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TA的每日心情 | 开心 2020-11-14 17:15 |
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问题的提出* h# d* V7 c) @, T! a
医生们发现,在一个民族或地区,当某种传染病流传时,波及到的总人数大体上保持为一个常数。即既非所有人都会得病也非毫无规律,两次流行(同种疾病)的波及人数不会相差太大。如何解释这一现象呢?试用建模方法来加以证明。
. q) j: G0 v- D5 w& m# ^
3 N5 L) \ D3 O; d8 m# k* N指数模型
4 h1 M- I5 o+ G( j0 f8 O w0 L$ [定义已感染人数为i(t) i(t)i(t),假设每个病人单位时间有效接触(足以使人致病)的人数为λ \lambdaλ,那么,在时间段Δt \Delta tΔt内,病人的增量可以用如下的公式进行计算3 Z& }4 T3 I1 ^; _
i(t+Δt)−i(t)=λi(t)Δt i(t+\Delta t) - i(t) = \lambda i(t)\Delta t
+ N$ \7 x- ~: G6 j! W# \i(t+Δt)−i(t)=λi(t)Δt
0 R0 [4 V |: U7 V& y) B/ m. D, x |( F$ m9 E
将i(t) i(t)i(t)移到等式的右边,我们得到如下的递推公式 Q/ y8 w* j8 a& Q( q
i(t+Δt)=i(t)+λi(t)Δt i(t+\Delta t) = i(t) + \lambda i(t)\Delta t
4 D9 n; B, n( A9 hi(t+Δt)=i(t)+λi(t)Δt" a* N' e, o4 Y4 g) j. K
( @& k8 O: ~( f# Q3 n以上递推公式意味着,我们可以通过当前时刻的病人人数和致病参数λ \lambdaλ,计算得到Δt \Delta tΔt时间后的病人人数,将以上思想在Python中进行实现,代码如下。
1 ` }; r0 x# k" K
$ z/ v0 l0 C( ]- e6 i5 r' K: Limport matplotlib.pyplot as plt
1 W! {4 Y6 O: L$ U' z%matplotlib inline
% y, H" y. Q- B- m) TdeltaT = 0.011 l+ V( \$ j9 H W: p( o; T
lamb = 2
$ i* P0 N; j j6 qi_list = []+ t& }) o7 Z1 i8 ^
i0 = 0.08; # 初始有8%的人患病
8 n" o* `6 o6 T; `! \i_list.append(i0)
; s3 s! o; k+ i3 g) \Tot_Time = 10- i5 F! Y) r+ `. g# d
TotStep = int(Tot_Time/deltaT)
2 M' s# Y3 ~. |6 S1 n##
1 O {3 ?- a: H$ t- Sfor i in range(TotStep):
4 {: ?, V( L) b, H9 ~: V i_new = i_list[-1] + lamb * i_list[-1] * deltaT j9 w) F+ k/ [2 O) N/ g0 y( R$ t
i_list.append(i_new)
8 U, g3 \9 e" C# |1 Zplt.plot(i_list)$ S( ]; r/ B" r" { f) [3 _
8 z, H. u* ]- T& W" \1 `将以上代码在Jupyter Notebook中运行,得到病人人数的变化趋势见下图,从中我们可以看到病人的增长是指数级的,在短短十天后,已经有3000万人患病!这显然不符合实际情况的,那么问题出在哪里了呢?
`) [' l; I# M4 D* x- R8 d, H- x" p( s
1 R, K& v1 ]3 U s, _- w实际上,若病人解除的是病人,并不能够使病人再次患病,实际上以上的算法导致了重复计数现象的发生。解决办法:必须区分已感染者和未感染者。0 i0 f* e3 f, I( B, p$ a- O! K
2 a6 h1 e! o7 bSI模型
: ?4 N4 C# ^- T7 m: z现在我们将人群分成两个群体:已感染者(病人,Infected)和未感染者(健康者,Suspect),该模型称为SI模型,模型假设:
5 r6 ~9 g# R3 a8 n4 E1 y( `4 Y
5 F' J2 O$ W3 w3 {: f3 F2 d在研究时间内,不考虑死亡率和出生率,即总人数N NN不变,病人和健康人的比例分别为i(t) i(t)i(t)和s(t) s(t)s(t)
$ J! ^7 H F! e K; ~8 P; I每个病人在单位时间内有效接触并致病的人数为λ \lambdaλ,且只有接触健康人才会致病,称λ \lambdaλ为日接触率- i' \: M2 g O$ x
仿照指数模型里面的建模方法,在时间段Δt \Delta tΔt内,病人的增量可以用如下的公式进行计算" l2 t+ W/ k" Q7 m6 I& F) Z' M4 S5 O
/ t; s, A, A+ p+ f
N[i(t+Δt)−i(t)]=[λs(t)]Ni(t)Δt N[i(t+\Delta t)-i(t)]=[\lambda s(t)] N i(t) \Delta t! K" G x5 U0 t1 o/ x& l# d- X+ r- N
N[i(t+Δt)−i(t)]=[λs(t)]Ni(t)Δt
# f) Z: }8 W( s" m9 ~
! z' a+ W9 b8 P4 r% Z消去N NN,再将i(t) i(t)i(t)移到等式的右边,我们得到如下的递推公式) Q/ q" C, c8 \. o+ J$ H! I% r
i(t+Δt)=i(t)+λi(t)s(t)Δt i(t+\Delta t) = i(t) + \lambda i(t)s(t)\Delta t6 |' `/ x8 n* c o6 }5 p' `. e/ a
i(t+Δt)=i(t)+λi(t)s(t)Δt
. G4 b, e# f+ M2 I& v2 i- ]- w/ Y+ V) h. ^- s
同样地,我们可以通过当前时刻的病人人数和致病参数λ \lambdaλ,计算得到Δt \Delta tΔt时间后的病人人数,将以上思想在Python中进行实现,代码如下:" j$ w. L3 D! O: e. @
- g: n/ s. W2 z
import matplotlib.pyplot as plt9 `4 }$ x3 x: J& z9 I3 E
%matplotlib inline
; n3 k. e3 G6 p& { PdeltaT = 0.01
9 \4 J% E- _3 }: {lamb = 21 Q$ v7 W% y" l, ~5 o
i_list = []
+ j" n$ C* E/ G' os_list = []
7 Q- i* }: B( \1 ]. ii0 = 0.08; # 初始有8%的人患病; N2 l/ z: C T- ^2 j# x
i_list.append(i0)
7 P% m4 J0 N$ O' vs_list.append(1 - i0)5 Y8 l0 S/ T5 `' E+ X* J
Tot_Time =5
- Y' `! J; B9 uTotStep = int(Tot_Time/deltaT)
' w7 {& i. l* l##
_- m8 L* l& [! q# F7 Tfor i in range(TotStep):
3 L! l2 i0 p9 i) H i_new = i_list[-1] + lamb * i_list[-1] * deltaT * s_list[-1]( \' t" q1 Q; \
i_list.append(i_new)
, i) P3 Q6 d, h5 c# M s_list.append(1- i_new)0 b6 y. Q) N2 {2 M9 a8 y
Time = [i * deltaT for i in range(TotStep + 1)]. b# [) l2 E% ~1 {! H: M% n
plt.plot(Time,i_list)
u- _! z+ u$ i: Mplt.plot(Time,s_list). a* E( R: y2 H- a3 t5 @6 d6 V+ i
plt.title("SI",fontsize = 20)* W- N. o( H+ `" z
plt.xlabel("Time")0 n$ I* T9 B/ Q" V0 H) _$ `
plt.ylabel('i(t)')7 v6 o6 G+ s9 h; c" X- {
% [4 V! W0 H; l O5 I7 \5 j3 g; E9 v
从SI模型我们可以看到,病人比例不再会出现"指数爆炸"的情况,在t→∞ t \rightarrow \inftyt→∞时最大患病比例为1。在SI模型中,病人数量的增长曲线是一个典型的S型曲线,又称为Logistic曲线,该曲线在生物学上经常被用来描述物种的增长模。- ]. q- C X3 p" v2 {9 G, \$ q0 e/ J
! w5 ]3 G( I5 y# F% I# I; | `& e然后,SI模型的结论告诉我们,无论λ \lambdaλ多么小,最终人群都会患病,这显然也是不符合实际情况的。
8 @5 ~1 @3 i" t% O1 o/ K$ V/ ?, x———————————————— b* V! Q6 E+ |! x9 A0 `
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5 A, q* h- M9 J
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