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主成分分析(PCA)进行特征提取

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发表于 2023-8-20 17:19 |只看该作者 |倒序浏览
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这段代码实现了主成分分析(PCA)的数据得分计算和特征向量提取。下面是代码的解释:
" c& Q! Q: ]. Y3 [; K0 u. {% g: X6 u, N: B) T9 o- k
1.函数定义:8 _& d, @' M8 `" p7 F
$ P' v8 r' M' V
: |. o* Z& ]+ W2 r+ P7 t0 O- ~# o2 l( ^
2.函数名为PCA,接受两个输入参数:raw_data(原始数据)和T(保留率),并返回新数据。
! [( Y. P: z- Q2 `: n; t# i% f
( W' n$ D! k/ K5 B" E
% i* T& k) N7 t# N; w" S6 w3.数据读取与标准化:
# a, m# c' K$ _5 s0 |4 q" A- j4 n( I5 O1 `0 P

4 M7 w$ D" X: d% h7 H" v: b4.将原始数据raw_data赋值给变量A。0 H& i- K) O% ~% m; M  t) x
5.获取数据矩阵的尺寸,其中a表示行数,b表示列数。# K0 o1 K7 d$ W" u4 U( N
6.创建一个与原始数据大小相同的零矩阵SA。
2 {6 C+ h8 I8 q1 |% E1 J7.使用循环将数据按列进行放置,并进行标准化(归一化),即将每列数据减去该列的均值,再除以该列的标准差。
+ I" e2 X. d; q" y
0 [; D! j. H0 g
; k0 O) \- L; q  c" [8.求解相关系数:
0 u+ W" f* g3 o& y* a  W! D$ c
4 r! Q! Y7 A4 w9 c, M
1 m( {8 N7 G+ b/ \/ ]+ u9.使用corrcoef函数计算归一化后的数据矩阵SA的相关系数矩阵CM。
/ g9 F& _& b1 t' U0 k1 a3 j. ^% t# B3 e0 M

2 \# q* Y3 a% H3 ]: _3 _  N3 {10.计算特征值和特征向量:
' l6 p& V3 {) X; a6 k, O  ?8 R! _4 v! C0 X+ V
4 H9 z4 q! U' E, |  b# E& y8 A
11.使用eig函数对相关系数矩阵CM进行特征值分解,得到特征向量矩阵V和特征值矩阵D。
* j% c% o- d$ p; T7 ?5 v/ I; o; I7 s: E# m6 H
& p' `5 Z; R' E8 S
12.提取特征值和计算贡献率:) c% H" ^6 q6 z. l  {

8 g2 D9 C  k/ t7 ?* E$ }! g* o3 p
13.创建一个零矩阵DS,其大小为b x 3,其中b为特征值矩阵D的列数。* P2 f5 Z. F) V' k, K
14.将特征值矩阵D的对角线元素(特征值)赋值给DS的第一列。: b6 ?) \- E7 c! w
15.对DS按照第一列的值进行从大到小排序。& @( c- D" D8 N$ U; ^" m, z; C9 k
16.计算特征值的贡献率,将特征值除以所有特征值的和,并将结果赋值给DS的第二列。5 U  S; z8 c+ d; |1 C' f
17.计算特征值的累计贡献率,对贡献率列进行累加,并将结果赋值给DS的第三列。& Z6 C# e, M4 \; m/ V3 B
) S" K5 ~+ X* C; F- ^! K3 L# A

/ j' X- I$ J8 N- m- U+ ?; m; s18.确定保留主成分的数量:
8 x5 ?( b1 [( I  Z$ f: N% \, @# ]
5 j, [+ i3 f5 O1 [% u8 F3 J9 E0 p8 [4 c/ h% `) y
19.找到累计贡献率大于等于设定的保留率T的索引位置。0 a2 W) m1 x8 \( i7 [$ I$ v
20.提取第一个满足条件的索引(最小的保留主成分数量)并赋值给变量Com_num。* M' _# N& {% \3 ]9 O9 ^
+ B% X# E" _9 x$ ]$ j
6 G4 n- f8 I/ O# W; _0 D/ S
21.提取主成分对应的特征向量:7 D# W3 i1 K' M' o

1 E9 X/ C* b# U4 L6 G" T3 ~' t: N5 P4 K- |
22.将特征向量矩阵V的最后Com_num列反转(从最后一列开始取),得到主成分对应的特征向量矩阵PV。
7 O, v% y6 T0 z1 p. n
* V  V9 ~6 ^/ b, Q2 ]* _1 p1 Y6 i0 F0 G$ l+ j  y  M* M: E
23.计算在主成分上的数据得分:
- J4 Y; d2 k! ]
, S+ y/ M/ j/ M2 h8 A8 d3 d
  Q! {) ]2 B7 ^24.将归一化后的数据矩阵SA与主成分特征向量矩阵PV相乘,得到在主成分上的数据得分矩阵data。1 h  Y/ q: F% @# ?- C( y

8 t4 W0 k0 L  s+ i0 d该函数的作用是对原始数据进行主成分分析,并返回在主成分上的数据得分矩阵。主成分分析用于降维和数据探索,它将原始数据转换为一组新的线性维度,其中每个维度都是原始数据维度的线性组合。这些新的维度(主成分)根据特征值的贡献率进行排序,保留贡献率较高的主成分。
4 Q, G/ G2 w2 ]! {5 t# ~
" _6 A2 s9 ?! i" X* H% h$ {8 Y1 q* c8 B' S' \: Z5 f
( J0 \& I9 j$ o$ |& m4 D
2 n/ t! j  ~6 f# e
' l- W6 g. q3 G6 j6 ?" `/ w

PCA.m

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