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2015深圳杯b题,求教

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  • TA的每日心情
    郁闷
    2015-5-19 19:08
  • 签到天数: 2 天

    [LV.1]初来乍到

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    1#
    发表于 2015-5-17 17:09 |只看该作者 |正序浏览
    |招呼Ta 关注Ta |邮箱已经成功绑定
    给定一个DNA序列,这个系列只含有4个字母ATCG,如 S =“CTGTACTGTAT”。给定一个整数值k,从S的第一个位置开始,取一连续k个字母的短串,称之为k-mer(如k= 5,则此短串为CTGTA), 然后从S的第二个位置, 取另一k-mer(如k= 5,则此短串为TGTAC),这样直至S的末端,就得一个集合,包含全部k-mer 。 如对序列S来说,所有5-mer为/ z, ^: `  P  f8 l1 w# Q- D
      r7 G9 T! x0 L1 I5 U
    {CTGTA,TGTAC,GTACT,TACTG,ACTGT,TGTAT}: z" Z$ P$ x2 G( A
    - r$ ^0 I" ]4 S, ^2 Z( b) M9 P
    通常这些k-mer需一种数据索引方法,可被后面的操作快速访问。例如,对5-mer来说,当查询CTGTA,通过这种数据索引方法,可返回其在DNA序列S中的位置为{1,6}。
    ' h" e6 ~8 q0 {. Z4 ]- v% y
    ; e. C+ x/ `+ h4 |问题9 E1 h  m" G' F( a- A- r

    * f9 F" k* C5 U8 x1 O现在以文件形式给定 100万个 DNA序列,序列编号为1-1000000,每个基因序列长度为100 。9 r1 ~$ a: p, v) z; C1 n6 L
    9 F+ T- L/ f- s/ Y+ [3 j; `
    (1)要求对给定k, 给出并实现一种数据索引方法,可返回任意一个k-mer所在的DNA序列编号和相应序列中出现的位置。每次建立索引,只需支持一个k值即可,不需要支持全部k值。
    # }' t5 K: G* K9 U9 d9 e7 ]! ?. _, @, x8 L% w
    (2)要求索引一旦建立,查询速度尽量快,所用内存尽量小。
    3 f) u4 a% i0 K  I% e! `% w0 W% w( C* ~4 B; w! w, a
    (3)给出建立索引所用的计算复杂度,和空间复杂度分析。* o- j+ C8 ^" b) t
    9 Q' q; B$ @/ |
    (4)给出使用索引查询的计算复杂度,和空间复杂度分析。2 o9 ]6 r" M" [+ M0 R# _# W
    7 V' W3 b4 l- V) k1 |7 i" h
    (5)假设内存限制为8G,分析所设计索引方法所能支持的最大k值和相应数据查询效率。
    . W6 g" d: c3 x+ s(6)按重要性由高到低排列,将依据以下几点,来评价索引方法性能
    ( [5 A7 z3 q2 I: S给我有关程序和代码,如果可以帮忙建个数学模型,谢谢
    zan
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