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最近遇到一个问题,如果因变量为一个连续变量(如胰岛素水平),主要考察的变量为分组变量(如正常血糖组,前糖尿病组,糖尿病组三组),现在的目的是想看调整多种变量(包括多个连续性变量和分类变量)后,胰岛素水平是否一致。6 T) z4 n, Q+ D# d& S. X& `% C
* k. _8 c9 q! L" X6 s. a* H/ [* w* `& t. @* l/ j2 [$ x
一开始的思路想到的是采用GLM进行协方差分析来解决。3 Z8 J3 F+ c3 H! m3 e+ q$ s
9 D2 Z' q2 P. u' k# u! Q
但是有觉得似乎不是很对,因为经典的协方差分析通常只考虑一个连续变量(协变量)和一个分组变量,同时协变量和分组变量只有不存在交互的时候(经典协方差分析的前提)才能使用协方差分析。
4 i* B; z& J6 r. A1 X1 ^: _8 Z针对我目前的问题,如果想调整多个连续性变量和分类变量,这种方法能否再叫协方差分析?如果可以认为是协方差的思想,用不用检验协方差分析的前提(如协变量与分组变量之间的交互)?多个连续性变量和分类变量存在时,该前提应该怎么检验?
# |5 B. Y# V& A: J. C: d- f' M7 y
8 O' A0 m' B+ ]通过跟别人交流之后,有一句话非常受用:线性模型其实最重要的不在于用的方差分析还是协方差分析,而主要是检验残差是否符合线性的几个条件。 a* J/ P* }; v5 I
6 `8 j5 {* {" W5 W" p受到该启发后,认真再复习GLM的相关资料,得到更加重要的总结如下(来自高惠璇SAS/STAT软件使用手册,实际是SAS8.2的User's guide的中文版,但是目前SAS 9.2,9.3的User's guide关于GLM模型的介绍中已经删去了这么经典的总结,实在可惜,倒让人看不到GLM的真正长处了):
+ ~; u) k6 P+ b P6 I G" [如果X1-X3,Y1-Y2为连续性变量,Y3为分类变量,a-c为分类变量,time为时间变量,目前我们熟悉的模型可以简单概括如下:* \; m% [0 e% F: Y
(1) y1= x1 简单回归4 m7 u- X& @/ q4 C
(2) y1= x1 x2 x3 多重回归(multiple regression)
, U3 @6 W" c; m* S) q9 E& w1 u2 s$ C# `(3) y1 y2=x1 x2 多元回归(multivariate regression)
1 R& B) r$ z0 D$ b(4) y1= a 单因素方差分析
3 @& b" @9 ^, I5 L3 X(5) y1= a b (析因设计的)主效应分析$ x! |* V3 j$ r
(6) y1= a b a*b (析因设计的)主效应加交互项分析7 R2 C3 _7 [+ \* `2 O6 c
(7) y1= a x1 协方差分析
: ~2 ?6 h! v5 F# w(8) y3= a 单因素logistic回归- e* D1 J7 G- l' I6 }( l. i- {: o
(9) y3= a b c x1 x2 x3 多因素logistic回归
6 {7 U) F- v1 L) }! V(10) y3(time) =a 单因素cox回归% N7 X. o; t; [+ M' U+ f
(11) y3(time) = a b c x1 x2 x3 多因素cox回归( _! J3 G+ q& H8 r3 a! I' x% o
% L* N9 [) o, p9 q/ ]( T
1-7采用SAS的一般线性模型GLM都能实现,而1-9采用SAS的广义线性模型GENMOD都能实现,具体验证详见后面举例
2 r8 q/ B0 J8 M8 ~
4 M/ F+ B8 D$ {. |5 U3 B2 b9 B0 L再次回到开始的问题:掌握上述的基本思路后,因为因变量为连续变量,所以采用线性模型肯定是对的。如果因变量可以认为是正态的,那采用一般线性模型是合理的。所以现在的关键问题是:如果调整多个变量(包含分类和连续变量)后看不同分组间因变量(连续变量)是否仍有差异时,能否再称为协方差分析?我目前认为应该是可以的,但是事实上我们遇到这种情况后,并不再去强调它是协方差的思想,而只是回到线性模型分析的最初的起点,也即是检查残差是否符合线性的基本条件即可。
3 S: `- [7 ?9 Q- b9 s
, w; i* r, }# G3 }但是现实中,我们在使用GLM解决前面遇到的类似问题时,只是简单地用了,而很多时候我们都没有认真去检验残差是否符合这个条件,这可能是我们滥用GLM的表现之一,因为我们更多只关注模型的参数是否有意义,而不去关心对结果“无关紧要”的前提条件。
. n( o8 m- `* A) I6 s) P4 I; r u3 h6 O, O" ^& @
再次思考一个问题,上述列举的1-7模型,在GLM中并没有特定的选项指定是哪一种模型,而采用一种表达方式。由此,可以进一步深入概括一句话,GLM模型,对于上述列举的1-7模型并没有本质区别,唯一的区别只是模型中自变量的属性和数量不同。但是我们对1-7模型的叫法却不相同。而其原因是我们对事物的认识是一个由浅到深的过程,之前我们认为他们是不同的7件事情,随着认识的加深,发现原来这些问题可以用一个方式表达出来。而SAS的GENMOD则更能说明这一问题。现在还没有一个模型能把上述模型1-11用一种表达方式表示,但是COX回归在抛开基线生存函数之后剩下的部分也是线性模型,所以说不定哪天真的能够把上述所有模型用一种表达方式表示出来。到时候更应该相信人们对事物的认识绝对是一个由浅到深的过程啦。4 s1 c, ?8 k9 a0 ]) t
- L3 ^; M( c0 i* V" \6 b h- m
附:GLM与GENMOD在协方差分析结果的比较7 w4 P z' d$ H, r/ H: ]
data drugtest; / N) { J% }) o; Z
input Drug $ PreTreatment PostTreatment @@;
, Q: _) M0 ^( u: B p datalines; # U; e5 U- }* ? p( I0 }" O
A 11 6 A 8 0 A 5 2 A 14 8 A 19 11
7 }$ G6 x1 i# V5 V! C/ y A 6 4 A 10 13 A 6 1 A 11 8 A 3 0 " D( g4 }7 r1 p( `+ e' R& ?
D 6 0 D 6 2 D 7 3 D 8 1 D 18 18 4 w4 _! S- P4 v! F# ?
D 8 4 D 19 14 D 8 9 D 5 1 D 15 9
- }$ W+ R! ]$ J F 16 13 F 13 10 F 11 18 F 9 5 F 21 23 " G! y& N- T1 x
F 16 12 F 12 5 F 12 16 F 7 1 F 12 20
e: C0 t- v9 r, B3 o$ j ; ( t4 i- B& y2 A0 c
& x$ b; n8 ]) V- u# j( z7 o( h proc glm; ! I2 d5 C$ O$ H6 D- v2 p
class Drug;
4 u6 G: y7 O; B' D# g model PostTreatment = Drug PreTreatment / solution; k3 w" H1 O; _. Z! H$ I E z% s
lsmeans Drug / stderr pdiff cov out=adjmeans;
; Z% b/ y3 w0 C4 `/ [- L run;
! F7 t3 J& {$ F6 d" F3 o" k8 d8 S$ e3 k2 h8 V& p/ C
proc genmod data=drugtest; * Z) F" l) Q; y- Y5 }. l/ L: K
class Drug;
* r5 \: N( Q- ] V/ T model PostTreatment = Drug PreTreatment / dist=NOR link=ID obstats type1; 0 e& _* _8 C% g; s
run; 1 [! Q3 J+ C- Z1 K8 f* x3 T/ ]1 C
4 r5 u4 B: @" P6 V3 ?
proc print data=adjmeans;
' t ?; s* N) o0 z9 t run;' g4 [ F; d8 \& V' A- G* a" J
$ Y5 J. D" Q5 r5 w) \+ a
$ L3 N' I& N& V9 y2 }' E R" l6 D, M5 o" |
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