与大稀疏矩阵的计算有关的内存错误问题

℡oメ心情浪子o

    从文件导入数据建立一个大于10000*5000的稀疏矩阵，然后用corrcoef()计算相关系数时，刚开始就不能跑起来，直接显示 out of memort，后来通过开启3G模式之后可以跑起来，但是跑了大概40分分钟之后显示相同的错误，错误信息如下：
aaa=corrcoef(B)
- N* J/ P2 H- f, I6 ?; g, `Error using  ./
+ @% R% }3 `6 V, d8 ~Out of memory. Type HELP MEMORY for your options.
; k5 n6 |* ~3 @' g6 L5 n
: [5 i- v3 Q5 }  v" K& p7 V: c: d% j
Error in cov (line 97)
    xy = (xc' * xc) / (m-1);


Error in corrcoef>correl (line 209)
r = cov(x);
+ O1 C- C/ t! X- }1 t& ~8 k
3 I( r# M; }) I4 W/ m9 |3 r( ~
Error in corrcoef (line 92)
$ H! V0 e! g6 r- o6 q9 K" h   r = correl(x);
; a- G+ e* H, v# m; Q7 ], ^2 b6 I9 O怎么破，求大神！
+ {$ V4 e$ N" S3 t

madio

这个问题我觉得既然3G模式可以跑起来，说明这个矩阵可以放进去了，但是跑了一段时间出现内存不足，说明中间变量过多了，我建议你不要用这个函数来求相关系数矩阵，毕竟这个相关系数矩阵数学上的算法很明确，你编一个循环程序来计算，每次只调用两个向量，用完了这个空间就被下一组向量占用，这样会省很大的空间。不要只依赖函数

madio

转一篇别人写的过于内存溢出问题的文章，里面介绍了一些基本的方法。
" J* k+ G5 E! w8 YMATLAB程序碰到OUT OF MEMORY的问题

matlab程序碰到out of memory的问题真是让人崩溃的一件事情，程序是别人的，不能做大的改动，只能想办法增加内存。别人总结的可用的方法有：

1. 增加虚拟内存：右击我的电脑—属性--高级--性能设置--高级--虚拟内存更改，按自己电脑的硬盘在自定义大小里设置数字，然后再按设置-确定，然后重启。否则更改无效。

对XP，我发现即使增大虚拟内存到4G, matlab可用虚拟内存仍只有2G。仍然out of memory.
: `' R4 `1 c+ n5 w% R; s& ?0 r! x

>> feature('memstats')
. h( C, b3 ^. Z: h3 w& S; L! s. E  lPhysical Memory (RAM):
9 _# @- v9 @- yIn Use:                              611 MB (26364000)
Free:                               1428 MB (59418000)
Total:                              2039 MB (7f77c000)
6 j" ~+ [6 ?$ j9 LPage File (Swap space):
In Use:                              470 MB (1d628000)
Free:                               4481 MB (118156000)
Total:                              4951 MB (13577e000)
Virtual Memory (Address Space):
* [. ?) L9 e3 h; g: \In Use:                              400 MB (190d3000)
) R7 c( q( a2 \9 AFree:                               1647 MB (66f0d000)
Total:                              2047 MB (7ffe0000)
8 z  w) O$ Q$ }+ N' m1 WLargest Contiguous Free Blocks:
% E7 r' T! v( Q5 P1. [at 20017000]                    675 MB (2a3f9000)
2. [at 4b033000]                    253 MB ( fd8d000)
" t9 x" G  B" ]+ C7 H- G; h3. [at 18010000]                    127 MB ( 7ff0000)
4. [at 68ff7000]                     64 MB ( 4009000)
5. [at 6d7c5000]                     56 MB ( 389b000)
' c2 a* O0 S  o- @5 S( n" b2 F: ?6. [at 62c29000]                     50 MB ( 3207000)
* U. C. S7 e: h& ?7. [at  d330000]                     44 MB ( 2ca0000)
8. [at 663dd000]                     41 MB ( 2983000)
6 I9 [5 E$ l7 k5 m4 O5 {. u, |( {, Y9. [at 60809000]                     36 MB ( 2417000)
10. [at 5adf7000]                     35 MB ( 2379000)
======= ==========
1385 MB (569d4000)

对Vista系统，可能是因为我在第四步设置了命令3GB switche：可用最大虚拟内存是3G

>> feature('memstats')
. T: h& X0 [' i# ^
1 l. r3 K2 O& v9 F0 [Physical Memory (RAM):
In Use:                             1082 MB (43a3a000)
Free:                               1467 MB (5bb96000)
  t* w4 C! Y6 z, V6 x6 e2 }# S& u( ITotal:                              2549 MB (9f5d0000)
% _9 }0 M* |5 m% U# j5 EPage File (Swap space):
$ t; A4 k: }( V& @' ?# G$ tIn Use:                             1227 MB (4cbe3000)
Free:                               5315 MB (14c36e000)
; q& X" D0 T$ YTotal:                              6543 MB (198f51000)
Virtual Memory (Address Space):
In Use:                              501 MB (1f5bf000)
Free:                               2570 MB (a0a21000)
5 Q4 C, M) V/ e- {Total:                              3071 MB (bffe0000)
. V- m+ B  ]$ h$ ~6 \Largest Contiguous Free Blocks:
1. [at 1b010000]                   1074 MB (432d0000)
2. [at 7fff0000]                   1023 MB (3ff9c000)
  e- \6 y$ h( d* j* i* F3. [at 5e302000]                    227 MB ( e32e000)
4. [at 7c41b000]                     50 MB ( 32d5000)
1 z; j6 h$ F( o$ _5. [at 6d857000]                     30 MB ( 1e09000)
1 {  z' X+ v0 k! R! W; ^5 Q5 q6. [at 6f66b000]                     21 MB ( 1595000)
7. [at 715c3000]                     20 MB ( 149d000)
8. [at 7a038000]                     18 MB ( 12f8000)
. P# f1 V2 L( R) j- L, o9. [at 739a6000]                     17 MB ( 114a000)
10. [at 70c41000]                      9 MB (  94f000)
======= ==========
2494 MB (9be3b000)

2. 采用PACK： 试了不管用

/ }7 H( c* b9 s- x. |8 ~3. 条件允许的话采用64位系统：32位免谈

4. 采用3GB switch： 由于32位 Windows 操作系统的限制，每个进程只能使用最多 2GB 的虚拟内存地址空间，因此 Matlab 的可分配内存也受到相应的限制。Matlab 7.0.1 引进了新的内存管理机制，可以利用 Windows 的 3GB 开关，使用 3GB 开关启动的 Windows 每个进程可以在多分配 1 GB 的虚拟地址空间。我的笔记本是vista系统，台式机是XP系统。

1）对vista系统：Bcdedit 位于X:\Windows\system32\ "X:"为安装Vista的盘符，利用Bcdedit命令，可以自定义你的Vista启动管理项。使用命令: BCDEdit /set increaseuserva 3072 ，DOS界面显示操作成功，注意虚拟内存应设成大于3G，否则内存分配<3G。可在matlab里使用 system_dependent memstats或feature('memstats')命令查询。

2）对XP：右键单击我的电脑--->>属性--->>高级--->>启动和故障修复--->>设置--->>编辑--->>将最后一行multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS="Microsoft Windows XP Professional" 复制，在下一行粘贴，并将粘贴一行改为： multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS="Microsoft Windows XP Professional with 3GB switche" /3gb --->>存储--->>确定--->>重新启动计算机--->>在显示选择操作系统时，选择带有 3GB switche的一项--->>打开matlab。可是我设置完重启计算机，选择3GB switche的一项时，显示lsass.exe 应用程序错误，无法登陆！看来我的XP系统不支持3GB switche模式登录，因此matlab的可用虚拟内存不会超过2G。

( m. ^% O8 w8 x, B# z4 K  n5. 优化程序，减少变量

6. 如果必有必要，不要启动java虚拟机，采用matlab -nojvm启动

1 @; l: @* i1 U1 p7 r7. 关闭Matlab Server

* w. \7 v- C. L$ Q* b% T
1 a/ o) f3 S( u- i% |3 H4 U" o
& k8 d  ^, q' o& C! d# I5 T# o9 j
# T0 k& t; b( h1 T& H

℡oメ心情浪子o

madio 发表于 2013-10-3 18:16
& b, H; U9 P  n, z$ [转一篇别人写的过于内存溢出问题的文章，里面介绍了一些基本的方法。
) f; t9 \" }1 V' BMATLAB程序碰到OUT OF MEMORY的问题m ...

十分谢谢。。