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主成分分析(PCA)进行特征提取

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发表于 2023-8-20 17:19 |只看该作者 |倒序浏览
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这段代码实现了主成分分析(PCA)的数据得分计算和特征向量提取。下面是代码的解释:' i( ^% N, z; [3 Z$ y3 C1 I8 k2 J
6 Z3 ~6 E5 n: h' Z' J6 }  Q
1.函数定义:$ f6 ~" y" Z3 w. Z
& h  E- a  F0 \' M, g0 s
" r& ]; e* X$ ]: ?
2.函数名为PCA,接受两个输入参数:raw_data(原始数据)和T(保留率),并返回新数据。  ^/ x1 C$ E5 i9 W& a

, }+ ^6 X% u3 _( g
- A* _/ E! ]) e, x# b3.数据读取与标准化:" F! Y/ k$ w; z) {, }1 [) F* V
: a+ O( l: f4 N1 ^, j8 G9 z$ ~8 S& ]

0 k% }% ~. S  I' u& j% C  x4.将原始数据raw_data赋值给变量A。
& h4 ?4 M5 k, I; l6 z7 N5.获取数据矩阵的尺寸,其中a表示行数,b表示列数。
, l( H9 k  y) B  s" O6.创建一个与原始数据大小相同的零矩阵SA。
$ @9 N- G( J3 J7 T  T7.使用循环将数据按列进行放置,并进行标准化(归一化),即将每列数据减去该列的均值,再除以该列的标准差。
$ T; ?, T+ S' m3 Y/ a4 J3 n! @( y1 |+ z5 }8 l- u
2 d: j* Q* o2 X( z
8.求解相关系数:
0 ~3 W6 b9 `8 @. J3 U6 _7 d
6 |+ q, `0 o4 p2 m* N# A. i
+ ^5 y5 ~8 [6 l+ V( R2 p9.使用corrcoef函数计算归一化后的数据矩阵SA的相关系数矩阵CM。
% d% ?4 D  p3 H7 T; L% _/ R1 P
# J4 J& O8 r+ p2 Y
) v2 G/ O$ l, P7 o, s$ Z" l10.计算特征值和特征向量:
- U9 K" [- f4 v9 B" Z. v+ x8 Y4 t  Q& H0 \# r/ l; r+ S
% {; x# g# h! U. W! F- P$ [
11.使用eig函数对相关系数矩阵CM进行特征值分解,得到特征向量矩阵V和特征值矩阵D。
3 ]- L6 P+ _1 [
* ]' Q( I* {4 H7 c$ x: o$ h5 F! ^" S( y8 a! C( ^2 ~0 f5 R- z
12.提取特征值和计算贡献率:
7 G7 }( m6 @5 |$ `2 S. m3 r2 D2 `7 _# q" k6 k3 `

: q. T( X; j3 z4 M; _0 L13.创建一个零矩阵DS,其大小为b x 3,其中b为特征值矩阵D的列数。% Q+ ]% N2 ]- x& b$ @' f
14.将特征值矩阵D的对角线元素(特征值)赋值给DS的第一列。
( g6 x' f' k5 h4 K; Y( a; J3 g15.对DS按照第一列的值进行从大到小排序。
" m: ?* r2 e- ?/ |16.计算特征值的贡献率,将特征值除以所有特征值的和,并将结果赋值给DS的第二列。7 Q+ g! z. K4 D& w8 Y" ]
17.计算特征值的累计贡献率,对贡献率列进行累加,并将结果赋值给DS的第三列。
# d5 X3 |" Q5 k. f0 S" ]
. I2 s0 ~9 P3 |5 h' v0 S( a1 l' _3 ?8 Z' T0 H
18.确定保留主成分的数量:7 ^4 a$ B1 i- F

4 @# O9 M  g5 ], f. f
( R' _' X8 m' v& W5 t19.找到累计贡献率大于等于设定的保留率T的索引位置。
; _: q% L7 y' k20.提取第一个满足条件的索引(最小的保留主成分数量)并赋值给变量Com_num。
3 {  h) L- G; m6 W4 m: T. o7 O
8 F& i$ Z% S4 K! I8 J) W& f9 \9 k9 R" Q3 Z9 W/ V
21.提取主成分对应的特征向量:! J& W. N# _3 Q: n  ^. s# p
. n) E; j$ Q- `. A
) h" p/ h2 s& j
22.将特征向量矩阵V的最后Com_num列反转(从最后一列开始取),得到主成分对应的特征向量矩阵PV。
3 d! o& G# c& k1 c* |) ]$ _
5 {/ y. H7 K0 G7 a5 \+ [! t, Z- `- T/ z' X" ^; _7 ^
23.计算在主成分上的数据得分:  J! c$ j: f* _+ z! V' _
) o$ j3 H; q) H% t' \. I4 l+ E/ h7 @

; ?. [7 q& ?4 O, K24.将归一化后的数据矩阵SA与主成分特征向量矩阵PV相乘,得到在主成分上的数据得分矩阵data。
- D, @7 H  c  T: |/ \2 L- d: T! @) K0 K: m
该函数的作用是对原始数据进行主成分分析,并返回在主成分上的数据得分矩阵。主成分分析用于降维和数据探索,它将原始数据转换为一组新的线性维度,其中每个维度都是原始数据维度的线性组合。这些新的维度(主成分)根据特征值的贡献率进行排序,保留贡献率较高的主成分。( G& x, Q1 s  {, D0 c1 q
0 P" L9 f3 U6 Z9 S% l* A6 S

  x0 g# [5 p; W, O9 z: i. j* I) x
7 g; }) @7 x# Q9 l  I
' L8 _9 C( {% ~" e7 ?2 P
8 A5 o; u, p+ g# E& {

PCA.m

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