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TA的每日心情 | 开心 2020-11-14 17:15 |
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问题的提出
7 W- d% f% N8 H" [6 G% Q医生们发现,在一个民族或地区,当某种传染病流传时,波及到的总人数大体上保持为一个常数。即既非所有人都会得病也非毫无规律,两次流行(同种疾病)的波及人数不会相差太大。如何解释这一现象呢?试用建模方法来加以证明。
- o) @3 k. L3 h% w! U
) A" ^4 `( |9 K: c4 v0 S指数模型1 I+ G- W$ `# s7 B1 z! D6 ^
定义已感染人数为i(t) i(t)i(t),假设每个病人单位时间有效接触(足以使人致病)的人数为λ \lambdaλ,那么,在时间段Δt \Delta tΔt内,病人的增量可以用如下的公式进行计算
% i# t! ^0 r. P+ ?( P) j8 oi(t+Δt)−i(t)=λi(t)Δt i(t+\Delta t) - i(t) = \lambda i(t)\Delta t
- w) N, j' Y4 b( ^i(t+Δt)−i(t)=λi(t)Δt; Q% _, I8 X0 q/ S& G
3 ^. h* R) e# [7 j- @' o
将i(t) i(t)i(t)移到等式的右边,我们得到如下的递推公式6 q4 A8 f: d* ?1 W
i(t+Δt)=i(t)+λi(t)Δt i(t+\Delta t) = i(t) + \lambda i(t)\Delta t
3 K' E" H" q6 o7 b4 r. di(t+Δt)=i(t)+λi(t)Δt( n3 \+ w- x' e- [" l
5 y& q) _+ `) r以上递推公式意味着,我们可以通过当前时刻的病人人数和致病参数λ \lambdaλ,计算得到Δt \Delta tΔt时间后的病人人数,将以上思想在Python中进行实现,代码如下。6 h9 c6 K. g+ O, f7 X4 M8 p
* K% ~9 p. a8 Z( t9 {. g: ~
import matplotlib.pyplot as plt
9 E6 X% S7 I! H+ M8 r! Q%matplotlib inline
6 X/ l4 z7 a) adeltaT = 0.017 A! Z, @. O; @6 b/ W. H
lamb = 2. ~+ C2 {1 Z, d8 Q; G
i_list = []0 g4 \& x3 S8 r0 ~- C: m
i0 = 0.08; # 初始有8%的人患病1 B x! J6 x0 [- Y
i_list.append(i0)9 z; b- v, C* c8 v7 Z6 {
Tot_Time = 10
F: u- f* l( ^- q; f% w GTotStep = int(Tot_Time/deltaT)
" k2 c+ p- W3 O## / L: r' V, i @7 c6 L
for i in range(TotStep):1 l# y, I- |* ], S1 {) y
i_new = i_list[-1] + lamb * i_list[-1] * deltaT( \# k4 L0 N# J3 Z+ }' H
i_list.append(i_new)/ Q u% Q( v: f1 R
plt.plot(i_list)0 [ w: i8 G/ K9 }: |3 E1 _
. U. T8 N* f8 t. Z T
将以上代码在Jupyter Notebook中运行,得到病人人数的变化趋势见下图,从中我们可以看到病人的增长是指数级的,在短短十天后,已经有3000万人患病!这显然不符合实际情况的,那么问题出在哪里了呢?
9 O0 j5 w4 l% U5 Z D2 Q- W9 `
" P+ Z" W! V! l7 a( z+ E" U& _9 w# Z/ C3 j. i5 t
实际上,若病人解除的是病人,并不能够使病人再次患病,实际上以上的算法导致了重复计数现象的发生。解决办法:必须区分已感染者和未感染者。# w' U7 q/ z/ c
3 z3 h9 f& D) p9 `
SI模型+ j2 Q' P2 ]+ X* h# C3 }" h* @
现在我们将人群分成两个群体:已感染者(病人,Infected)和未感染者(健康者,Suspect),该模型称为SI模型,模型假设:
: g3 d# F, d1 h, g+ d$ y- u5 s7 n4 F4 y" ]! F4 L$ R
在研究时间内,不考虑死亡率和出生率,即总人数N NN不变,病人和健康人的比例分别为i(t) i(t)i(t)和s(t) s(t)s(t)* j4 z( p& z3 S; S, G$ e
每个病人在单位时间内有效接触并致病的人数为λ \lambdaλ,且只有接触健康人才会致病,称λ \lambdaλ为日接触率
) B8 s! U' s) w) g3 C# q仿照指数模型里面的建模方法,在时间段Δt \Delta tΔt内,病人的增量可以用如下的公式进行计算
0 y, i. J6 @4 O! P6 |
+ i) w' d% @6 B7 x- `N[i(t+Δt)−i(t)]=[λs(t)]Ni(t)Δt N[i(t+\Delta t)-i(t)]=[\lambda s(t)] N i(t) \Delta t
) G3 ^5 w; K9 j( {# Y2 h! yN[i(t+Δt)−i(t)]=[λs(t)]Ni(t)Δt0 N" V, n; d9 J8 I% G# ?
% Y2 Z( ?0 y9 ^% v+ Y Z
消去N NN,再将i(t) i(t)i(t)移到等式的右边,我们得到如下的递推公式
7 R2 W: j' M/ M% M" Pi(t+Δt)=i(t)+λi(t)s(t)Δt i(t+\Delta t) = i(t) + \lambda i(t)s(t)\Delta t- m" i5 S1 B- B! x9 B* D
i(t+Δt)=i(t)+λi(t)s(t)Δt
5 c8 T, Q# T& }, r5 V# W: z# h% w9 k8 W$ @
同样地,我们可以通过当前时刻的病人人数和致病参数λ \lambdaλ,计算得到Δt \Delta tΔt时间后的病人人数,将以上思想在Python中进行实现,代码如下:
6 |' L" i% V# K8 P1 O* N- `
$ N8 b/ `+ R' f8 s; F& G3 |import matplotlib.pyplot as plt2 e5 l0 r, ?" H# {/ D
%matplotlib inline
& ]( ~0 K. O0 X) `( [0 @9 ]1 MdeltaT = 0.01
- E5 ^9 T' W$ i6 ]( `3 O/ qlamb = 2: @+ j3 [& d; q
i_list = []: I& b7 A' Y* ?. d4 Q. U B
s_list = []6 m% e& j* H4 k- c8 Q: U2 c
i0 = 0.08; # 初始有8%的人患病
$ |" a9 B; Z/ e+ t8 j+ }2 e# j6 {i_list.append(i0)- }' m: x1 |) A
s_list.append(1 - i0)9 W( c }# B' P& @. q1 }1 k6 F
Tot_Time =5: B1 Q3 t7 Q, J; r( ^
TotStep = int(Tot_Time/deltaT)
# N* `) i1 e) f8 m1 t( G## 7 j/ N! ?, r- [3 d2 u& |+ U
for i in range(TotStep):: h) }$ e# m0 a% t
i_new = i_list[-1] + lamb * i_list[-1] * deltaT * s_list[-1]
* E1 t% W1 H; I- N i_list.append(i_new)6 \2 M# j" v% j+ c( [
s_list.append(1- i_new); y/ L% m( |! f( r
Time = [i * deltaT for i in range(TotStep + 1)] a" {! f D6 f4 f( e( w" Q
plt.plot(Time,i_list)0 @7 X4 B; _. r! z2 w, h; G" B
plt.plot(Time,s_list)
' z# P6 q" v$ zplt.title("SI",fontsize = 20)9 V5 y# u$ q: t# ^ f+ f
plt.xlabel("Time")$ f7 W% h0 B" o# p8 J, t; R+ F9 z
plt.ylabel('i(t)')' u8 E6 T4 L* W
5 {: @) F0 t* i0 \
从SI模型我们可以看到,病人比例不再会出现"指数爆炸"的情况,在t→∞ t \rightarrow \inftyt→∞时最大患病比例为1。在SI模型中,病人数量的增长曲线是一个典型的S型曲线,又称为Logistic曲线,该曲线在生物学上经常被用来描述物种的增长模。" B' U5 T$ L" z+ t9 w
5 V; r# r( P# i8 }6 J9 ?然后,SI模型的结论告诉我们,无论λ \lambdaλ多么小,最终人群都会患病,这显然也是不符合实际情况的。
8 {: p- i: P4 R! s% ^————————————————5 g4 U6 }, l9 t9 z$ N
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& t6 n0 _3 ?) p0 N6 s$ W, j8 D4 }7 S* J$ H- |+ }( H3 B ]. Y
5 x' Q5 W: _) N% \; A5 @6 P
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zan
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