基于联合识别的基因预测

madio

题 目 基于联合识别的基因预测
+ m7 _5 @  ]) H/ r摘 要：
本文围绕基因序列识别问题，在合理假设的基础上，通过数学推导证明voss
" C/ d# m+ q6 e" J7 d' P8 U# \映射和Z-curve 映射效果等价，并给出了实数映射的快速算法。而后通过统计分析，
1 [( {* M9 U: o8 h; O模型优化对不同类物种进行了信噪比阈值确定并验证其有效性。最后根据联合识别
对未注释DNA 编码区预测进行了建模，实现和分析。
针对问题1：推导出了Voss 映射下功率谱与信噪比的快速算法。其中，功率谱
+ e' u1 {! c7 I# r/ N( }/ l算法仅需统计，无需进行繁杂的DFT 变换；信噪比算法把加窗处理和平均处理结
# i% }; k- X: F& L( e' a) p) A4 E; X合起来，大大加快计算速度。同时推导得出：Z-curve 映射下的频谱和信噪比分别
5 ~" B+ w4 F: o) A" K为Voss 映射下的频谱和信噪比的4 倍和4/3 倍，并得出实数映射下信噪比的快速计
5 D/ t4 F$ o' }2 L. j算公式。
; F  b  {5 R1 r- ]3 o  \; k针对问题2：采用3 种阈值确定方法：经验阈值法、最优化方法、曲线法分别
对人、小家鼠、褐家鼠、哺乳动物4 类基因进行阈值确定；依据敏感性、专一性、
总正确率3 指标分析不同阈值确定方法的基因判别效果，确定了基因的最优的阈值
确定方法，并得到其最优信噪比阈值；最后针对误判原因进行了初步探讨。
针对问题3：单一的固定窗口的功率谱图或是移动序列的信噪比曲线图在识别
上不够精确，通过两种曲线的联合识别，能更精确的判断外显子片段（区间和两端
0 ^2 w7 P! U7 F/ g* V点）。且通过Matlab 里的Sequence Viewer 对所识别片段进行进一步辨识，提高了端
点辨识准确度。
针对问题4：总结出以下几种能够识别基因编码序列的特征指标，分别为“非
$ C3 y, T, t0 i& D, v7 X. f$ G3-碱基周期性”编码序列指标，旋转矢量指标，非均匀指标及干涉指标。并对采用上
1 D& ?7 z1 L9 s0 F+ U/ {述指标识别编码序列的原理进行了概括与总结。
- K& w; G9 C& {2 R3 ^7 Q本文亮点在于：（1）找到2 种最优阈值确定方法，通过统计其判别正确率，判
  O, j: W* h: ?别效果均好于以2 为阈值的经验法；（2）结合固定窗口滑动法与移动序列的信噪比
- 2 -
7 [5 q" q- a1 ?* [# _* ^8 U曲线法对基因识别的特点，提出联合识别理论，提高了辨识效果。
[关键词]：基因识别 功率谱 信噪比 阈值 3-周期特性 联合识别
* i5 ?6 w$ h0 M1 U+ P+ J1 ^
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2013-7-30 05:06 上传

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yahsu

谢谢分享   好东西

yahsu

好东西  谢谢分享

夏朗的芒果

谢谢楼主分享。。。学习ing

sx2460927670

好贴。。。。。。。。。
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