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主成分分析(PCA)进行特征提取

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发表于 2023-8-20 17:19 |只看该作者 |倒序浏览
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这段代码实现了主成分分析(PCA)的数据得分计算和特征向量提取。下面是代码的解释:
2 m6 n/ U4 d8 `* |& g1 D$ L. u, R' j7 ^% p4 d
1.函数定义:
5 }4 ?$ W# B. Y
7 q& `" @5 P7 W& Y; p# p- U5 F% |/ f! s& E. Z0 ^2 t
2.函数名为PCA,接受两个输入参数:raw_data(原始数据)和T(保留率),并返回新数据。
; t( G. {, C0 m# X" s+ b, f1 V4 G; @0 A8 |: U  f0 L9 U. W

: S/ ^- t9 D7 [$ s3.数据读取与标准化:/ e: Q! }) N$ m: o
! n9 A( ]' c+ j# P- l7 j

) K/ ?% J+ o* @4.将原始数据raw_data赋值给变量A。
2 B" a0 b' N- L$ p( _5 h0 |  Y5.获取数据矩阵的尺寸,其中a表示行数,b表示列数。
4 b4 U# i0 `, L+ I* _+ W6.创建一个与原始数据大小相同的零矩阵SA。3 f6 P7 v" ?6 F1 K
7.使用循环将数据按列进行放置,并进行标准化(归一化),即将每列数据减去该列的均值,再除以该列的标准差。
! V* [+ E7 _( g" T
  y5 C- G$ T' B- K6 W/ C/ Z$ ~. {1 H. v% ^, s
8.求解相关系数:
0 U0 |: @7 F4 t& |: E& f/ m3 O! E& `

. c0 g9 Z4 i/ M0 g0 ]* A! e2 U9.使用corrcoef函数计算归一化后的数据矩阵SA的相关系数矩阵CM。! J6 x  i9 j* ?$ d+ w
, G/ y2 x+ T# K+ f
# x/ |/ D  O8 W" ]
10.计算特征值和特征向量:
, C. X) s7 N9 w4 U1 t: a" T
" N+ @& P! B6 T6 q: ^, g0 y' F8 V$ Q" A" I& L8 [4 m0 |& u
11.使用eig函数对相关系数矩阵CM进行特征值分解,得到特征向量矩阵V和特征值矩阵D。; O0 O1 o9 E3 ?- V
. c2 u; A9 c2 @; @# P" i% O7 l" h

, g7 K; b5 z3 `) z' n4 z5 K12.提取特征值和计算贡献率:  Z+ i8 j" ^* [# q4 w# {
* e9 {4 e" D! h  e+ ~+ _
- h" L# k/ e: X. ?: I% V1 r* w
13.创建一个零矩阵DS,其大小为b x 3,其中b为特征值矩阵D的列数。* m) c& {6 Q5 w) Q1 W
14.将特征值矩阵D的对角线元素(特征值)赋值给DS的第一列。
, D/ ?" D- ]$ T' P# s5 H* I15.对DS按照第一列的值进行从大到小排序。
+ N4 v) N% u' K9 N% p3 y3 f) d3 z% q16.计算特征值的贡献率,将特征值除以所有特征值的和,并将结果赋值给DS的第二列。$ F) o, I7 ?( d  L( D
17.计算特征值的累计贡献率,对贡献率列进行累加,并将结果赋值给DS的第三列。4 b9 o4 @; G& `% q$ }" n
) p, w' R$ T* T7 z! l- b
# y/ i" |- H8 J
18.确定保留主成分的数量:
* W2 _7 n2 n( u2 X1 E. f7 N9 s8 l- @5 o" q

+ ?. Q1 ~6 R) W! T& S19.找到累计贡献率大于等于设定的保留率T的索引位置。
" \5 h( M+ V# z# k+ A20.提取第一个满足条件的索引(最小的保留主成分数量)并赋值给变量Com_num。/ l2 R: G+ H2 @4 u6 k( B
# C; }0 P- e/ E# ?  m; |

- I- J6 P' L* g# m7 e21.提取主成分对应的特征向量:( E3 P4 g/ J6 q* x8 U! t+ Y# w

5 r5 F0 W4 `) u9 B  s1 h, U, ]: c% }7 c2 E  X8 k
22.将特征向量矩阵V的最后Com_num列反转(从最后一列开始取),得到主成分对应的特征向量矩阵PV。# }0 g' I' ?& |

. C1 e$ o7 U7 g# W1 g* L; d8 \) u
23.计算在主成分上的数据得分:
  l1 U# B! b& Q" |0 u/ v% U8 G" Y/ p8 t, ?& f0 X6 a
0 x/ W# h& l& P3 j5 Y* y
24.将归一化后的数据矩阵SA与主成分特征向量矩阵PV相乘,得到在主成分上的数据得分矩阵data。, X# v+ J' r7 P& D' o2 x  Q- ^; D
4 v" {' r, P! ]' B
该函数的作用是对原始数据进行主成分分析,并返回在主成分上的数据得分矩阵。主成分分析用于降维和数据探索,它将原始数据转换为一组新的线性维度,其中每个维度都是原始数据维度的线性组合。这些新的维度(主成分)根据特征值的贡献率进行排序,保留贡献率较高的主成分。
% G2 P8 N/ r4 [( A6 Y% Z1 v8 Z9 i
' W/ H. v! L0 t% K1 w8 G+ `% t( Z: |! z( `4 `3 a" b- \

; e+ F  f0 y7 D/ X# Q' w" j$ L# F! F

1 a, @" X( Z" B% Q" U# ~

PCA.m

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