QQ登录

只需要一步,快速开始

 注册地址  找回密码
查看: 2612|回复: 0
打印 上一主题 下一主题

请问在哪里可以找到这道数学建模题!求帮助,

[复制链接]
字体大小: 正常 放大

1

主题

7

听众

2

积分

升级  40%

该用户从未签到

跳转到指定楼层
1#
发表于 2015-8-18 15:39 |只看该作者 |正序浏览
|招呼Ta 关注Ta
DNA序列的k-mer index 问题) ~- t+ |, ^) ^
给定一个DNA序列,这个系列只含有4个字母ATCG,如 S =“CTGTACTGTAT”。给定一个整数值k,从S的第一个位置开始,取一连续k个字母的短串,称之为k-mer(如k= 5,则此短串为CTGTA), 然后从S的第二个位置, 取另一k-mer(如k= 5,则此短串为TGTAC),这样直至S的末端,就得一个集合,包含全部k-mer 。 如对序列S来说,所有5-mer为
/ D  K- l- z( Z( q! x/ {/ e% f% _- F3 f9 r: s( V+ ~
{CTGTA,TGTAC,GTACT,TACTG,ACTGT,TGTAT}% l: s$ |5 b8 N8 F6 f) i
+ K- k# v* K# @2 M# x
通常这些k-mer需一种数据索引方法,可被后面的操作快速访问。例如,对5-mer来说,当查询CTGTA,通过这种数据索引方法,可返回其在DNA序列S中的位置为{1,6}。0 O+ h1 A, t- S! _8 [+ x
  v& m) @2 `' J2 c" f
问题* b' ?( J- [2 [4 ?
5 S$ I2 b8 U) g1 U7 |1 ~
现在以文件形式给定 100万个 DNA序列,序列编号为1-1000000,每个基因序列长度为100 。2 Q4 S" I( M4 O4 H  }+ T% F3 q
0 m1 g) c  D. v% q; z( {  e
(1)要求对给定k, 给出并实现一种数据索引方法,可返回任意一个k-mer所在的DNA序列编号和相应序列中出现的位置。每次建立索引,只需支持一个k值即可,不需要支持全部k值。6 C, l8 i9 _9 F3 n
2 Y* e9 N: }& x2 S
(2)要求索引一旦建立,查询速度尽量快,所用内存尽量小。
, `3 S* k# @- y
3 o5 k+ h4 e7 X2 O% g, X: D. q3 X(3)给出建立索引所用的计算复杂度,和空间复杂度分析。& O8 y  k% j3 m, j$ j4 _
( `% W! V6 p5 {
(4)给出使用索引查询的计算复杂度,和空间复杂度分析。
7 @) @% M/ x. n) m
0 v( b4 y, {3 t- ?) k(5)假设内存限制为8G,分析所设计索引方法所能支持的最大k值和相应数据查询效率。
* h' |# Y) J9 @) `(6)按重要性由高到低排列,将依据以下几点,来评价索引方法性能- t. h$ {. [/ X0 C" T/ v

5 E3 G' q, r9 B9 e1 I  d# V! |, e0 E希望好心人帮忙
8 q6 [% {3 C3 @; i9 M# p4 L0 p6 i
zan
转播转播0 分享淘帖0 分享分享0 收藏收藏0 支持支持0 反对反对0 微信微信
您需要登录后才可以回帖 登录 | 注册地址

qq
收缩
  • 电话咨询

  • 04714969085
fastpost

关于我们| 联系我们| 诚征英才| 对外合作| 产品服务| QQ

手机版|Archiver| |繁體中文 手机客户端  

蒙公网安备 15010502000194号

Powered by Discuz! X2.5   © 2001-2013 数学建模网-数学中国 ( 蒙ICP备14002410号-3 蒙BBS备-0002号 )     论坛法律顾问:王兆丰

GMT+8, 2026-4-19 12:26 , Processed in 0.426578 second(s), 58 queries .

回顶部