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主成分分析(PCA)进行特征提取

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发表于 2023-8-20 17:19 |只看该作者 |倒序浏览
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这段代码实现了主成分分析(PCA)的数据得分计算和特征向量提取。下面是代码的解释:
5 Z8 O( G; A4 |4 ?0 M: b/ G' Z. C) G( U
1.函数定义:
2 V! K" L* I, I, A& [) ^4 U5 V# M4 M3 f7 N( c

7 u5 u. F9 [. M& Z4 s2.函数名为PCA,接受两个输入参数:raw_data(原始数据)和T(保留率),并返回新数据。
9 X% M" \4 a+ U' v  C5 l& E' E3 u/ T5 s$ Z1 B( e

3 I9 l) T+ C+ p: X! V6 @3.数据读取与标准化:' d( B  g; d" i  f' E4 K: v

% b5 ]/ f( }4 c$ x# R: y5 j3 w' l0 U# C) i/ Z
4.将原始数据raw_data赋值给变量A。
8 |9 W! O9 p3 S4 f% F5.获取数据矩阵的尺寸,其中a表示行数,b表示列数。
& Q) K9 E1 m( T( I6.创建一个与原始数据大小相同的零矩阵SA。
5 ~; s8 g: A/ S1 z/ q/ t7.使用循环将数据按列进行放置,并进行标准化(归一化),即将每列数据减去该列的均值,再除以该列的标准差。: C6 o; c- C& B/ x; d
1 {. i; u8 Y' V8 O6 d5 U1 B& i

3 z5 d' N  A- s( a% f8.求解相关系数:' c. }& g0 t) U$ G4 {+ u4 c

+ Z3 r: u9 W* j/ K) n
6 p3 ?( I: b9 Y( \+ n5 A. M1 `% P9.使用corrcoef函数计算归一化后的数据矩阵SA的相关系数矩阵CM。2 F8 i$ Q9 q! B# z7 d
- P$ f! H/ D5 Y8 S

. b+ {/ m# S0 r& b1 n10.计算特征值和特征向量:; S, O4 z. t# c

& j! W# L% ?" p9 E4 p( p6 k3 }' }0 c' c: p8 |, w" h  P
11.使用eig函数对相关系数矩阵CM进行特征值分解,得到特征向量矩阵V和特征值矩阵D。
4 w! h6 Y+ W1 b4 L' |) I9 ^& j2 O1 F4 s! F' a9 ?9 w
( T* [1 G( U  f6 l+ \: l
12.提取特征值和计算贡献率:! P+ I5 U& X! G2 ^8 L

- f9 n7 a- ]/ E" |/ b% P# A1 H6 b) f
13.创建一个零矩阵DS,其大小为b x 3,其中b为特征值矩阵D的列数。- N' p' Z: X- r; C' |
14.将特征值矩阵D的对角线元素(特征值)赋值给DS的第一列。6 s1 k. T9 m0 V) k
15.对DS按照第一列的值进行从大到小排序。
" z" n6 C. H% q1 s& j8 Y5 V1 O16.计算特征值的贡献率,将特征值除以所有特征值的和,并将结果赋值给DS的第二列。4 v- s3 a# P8 C! l* r* S+ j& G& @# N
17.计算特征值的累计贡献率,对贡献率列进行累加,并将结果赋值给DS的第三列。
# R) y: H  c" s# {3 A" d
+ ?# o3 ~7 M* {' ~; }
0 V  D% Z+ J+ Q2 H# B9 E18.确定保留主成分的数量:
" o" X" _4 o5 w) z
% e) A1 U# c, l; ?2 _) c
  ?% D1 Q( w+ i: \19.找到累计贡献率大于等于设定的保留率T的索引位置。+ K) |6 r4 `2 ^, V- z! E! v
20.提取第一个满足条件的索引(最小的保留主成分数量)并赋值给变量Com_num。7 G4 r8 m' M7 V( U) Y$ F3 p

$ @$ I2 `" r$ J4 ^0 l& l0 X8 `& C( N4 _2 C2 V2 ~
21.提取主成分对应的特征向量:
: M. ~5 ~, N) v9 H+ ]
' m3 }) R$ q  c7 i; N7 e& K( ^- m, n2 {: x$ q0 R$ y
22.将特征向量矩阵V的最后Com_num列反转(从最后一列开始取),得到主成分对应的特征向量矩阵PV。
0 R: Z% e& ]- w5 z. n1 U' T" g

. t" r) F7 d3 E" Q* d+ F  L: q23.计算在主成分上的数据得分:
) ^6 x, {7 p+ r) T' u8 K3 V3 I# r6 k: _; M3 B" \% Y

- F) ~6 B" r4 l- V6 B# n+ O24.将归一化后的数据矩阵SA与主成分特征向量矩阵PV相乘,得到在主成分上的数据得分矩阵data。- z( H3 j# l2 I1 z! I* ?
) k* ?- G" E' C; r  n& n
该函数的作用是对原始数据进行主成分分析,并返回在主成分上的数据得分矩阵。主成分分析用于降维和数据探索,它将原始数据转换为一组新的线性维度,其中每个维度都是原始数据维度的线性组合。这些新的维度(主成分)根据特征值的贡献率进行排序,保留贡献率较高的主成分。* ?3 c3 P( Z5 r7 U7 Q4 J
7 o# w: f! t5 k/ {$ S

  V0 B( B* H5 Z" G+ X6 J, g8 b
8 {  @8 J& t" ]6 u9 V! ^( }' g8 I
: r8 z  _: _6 {# W3 @0 \  I( ]7 C. i4 N$ O# L! J

PCA.m

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