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关于matlab代码矢量化的理解

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    [LV.1]初来乍到

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    1#
    发表于 2010-10-5 09:32 |只看该作者 |倒序浏览
    |招呼Ta 关注Ta
    代码矢量化是matlab的精髓,其基本特点是运行速度快和代码简洁,它是如何实现的?9 j; r1 `- g# J  G
    0 R/ |, [% N7 g8 m( o7 r  \9 A
    按我的理解,代码矢量化的本质就是设计专门的函数对数组元素集中运算,这样可提高运行速度,同时兼有代码简洁的特点。& ?2 z$ `% ]5 T+ h3 r2 q* i

    2 c- u  e  p' k& S& ?! a对matlab的理解比较肤浅,但也确实看不出有更深意义的东西,望解惑。- W8 y0 D; m) d  K9 h* y

    2 m6 h( f+ {1 x6 F  ]大家有什么看法,愿畅所欲言。- A0 H: d) |- y# M4 s
    zan
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    [LV.1]初来乍到

    本帖最后由 forcal 于 2010-10-12 21:46 编辑 ' Y4 [' h* ^' f: |

    6 l; V% f) w3 U; K0 [# X9 C3 y我正在练手设计的FcMath库也打算以矩阵运算为基础,设计一些专门的函数对数组元素集中运算,运行效率确实有所提高(甚至有些涉及矩阵的算法比matlab还快),代码也简洁了,但不知这是不是矢量化?* r- W; _0 Z; Y5 C1 d' ~, L
    1 C" W- p% b3 A! @3 k0 T
    脚本运行效率应该取决于函数调度效率、对象管理效率和函数内部算法的实现。
    8 c- }3 e& |: z! e: O4 X5 U* U. R/ \" J4 Z7 h2 Y. v4 \
    我感觉,matlab的函数调度效率较低,对象管理效率这个不好说,但一些函数内部的设计比较优秀。故有些Forcal代码比matlab快,而有些慢。
    , h+ S; F2 `4 k) q
    , m: D' l1 V0 b6 s以下例子体现了Forcal和matlab的效率差别所在。
    8 X# ]) w+ N! U5 P" G  t
    3 U6 B- p! m4 K, c+ Y2 O' Q这个matlab程序段是网友lin2009 给出的,理论结果是每个元素均为275000。
    1. clear all
      \" Y$ H7 U* H4 c* M8 {
    2. clc
      1 h' r! V0 J- r; K2 c
    3. tic  i\" o/ q& O( J( V1 r5 {1 \
    4. k = zeros(5,5); % //生成5×5全0矩阵3 d' U3 `. V1 Z9 d5 I
    5. % 循环计算以下程序段1000 00次:
      $ v) Z+ {( h: i: y
    6. for m = 1:1000 00
      8 e# ?- R4 q. q, w7 G8 r
    7.     a = rand(5,7);
        \\" C; n, v9 E' x3 z
    8.     b = rand(7,5);%//生成5×7矩阵a,7×5矩阵b,用0~1之间的随机数初始化( M9 n\" k5 |! M# H5 c* ]
    9.     k = k + a * b + a(1:5, 2:6) * b(2:6, 1:5) - a(:, 7) * b(3, :);\" T/ x; }& B1 T; _% x4 [2 y$ {
    10. end
      3 v9 K3 M2 ]6 k$ O# u
    11. k
      + A2 N4 X: H: L7 F( e* ]8 s
    12. toc
    复制代码

    0 D; [1 e( a, c! OForcal代码1:运行稍快的代码,比matlab约快10%吧?
    0 w; f0 X7 M  i& m: D4 ]$ J
    1. !using["math","sys"];
    2. 2 ?9 ]2 \\\" s5 I* Y; a
    3. mvar:
    4. 6 {! v8 S' p/ O3 w) H
    5. t0=clock(),
    6. 7 H8 e( a$ G+ v& D* i; K% f
    7. oo{k=zeros[5,5]},
    8. 5 _- T. k9 x& r# T5 U\\" n5 u7 c\\" u2 A0 ~
    9. i=0,((i++)<100000).while{* a) N- E+ c. A/ j\\" q3 v3 U
    10.   oo{
    11. 4 f! Q7 Z- f( A) S: Q4 _
    12.     a=rand[5,7], b=rand[7,5],
    13. . z$ ?% @$ _\\" n7 [
    14.     k.oset[k+a*b+a.subg(0,4:1,5)*b.subg(1,5:0,4)-a.subg(neg:6)*b.subg(3:neg)]& m& {9 r# s- `: j
    15.   }
    16.   p! b/ `8 j& h1 m0 O# a, a6 p
    17. },! y! P2 S5 z% p+ E0 W3 R
    18. k.outm(),7 }! |$ ^9 N2 c) \6 `! f0 J; U
    19. [clock()-t0]/1000;
    在我的电脑上运行时间为3.344秒。
      p2 H: U/ I) v1 ]) G5 t3 x
    * \7 a3 c+ n" I3 ^6 X+ X$ Y5 [Forcal代码2:比较好看些的代码,似乎也比matlab稍快吧?4 o% ^4 F7 R# j& \' \: Q( b
    1. !using["math","sys"];
    2. . s: v# l1 S1 x2 b' A
    3. (:t0,k,i,a,b)=
    4. ' j\\" g8 m: a* b% F' C7 n! g
    5. {
    6. . ^3 A) K; @- u
    7.   t0=clock(),7 O. r/ X! p3 ~% \+ @
    8.   oo{k=zeros[5,5]},6 [3 z, x& Z/ ]\\" G4 s/ ^8 |
    9.   i=0,((i++)<100000).while{
    10. \\" ^! t$ x3 E4 u2 X9 g$ ]% `) C
    11.     oo{+ u( x' Y0 L% r0 P0 b* c
    12.       a=rand[5,7], b=rand[7,5],
    13. 7 Z. s( M# }% U* X
    14.       k.=k+a*b+a(0,4:1,5)*b(1,5:0,4)-a(neg:6)*b(3:neg)
    15. 7 T6 x# r\\" t7 O1 {- R& V
    16.     }
    17. , C: \; E/ [# m& L3 L1 {  _
    18.   },
    19. 1 v( W& k5 }% _. @( _  i\\" J
    20.   k.outm(),6 U7 A, N! w. w* d5 h4 E
    21.   [clock()-t0]/1000
    22. ; t& d# f) k  G; c9 U
    23. };
    在我的电脑上运行时间为3.579秒。- r, N2 c2 @; E% v

    * M" w2 n+ Z3 F( L* c" {例子2:
    2 |- c% {& N) o& o! }; k一段程序的Forcal实现:! }$ h% T5 i1 J8 n
    1. //用C++代码描述为:\" ~- C- x: B1 s2 O3 x* L
    2. s=0.0;  # t8 R\" U; h( M9 Q
    3. for(x=0.0;x<=1.0;x=x+0.0011)  
      # N6 J- ]1 a7 J5 I
    4. {5 c% X8 @( v' o9 ^2 M; v3 `3 y
    5.   for(y=1.0;y<=2.0;y=y+0.0009)
      0 H1 }8 }# u- C! F
    6.   {
      : x, Q\" A5 e1 D8 J4 k) G
    7.   s=s+cos(1-sin(1.2*x^(y/2)+cos(1-sin(1.2*y^(x/2)))));+ _+ U' ?9 d% h& f! K7 g
    8.   }1 }  Z\" w$ I0 P; k3 R) _. m- U5 [1 G
    9. }  
    复制代码
    结果:
    6 h( o2 B# Z! i- ]: m9 V+ Y, Z1008606.64947441+ v2 c/ S& ^, |$ g$ n
    0.609 //时间
    & q; T) J! j7 r+ x. @; A
    # V6 L# v* V6 N. z这个matlab程序段是网友yycs001给出的。9 B0 O$ r3 ^  l& z3 s# [
    1. %file speedtest.m! ^3 e- N8 C: ~7 J\" G8 d
    2. function speedtest
      6 M5 i+ Q' G/ D( v
    3. format long
      * m, V/ G' h5 c( l: ^
    4. tic8 r/ ^3 J/ K/ R) U+ t2 q
    5. [x,y]=meshgrid(0:0.0011:1,1:0.0009:2);/ O: t) ?  u: a+ O; h  U. z
    6. s=sum(sum(cos(1-sin(1.2*x.^(y/2)+cos(1-sin(1.2*y.^(x/2))))))): ~7 U# b( `) [; M( I$ c  B* _
    7. toc
    复制代码

    3 _' f" O: x4 PForcal代码1:**数组求和函数Sum,完全矢量化的代码/ j4 u" l5 g: k; b. E" g
    1. !using["math","sys"];( C  a\\" _- J- Z* R: r
    2. mvar:
    3. 9 Q$ T; |0 G7 x
    4. t=clock(),
    5. $ a7 a6 F8 Y8 L+ c
    6. oo{' ]5 A* r( A\\" b- y/ }4 Q6 U: z- u! J
    7.   ndgrid[linspacex(0,1,0.0011),linspacex(1,2,0.0009),&x,&y],+ _! K/ F7 j+ d# E, T5 ~$ J
    8.   Sum[Cos(rn(1)-Sin(rn(1.2)*x^(y/rn(2))+Cos(rn(1)-Sin(rn(1.2)*y^(x/rn(2)))))),0]3 I! D$ O' H$ G
    9. };
    10. ; @, k& |* X% ^
    11. [clock()-t]/1000;
    结果:% l  K( [$ m$ F' ^( S4 T4 X
    1008606.649474410 Y. J. C7 H9 p# n/ Y
    0.625 //时间
    7 B4 w' x/ @) Q9 u' [0 L2 H! W9 p" l& U! N
    或者这个,与上面效率差别不大:
    . z! ^1 s- D0 Z- E4 i4 G1 o- C
    1. !using["math","sys"];3 k' F4 S1 y; j% n9 a
    2. mvar:
    3. ( y\\" K2 m$ V( p' E. }
    4. t=clock(),# s: L  |& Q; A( K/ T
    5. oo{
    6. & i+ h& b, `. ]& _& _1 p! d
    7.   ndgrid[linspacex(0,1,0.0011),linspacex(1,2,0.0009),&x,&y],
    8. 7 ^4 k( A. O0 F( j- z: k; I
    9.   Sum[Sum[Cos(rn(1)-Sin(rn(1.2)*x^(y/rn(2))+Cos(rn(1)-Sin(rn(1.2)*y^(x/rn(2))))))]]# T; G$ y% u, `# O0 V
    10. };. U9 j- q4 D! ^$ H
    11. [clock()-t]/1000;

    0 H1 T9 a. _" d1 _4 `5 o% JForcal代码2:求和函数sum,非矢量化代码
    ) ?/ G- R: i, o1 i  g( L4 L
    1. f(x,y)=cos(1-sin(1.2*x^(y/2)+cos(1-sin(1.2*y^(x/2)))));
      3 ^: \2 ]: v% `6 d0 S; F8 r+ `
    2. sum["f",0,1,0.0011,1,2,0.0009];
    复制代码
    结果:
    ; @( r+ C6 C5 T0 Q8 p1008606.64947441
    8 x, f; Q* a& w, N5 o0.719 //时间6 b& H0 h  u# q, N6 Q; w

    1 w* \8 U  N. `, S1 _Forcal代码3:while循环, F1 ?2 J: ?& s
    1. mvar:
      8 q# ^. q3 P& S1 d6 L
    2. t=sys::clock();
      * q& M$ H3 u: P1 t  e
    3. s=0,x=0, 3 p: Y2 k' {. G# ?0 {+ K  T4 i) v
    4. while{x<=1,  //while循环算法;
      ) E4 d$ V8 b0 _
    5.    y=1, , X% ~9 w4 Y1 r- S
    6.    while{y<=2, . |\" `% g( \$ s7 n1 x: B
    7.        s=s+cos(1-sin(1.2*x^(y/2)+cos(1-sin(1.2*y^(x/2))))),
      * s\" I\" `( c; r$ p( r6 w7 x) w
    8.        y=y+0.0009
      % u, e; y! E( l; a* \- T+ {
    9.       },   A$ q, B. {& E. ?. n9 }! i! q, T4 e
    10.    x=x+0.0011 ( E1 C+ \$ F3 p7 v
    11. },
      / N& E, e' w# F
    12. s;7 Y' t! N4 @7 h6 i3 d) p4 y6 W\" {# V
    13. [sys::clock()-t]/1000;
    复制代码
    结果:
    * A+ v0 J# u1 n/ q% E6 ~6 T' s) R1008606.64947441- W% Q! y) i& \, B0 A
    0.734 //时间
    6 K* e7 d" v1 A/ l6 M2 t' F; \! `. E, I. I" g6 f: z
    大家可下载OpenFC进行测试:http://www.forcal.net/xiazai/forcal9/openfc32w.rar( g! s9 }. s3 N2 i2 L

    2 v# M( Y& S; [1 \: ~5 M! j7 X# [; n注意Forcal的矢量化代码第一次运行有时效率较低。
    , D* q" h4 d1 T# E" L" k7 F# ?6 s2 S3 a4 p( q2 _1 W# N! v! ?
    例子1中Forcal和matlab都是矢量化代码,但matlab跑不过Forcal。该例子的特点是函数调用频繁,临时变量生成多,但矩阵很小,矩阵的各种函数运行时耗时较少。故说明Forcal函数调用+变量管理效率优于matlab。: j7 J& u8 c0 [" i' u. r6 k& F
    ! o: G! p0 i% {- D
    例子2中Forcal的矢量化代码是最快的,但与matlab的矢量化代码相比仍有差距。该例子的特点是函数调用少,临时变量也少,但矩阵大。故说明Forcal的各种矩阵函数Sin、Cos及矩阵的加减运算等函数的内部设计不及matlab。
    # S* t& X7 j) w3 Z* b' w5 S, }, x- @
    ) F( ]% i3 F( T3 Z3 k! a如能在函数内部设计上下点功夫,例子2超越matlab也是可能的。在这方面,期待高手们的指点。
    $ J6 Y8 o7 m$ ?, {# R' g0 C, V6 o* m( j$ v# X% ]( r
    如果例子2速度也超越了matlab ,matlab矢量化的神秘面纱就揭开了。$ q% S5 a! b1 s! c* j
    + P0 h" a' ~7 Y. U/ z
    顺便说一下,例子1如果用C++的运算符重载来实现,速度将比Forcal慢一些,也就是说,在涉及运算符重载时,脚本的效率有时比C++还要高些。

    : C+ Z, M" r* M; {, u! m3 R7 n
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    参考:http://bbs.emath.ac.cn/thread-2709-1-1.html% c/ K) T8 c0 ?  p
    % q4 }$ R3 x0 p5 A2 e2 h
    我在多个帖子中有不同说明,但将这些说明再集中到一个帖子中比较麻烦,大家相互参考一下,看能否把这个问题解决了。
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