与大稀疏矩阵的计算有关的内存错误问题

℡oメ心情浪子o

    从文件导入数据建立一个大于10000*5000的稀疏矩阵，然后用corrcoef()计算相关系数时，刚开始就不能跑起来，直接显示 out of memort，后来通过开启3G模式之后可以跑起来，但是跑了大概40分分钟之后显示相同的错误，错误信息如下：
aaa=corrcoef(B)
Error using  ./
6 D4 z9 [( _, s( j$ q1 B+ W* oOut of memory. Type HELP MEMORY for your options.

: j, L) k+ Q' F7 p0 m1 k0 y
; n9 Q' l; \8 }+ I- ]: _; Z0 }5 LError in cov (line 97)
" F  }* }, s% v" l    xy = (xc' * xc) / (m-1);


Error in corrcoef>correl (line 209)
r = cov(x);
5 U1 w5 k# P% z! f3 d

6 O* C" u" i% B) }. f" W* RError in corrcoef (line 92)
' ^7 b4 R9 C" D. m, s* Z$ _   r = correl(x);
, n: P5 s3 l) c" _) X怎么破，求大神！

madio

这个问题我觉得既然3G模式可以跑起来，说明这个矩阵可以放进去了，但是跑了一段时间出现内存不足，说明中间变量过多了，我建议你不要用这个函数来求相关系数矩阵，毕竟这个相关系数矩阵数学上的算法很明确，你编一个循环程序来计算，每次只调用两个向量，用完了这个空间就被下一组向量占用，这样会省很大的空间。不要只依赖函数

madio

转一篇别人写的过于内存溢出问题的文章，里面介绍了一些基本的方法。
. Z& d5 T! T+ a1 o( x: Z" h& Y) yMATLAB程序碰到OUT OF MEMORY的问题

matlab程序碰到out of memory的问题真是让人崩溃的一件事情，程序是别人的，不能做大的改动，只能想办法增加内存。别人总结的可用的方法有：

1. 增加虚拟内存：右击我的电脑—属性--高级--性能设置--高级--虚拟内存更改，按自己电脑的硬盘在自定义大小里设置数字，然后再按设置-确定，然后重启。否则更改无效。

对XP，我发现即使增大虚拟内存到4G, matlab可用虚拟内存仍只有2G。仍然out of memory.
% R2 ~! d) O  q6 h

>> feature('memstats')
Physical Memory (RAM):
In Use:                              611 MB (26364000)
; _: M0 l6 s& QFree:                               1428 MB (59418000)
* e" E0 w4 l4 \Total:                              2039 MB (7f77c000)
% U% g! {! C  c# P1 v( K; fPage File (Swap space):
In Use:                              470 MB (1d628000)
: v" M9 k6 P+ L& b& ?/ i$ w: T+ nFree:                               4481 MB (118156000)
+ P( S3 ?) t, i$ X/ q, x2 JTotal:                              4951 MB (13577e000)
+ C! p3 S1 N. L* Z3 ~5 NVirtual Memory (Address Space):
2 ~: r, [+ N/ f4 `In Use:                              400 MB (190d3000)
$ ?( W" z$ V5 r5 u- ^$ g2 ^' zFree:                               1647 MB (66f0d000)
  G& A1 m& s8 j/ X+ Q, i9 pTotal:                              2047 MB (7ffe0000)
4 m& L8 D  Z4 n7 Y/ w( ALargest Contiguous Free Blocks:
  X8 g& j2 P8 V' z1 Y& T7 F) ?1. [at 20017000]                    675 MB (2a3f9000)
8 d6 T; e6 H. k* M2. [at 4b033000]                    253 MB ( fd8d000)
0 V* P- m8 b1 L. r# \3. [at 18010000]                    127 MB ( 7ff0000)
4. [at 68ff7000]                     64 MB ( 4009000)
: k' X6 [1 F/ P2 _5. [at 6d7c5000]                     56 MB ( 389b000)
6. [at 62c29000]                     50 MB ( 3207000)
7. [at  d330000]                     44 MB ( 2ca0000)
% o; A5 F8 F5 x& p$ o8. [at 663dd000]                     41 MB ( 2983000)
9. [at 60809000]                     36 MB ( 2417000)
9 F  ]4 N, \$ P- e- w' g8 ?10. [at 5adf7000]                     35 MB ( 2379000)
======= ==========
1385 MB (569d4000)

对Vista系统，可能是因为我在第四步设置了命令3GB switche：可用最大虚拟内存是3G

>> feature('memstats')
. @* v6 u, A$ r  _- P
% P( Q# R9 k- z& \2 z- t' hPhysical Memory (RAM):
- s; c5 M- h0 n0 XIn Use:                             1082 MB (43a3a000)
# N1 z/ W8 b* @Free:                               1467 MB (5bb96000)
Total:                              2549 MB (9f5d0000)
/ O# G  O: X6 V! KPage File (Swap space):
In Use:                             1227 MB (4cbe3000)
Free:                               5315 MB (14c36e000)
Total:                              6543 MB (198f51000)
Virtual Memory (Address Space):
" l3 f2 i5 n1 x2 I1 `* O2 }" `& |# TIn Use:                              501 MB (1f5bf000)
Free:                               2570 MB (a0a21000)
" F' m8 A3 \" r: M/ W5 x; pTotal:                              3071 MB (bffe0000)
Largest Contiguous Free Blocks:
4 _7 \/ J9 ~0 [1. [at 1b010000]                   1074 MB (432d0000)
2. [at 7fff0000]                   1023 MB (3ff9c000)
3. [at 5e302000]                    227 MB ( e32e000)
' g: J6 k: G8 g' M4. [at 7c41b000]                     50 MB ( 32d5000)
( f* w& Q: R) Y5. [at 6d857000]                     30 MB ( 1e09000)
6. [at 6f66b000]                     21 MB ( 1595000)
' c& |8 W! b% ], M7. [at 715c3000]                     20 MB ( 149d000)
  x0 @2 L7 {& e) F3 ?! \3 ^4 Z6 P8. [at 7a038000]                     18 MB ( 12f8000)
9. [at 739a6000]                     17 MB ( 114a000)
10. [at 70c41000]                      9 MB (  94f000)
======= ==========
+ S) `0 g% Z# |- c) a& j  t8 v2494 MB (9be3b000)

2. 采用PACK： 试了不管用

: C: w8 F% C* x# v0 a6 l3. 条件允许的话采用64位系统：32位免谈

8 ]+ f% M- S2 C  g" S: v4. 采用3GB switch： 由于32位 Windows 操作系统的限制，每个进程只能使用最多 2GB 的虚拟内存地址空间，因此 Matlab 的可分配内存也受到相应的限制。Matlab 7.0.1 引进了新的内存管理机制，可以利用 Windows 的 3GB 开关，使用 3GB 开关启动的 Windows 每个进程可以在多分配 1 GB 的虚拟地址空间。我的笔记本是vista系统，台式机是XP系统。

1）对vista系统：Bcdedit 位于X:\Windows\system32\ "X:"为安装Vista的盘符，利用Bcdedit命令，可以自定义你的Vista启动管理项。使用命令: BCDEdit /set increaseuserva 3072 ，DOS界面显示操作成功，注意虚拟内存应设成大于3G，否则内存分配<3G。可在matlab里使用 system_dependent memstats或feature('memstats')命令查询。

2）对XP：右键单击我的电脑--->>属性--->>高级--->>启动和故障修复--->>设置--->>编辑--->>将最后一行multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS="Microsoft Windows XP Professional" 复制，在下一行粘贴，并将粘贴一行改为： multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS="Microsoft Windows XP Professional with 3GB switche" /3gb --->>存储--->>确定--->>重新启动计算机--->>在显示选择操作系统时，选择带有 3GB switche的一项--->>打开matlab。可是我设置完重启计算机，选择3GB switche的一项时，显示lsass.exe 应用程序错误，无法登陆！看来我的XP系统不支持3GB switche模式登录，因此matlab的可用虚拟内存不会超过2G。

5. 优化程序，减少变量

6. 如果必有必要，不要启动java虚拟机，采用matlab -nojvm启动

# q' e9 G* a+ P) K, N0 `; k' j7. 关闭Matlab Server

0 F% d, v9 ~! y- W

2 ]5 c8 e5 j$ t4 q' l, m

℡oメ心情浪子o

madio 发表于 2013-10-3 18:16
转一篇别人写的过于内存溢出问题的文章，里面介绍了一些基本的方法。
0 w6 C4 K, B9 t2 O  s7 MMATLAB程序碰到OUT OF MEMORY的问题m ...

十分谢谢。。