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主成分分析(PCA)进行特征提取

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发表于 2023-8-20 17:19 |只看该作者 |倒序浏览
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这段代码实现了主成分分析(PCA)的数据得分计算和特征向量提取。下面是代码的解释:
% q+ {5 X9 M6 P  L4 d4 r: x+ F* {$ o& B/ I8 K, ^# i, J, o
1.函数定义:' E8 ]* U' m! J1 `8 o

) F" c( O$ M: ?5 d) m& I' A4 I
+ i3 K( F: I& a' q4 W3 V3 ], H2.函数名为PCA,接受两个输入参数:raw_data(原始数据)和T(保留率),并返回新数据。
; Y0 Q! G& Y( t( \3 s- W% C$ k: T/ n* G
. ~/ _0 {" p9 ]3 d6 t
3.数据读取与标准化:2 }6 D) F) G! K& z3 `9 V

4 v' V- Y3 D: h  U/ u7 Q% m6 r+ Y. O6 Q, @- @! W
4.将原始数据raw_data赋值给变量A。
! c; t5 J0 x1 E5.获取数据矩阵的尺寸,其中a表示行数,b表示列数。
" J5 G* o, g8 s* v3 ~! g6.创建一个与原始数据大小相同的零矩阵SA。
) x. v0 W5 l+ P4 {7 e. k7.使用循环将数据按列进行放置,并进行标准化(归一化),即将每列数据减去该列的均值,再除以该列的标准差。
" M9 h3 ^8 C8 i( d: S" P$ Q1 D* s) M3 g9 u
# {, E$ Z( l6 i9 ]
8.求解相关系数:
" [8 v5 N) D7 `
; w! U2 e% k9 i/ j( r( f1 H& K7 g, z7 H5 X% U0 E; D
9.使用corrcoef函数计算归一化后的数据矩阵SA的相关系数矩阵CM。1 V& i4 E5 I% y% }6 _
6 V& Q: f0 Z1 U. Q# |
# T, [+ _6 G& k9 j+ U9 j
10.计算特征值和特征向量:
1 i$ J7 z/ x; `, K+ A" ?  @* l1 W) k8 T8 q7 b- l

7 U& e" F, D, f3 ~+ W* I11.使用eig函数对相关系数矩阵CM进行特征值分解,得到特征向量矩阵V和特征值矩阵D。7 @) i* d' h7 Z& |- f

. G' I$ `5 G! ~1 F
1 ^9 T( E& U4 b0 H6 L0 D12.提取特征值和计算贡献率:" {8 d  n: U7 L. ]$ h, c/ u+ \* N) m
8 ~8 }( z- f3 \; p1 b5 s
/ l; m8 V% C% m  S5 Y  O6 a
13.创建一个零矩阵DS,其大小为b x 3,其中b为特征值矩阵D的列数。+ E( E" U4 R1 q' f' m, i
14.将特征值矩阵D的对角线元素(特征值)赋值给DS的第一列。2 T6 q, ~: h4 b! j( l
15.对DS按照第一列的值进行从大到小排序。: j" D# {* }5 k' d8 b7 J4 K
16.计算特征值的贡献率,将特征值除以所有特征值的和,并将结果赋值给DS的第二列。# {3 A/ Z, K6 q  E( Y2 ]
17.计算特征值的累计贡献率,对贡献率列进行累加,并将结果赋值给DS的第三列。4 V' l7 y( x- p" ?7 a' T
" Z, F& b* Z9 N8 `& n

0 J) T/ w+ d+ d8 L9 e18.确定保留主成分的数量:% j: {* A2 N1 h) k3 e. Q/ m$ @

" {0 H# P4 G% Z* b6 ?( d2 X
3 `- \& g: w1 |- [19.找到累计贡献率大于等于设定的保留率T的索引位置。) G: g2 ]8 Q- R; E* s
20.提取第一个满足条件的索引(最小的保留主成分数量)并赋值给变量Com_num。
& M% L# y& I# d, \6 p8 x
) d4 N0 R% R! r8 H
# I3 s8 D; H+ H6 r21.提取主成分对应的特征向量:/ i* W& Y: e+ g4 H6 ]1 H

8 N  H* {1 ~! B
' p/ E3 Y) X2 t/ v6 s22.将特征向量矩阵V的最后Com_num列反转(从最后一列开始取),得到主成分对应的特征向量矩阵PV。  X& D. A/ W0 U
9 @$ J! ~0 C. s* S6 [! S
* }; o+ |1 N, W/ f& |
23.计算在主成分上的数据得分:% q# O. }- R5 v
7 P- }: d1 u8 ]0 w+ B) m/ x3 f
, d9 a! R8 R2 L' i9 W) T: F
24.将归一化后的数据矩阵SA与主成分特征向量矩阵PV相乘,得到在主成分上的数据得分矩阵data。+ V6 Z' h1 M& P5 W0 l2 T* k

3 C3 p) _' g; R该函数的作用是对原始数据进行主成分分析,并返回在主成分上的数据得分矩阵。主成分分析用于降维和数据探索,它将原始数据转换为一组新的线性维度,其中每个维度都是原始数据维度的线性组合。这些新的维度(主成分)根据特征值的贡献率进行排序,保留贡献率较高的主成分。
/ a* f8 \7 a6 w4 D" }& R2 s7 R; l

8 `4 g/ S" S* @' \
. J1 W. j4 J9 G$ w  U
* K: H4 g4 z  u0 |% t2 |! l# i/ V  S+ f2 p4 L6 b

PCA.m

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