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[已经回复] 200501网友练习《DNA计算研究》

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lilycang        

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发表于 2005-1-28 17:16 |只看该作者 |正序浏览
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本帖最后由 为你奋斗 于 2009-12-2 12:34 编辑

各位,我的兴趣是新兴的DNA计算研究,有同路的没有
zan
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    DNA计算理论的诞生标志是由美国南加州大学的Adleman博士于1994年完成的一个用以解决哈密尔顿路径问题的分子生物学实验[]。通过这个实验,Adleman博士为古老的计算概念赋予了全新的理念,即计算问题可以通过生化实验来完成,这无疑是具有开创性的。1995年,普林斯顿大学的Lipton等又设计了一个针对可满足性问题(SAT)的计算实验[],这些早期的工作提出了DNA分子计算的基本思想,可以归纳为下述三个步骤[]

    1.DNA分子链的四个碱基,在特定的互补配对规则作用下,构造不同组合来生成问题的编码

    2.通过设计一组可控的分子生物学实验完成问题的求解计算

    3.对所获结果进行检测和解码,以找出代表问题解的DNA序列

    遵循这一基本思想,目前DNA计算的研究内容不断丰富,概括来说,DNA计算理论的研究主要划分为两类:理论DNA计算研究和DNA计算的实验研究。理论DNA计算研究是期望建立起严格的理论基础,在现有的计算理论中,图灵可计算性成为现代计算机的理论基础,因此对于DNA计算的理论研究很自然的也纳入到这个理论框架下来。另外,现代电子计算机是以二进制序列来表达信息的,研究符号序列的信息表达能力运用了形式语言和自动机理论,DNA序列是以四个碱基按照互补配对规则来建立的,因此研究DNA序列的计算能力也同样运用了形式语言和自动机的理论。目前的理论模型已从单纯的对DNA分子的计算能力研究发展到细胞计算的层面上来,其代表模型就是P系统理论[]。DNA计算的实验研究在于构建具有实现可能性的DNA计算系统,在Adleman-Lipton实验成功之后,由威斯康星大学的一个小组进行了基于表面化学技术解决四变量SAT问题的实验[],它的意义在于将DNA链固定在硅或者玻璃等表面上,而不是漂浮在溶液中,这使对DNA链的操作得以简化,从而减少DNA链的丢失,提高了DNA计算的可靠性,使DNA计算朝自动化和实用化方向进一步发展。另一项重要的试验成果是由Winfree等进行的DNA分子自装配实验[],该实验通过构建不同形状的DNA分子片,并将它们按照一定的规则进行组合从而完成了特定的组合计算,并且不同形状的DNA分子片的组合计算能力被证明能够类比于乔姆斯基的文法体系,其意义在于将线性DNA计算拓展到了平面DNA计算,将DNA计算研究纳入到纳米技术领域中。
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