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发表于 2015-8-18 15:39 |只看该作者 |倒序浏览
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DNA序列的k-mer index 问题! e, g2 r4 L3 P  k
给定一个DNA序列,这个系列只含有4个字母ATCG,如 S =“CTGTACTGTAT”。给定一个整数值k,从S的第一个位置开始,取一连续k个字母的短串,称之为k-mer(如k= 5,则此短串为CTGTA), 然后从S的第二个位置, 取另一k-mer(如k= 5,则此短串为TGTAC),这样直至S的末端,就得一个集合,包含全部k-mer 。 如对序列S来说,所有5-mer为% f6 h/ y6 ~' g
& g8 f4 x6 q  `0 U% m# j$ R! {
{CTGTA,TGTAC,GTACT,TACTG,ACTGT,TGTAT}( K1 o. @. {3 d) w% x4 |8 \; Z6 r
! P) r! Q2 n. h+ s( p7 |
通常这些k-mer需一种数据索引方法,可被后面的操作快速访问。例如,对5-mer来说,当查询CTGTA,通过这种数据索引方法,可返回其在DNA序列S中的位置为{1,6}。% {# r6 I8 O8 _2 ^# M9 p2 G
) |  k! R* S3 Y+ N& Q9 {! d/ E5 {
问题* y% c7 T; |/ F5 g0 }5 R
$ j% J4 U2 V, H& m2 A
现在以文件形式给定 100万个 DNA序列,序列编号为1-1000000,每个基因序列长度为100 。
9 M; b, q, O5 X( M/ P7 i5 b8 v8 i# ^$ q
(1)要求对给定k, 给出并实现一种数据索引方法,可返回任意一个k-mer所在的DNA序列编号和相应序列中出现的位置。每次建立索引,只需支持一个k值即可,不需要支持全部k值。
* n! ~0 ]6 B  Y; G: V) g  V% T4 v' T8 p: k/ b: G
(2)要求索引一旦建立,查询速度尽量快,所用内存尽量小。
- O, E; o$ w. d* a6 |& ^6 ]
5 |. Y2 A  |; I+ e4 H/ u" c(3)给出建立索引所用的计算复杂度,和空间复杂度分析。, l. M- c+ d* Y

! f( J/ i: G2 h(4)给出使用索引查询的计算复杂度,和空间复杂度分析。
( [2 P7 |* f/ E+ @* }" j  Z/ z5 f0 `, n3 N4 e/ B
(5)假设内存限制为8G,分析所设计索引方法所能支持的最大k值和相应数据查询效率。
7 M/ O. X5 E* K7 U& x( t(6)按重要性由高到低排列,将依据以下几点,来评价索引方法性能
6 D; {/ m5 u* @$ E5 ^) r
4 ~% U: \% w3 L8 u希望好心人帮忙
/ J: k- B& T6 I* c! B
zan
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