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TA的每日心情 | 开心 2020-11-14 17:15 |
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问题的提出
* S" `- r( f" N9 W医生们发现,在一个民族或地区,当某种传染病流传时,波及到的总人数大体上保持为一个常数。即既非所有人都会得病也非毫无规律,两次流行(同种疾病)的波及人数不会相差太大。如何解释这一现象呢?试用建模方法来加以证明。4 p9 C$ c% m' q$ i+ t& h4 r/ N
! }! M& A3 {. ]9 J* [: }
指数模型
" L' u7 S3 H7 r4 z定义已感染人数为i(t) i(t)i(t),假设每个病人单位时间有效接触(足以使人致病)的人数为λ \lambdaλ,那么,在时间段Δt \Delta tΔt内,病人的增量可以用如下的公式进行计算
- I3 i: ] S }4 @: Xi(t+Δt)−i(t)=λi(t)Δt i(t+\Delta t) - i(t) = \lambda i(t)\Delta t
8 b# w# v7 R: e8 R& r7 z8 `i(t+Δt)−i(t)=λi(t)Δt. V; |9 T' _& x" o9 D
" l- A$ q! ?$ Z6 g n将i(t) i(t)i(t)移到等式的右边,我们得到如下的递推公式1 i' W( ?4 Q3 y0 F4 `
i(t+Δt)=i(t)+λi(t)Δt i(t+\Delta t) = i(t) + \lambda i(t)\Delta t! i" }( g1 J, Z7 H4 u/ e
i(t+Δt)=i(t)+λi(t)Δt. l$ F- A! F" g2 a
& z7 r0 Q5 `; L3 U9 j7 j& P7 X以上递推公式意味着,我们可以通过当前时刻的病人人数和致病参数λ \lambdaλ,计算得到Δt \Delta tΔt时间后的病人人数,将以上思想在Python中进行实现,代码如下。
& e2 b$ O! D( C8 q- P( [. j2 X# ^: J; y7 d$ ]
import matplotlib.pyplot as plt
0 H* k, I$ C- ]; ?%matplotlib inline
; g1 j5 f/ a% fdeltaT = 0.01
. n0 ]& O/ S0 e F5 c3 V) zlamb = 2
0 u/ |9 R9 Z" O- |i_list = []
5 o3 x5 o" l- ji0 = 0.08; # 初始有8%的人患病
/ l+ n( k0 Q, Z( wi_list.append(i0)
' ]: q a d! l0 fTot_Time = 10. k6 Y6 {! Z% l7 w: l! Z. r
TotStep = int(Tot_Time/deltaT)6 m, L# o1 J# q1 N2 Y4 ~; w& n( D
##
5 N% a6 i) [: _; h ]for i in range(TotStep): V2 ^( h. j! A& O4 y1 r! p
i_new = i_list[-1] + lamb * i_list[-1] * deltaT) _0 [4 ^5 D5 k& o7 j0 I
i_list.append(i_new)
! F% j# @ ~# e9 }2 Yplt.plot(i_list)3 T1 ~. E9 p. ^# R4 g# ?
7 n6 F+ w* l8 H* [ o将以上代码在Jupyter Notebook中运行,得到病人人数的变化趋势见下图,从中我们可以看到病人的增长是指数级的,在短短十天后,已经有3000万人患病!这显然不符合实际情况的,那么问题出在哪里了呢?
% R- y* Q3 N9 F8 ~2 _1 J5 j) u5 ^: n+ f- p
; W" i8 Y0 \3 p @4 |- i9 M1 D+ ?实际上,若病人解除的是病人,并不能够使病人再次患病,实际上以上的算法导致了重复计数现象的发生。解决办法:必须区分已感染者和未感染者。
/ y* _, A; r. ^; B% y1 {5 ]4 |, |
SI模型
/ l, O2 l% e+ L% t现在我们将人群分成两个群体:已感染者(病人,Infected)和未感染者(健康者,Suspect),该模型称为SI模型,模型假设:
2 [' R( L% D J' Y5 t4 }/ @2 z2 z" U
在研究时间内,不考虑死亡率和出生率,即总人数N NN不变,病人和健康人的比例分别为i(t) i(t)i(t)和s(t) s(t)s(t)8 m/ _2 i* o# ~5 {1 m- }6 t7 H+ I
每个病人在单位时间内有效接触并致病的人数为λ \lambdaλ,且只有接触健康人才会致病,称λ \lambdaλ为日接触率' B G1 S+ z6 @0 P" N0 _8 b
仿照指数模型里面的建模方法,在时间段Δt \Delta tΔt内,病人的增量可以用如下的公式进行计算( i, C0 {$ f- R Y N$ L/ U
; z) t3 X: f$ w+ HN[i(t+Δt)−i(t)]=[λs(t)]Ni(t)Δt N[i(t+\Delta t)-i(t)]=[\lambda s(t)] N i(t) \Delta t
9 K! w2 ]/ C( {0 a$ VN[i(t+Δt)−i(t)]=[λs(t)]Ni(t)Δt
/ j5 E+ Z1 e D, Y) _) O$ x' A' {( z0 Z2 }1 Y4 ~$ v
消去N NN,再将i(t) i(t)i(t)移到等式的右边,我们得到如下的递推公式6 J6 p% V U: I0 y% B8 c
i(t+Δt)=i(t)+λi(t)s(t)Δt i(t+\Delta t) = i(t) + \lambda i(t)s(t)\Delta t
: \# P! N7 H, Z3 Ii(t+Δt)=i(t)+λi(t)s(t)Δt
# W- h& g5 J9 |8 C0 z* [0 y9 o5 q# P4 @3 j( m' ^% R
同样地,我们可以通过当前时刻的病人人数和致病参数λ \lambdaλ,计算得到Δt \Delta tΔt时间后的病人人数,将以上思想在Python中进行实现,代码如下:7 q6 v: Z9 w1 k
2 k9 D8 k+ p, X) e: c4 f/ x& O3 c3 M
import matplotlib.pyplot as plt
! |7 l: B3 z/ u, C%matplotlib inline
V& g9 `0 {( J. {4 q sdeltaT = 0.01
( v3 F! N; U4 B0 d0 B6 X0 V6 ?lamb = 27 P, C4 I+ W1 g" g* i
i_list = [] o8 g' O9 o& y8 O4 r: C) h8 M
s_list = []
X4 Y9 }) u$ {2 F* Zi0 = 0.08; # 初始有8%的人患病
4 q; _0 O# q3 W4 vi_list.append(i0)
! f& [' I J, [; _s_list.append(1 - i0)
0 j% x; {+ ]0 o- W$ U% BTot_Time =5( C$ F# S, F N: Y; s V
TotStep = int(Tot_Time/deltaT)7 R! O% J' C u+ U
##
8 e0 v3 d9 ^% z5 [. _+ Qfor i in range(TotStep):
" c5 E' g+ h1 J' I i_new = i_list[-1] + lamb * i_list[-1] * deltaT * s_list[-1]
7 K$ E: I* E4 @ i_list.append(i_new)1 E z: {6 l# z( e; X& L& F+ K
s_list.append(1- i_new)+ q$ @% c9 S( n, Y# t
Time = [i * deltaT for i in range(TotStep + 1)]5 H7 s. v- A6 _5 F2 [: R- S- H8 `
plt.plot(Time,i_list)
6 q# P6 B4 A: p) c- P4 [" Gplt.plot(Time,s_list)8 t/ A+ ^% ]. v9 R
plt.title("SI",fontsize = 20)8 V) X. A% w4 a' C; b1 q
plt.xlabel("Time")) s& f$ Q, _. }/ E) A( |
plt.ylabel('i(t)')) E: C4 M" Z( V5 _1 z/ J5 U
/ x( b# W& \4 R: v0 d从SI模型我们可以看到,病人比例不再会出现"指数爆炸"的情况,在t→∞ t \rightarrow \inftyt→∞时最大患病比例为1。在SI模型中,病人数量的增长曲线是一个典型的S型曲线,又称为Logistic曲线,该曲线在生物学上经常被用来描述物种的增长模。. ~8 G7 i* f; ?; f5 \- |
$ v5 ?9 d! `4 ]1 a; V$ P4 }, S
然后,SI模型的结论告诉我们,无论λ \lambdaλ多么小,最终人群都会患病,这显然也是不符合实际情况的。- @ y. E$ ~! D, C+ k6 G
————————————————, ~/ S# c; W% F2 U# p/ q
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/ x; c4 Z4 P% p
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