ( 1e09000)
  \! Q) A/ @" p0 x0 q! f6. [at 6f66b000]                     21 MB ( 1595000)
: G! d9 {! D- X7 j0 R7. [at 715c3000]                     20 MB ( 149d000)
, {9 W( l& f- Q  K2 D3 c; l8. [at 7a038000]                     18 MB ( 12f8000)
9. [at 739a6000]                     17 MB ( 114a000)
; t9 E' N$ N& M% ~10. [at 70c41000]                      9 MB (  94f000)
======= ==========
; E2 O- q" {* C! G2494 MB (9be3b000)

2. 采用PACK： 试了不管用

; Z5 S: h9 r: I1 ~- t4 Q: ^( B3. 条件允许的话采用64位系统：32位免谈

4. 采用3GB switch： 由于32位 Windows 操作系统的限制，每个进程只能使用最多 2GB 的虚拟内存地址空间，因此 Matlab 的可分配内存也受到相应的限制。Matlab 7.0.1 引进了新的内存管理机制，可以利用 Windows 的 3GB 开关，使用 3GB 开关启动的 Windows 每个进程可以在多分配 1 GB 的虚拟地址空间。我的笔记本是vista系统，台式机是XP系统。

1）对vista系统：Bcdedit 位于X:\Windows\system32\ "X:"为安装Vista的盘符，利用Bcdedit命令，可以自定义你的Vista启动管理项。使用命令: BCDEdit /set increaseuserva 3072 ，DOS界面显示操作成功，注意虚拟内存应设成大于3G，否则内存分配<3G。可在matlab里使用 system_dependent memstats或feature('memstats')命令查询。

2）对XP：右键单击我的电脑--->>属性--->>高级--->>启动和故障修复--->>设置--->>编辑--->>将最后一行multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS="Microsoft Windows XP Professional" 复制，在下一行粘贴，并将粘贴一行改为： multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS="Microsoft Windows XP Professional with 3GB switche" /3gb --->>存储--->>确定--->>重新启动计算机--->>在显示选择操作系统时，选择带有 3GB switche的一项--->>打开matlab。可是我设置完重启计算机，选择3GB switche的一项时，显示lsass.exe 应用程序错误，无法登陆！看来我的XP系统不支持3GB switche模式登录，因此matlab的可用虚拟内存不会超过2G。

5. 优化程序，减少变量

  h/ W3 t2 g# _( S* V% h6. 如果必有必要，不要启动java虚拟机，采用matlab -nojvm启动

7. 关闭Matlab Server

7 }! a: |- J* G) B

℡oメ心情浪子o

madio 发表于 2013-10-3 18:16
转一篇别人写的过于内存溢出问题的文章，里面介绍了一些基本的方法。
2 x6 J: F' q; [MATLAB程序碰到OUT OF MEMORY的问题m ...

6 G7 \4 L! N2 |  k9 N7 G( I6 T十分谢谢。。