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TA的每日心情 | 开心 2020-11-14 17:15 |
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问题的提出
5 b& J$ O1 h& A0 X; k5 @6 E医生们发现,在一个民族或地区,当某种传染病流传时,波及到的总人数大体上保持为一个常数。即既非所有人都会得病也非毫无规律,两次流行(同种疾病)的波及人数不会相差太大。如何解释这一现象呢?试用建模方法来加以证明。) R0 y: K+ t+ Y3 T0 p! q
0 y- j6 m6 b2 Q4 K指数模型
* B7 I. O- v( q. x- i% q6 V定义已感染人数为i(t) i(t)i(t),假设每个病人单位时间有效接触(足以使人致病)的人数为λ \lambdaλ,那么,在时间段Δt \Delta tΔt内,病人的增量可以用如下的公式进行计算
' J; o7 F& E& i- m+ |i(t+Δt)−i(t)=λi(t)Δt i(t+\Delta t) - i(t) = \lambda i(t)\Delta t3 p U$ S2 M, E
i(t+Δt)−i(t)=λi(t)Δt; a, l/ \; I D8 I8 G
3 V4 y/ s- R; \1 W. |$ m1 \. A8 q将i(t) i(t)i(t)移到等式的右边,我们得到如下的递推公式9 @; _0 y5 |- e, }6 |& k
i(t+Δt)=i(t)+λi(t)Δt i(t+\Delta t) = i(t) + \lambda i(t)\Delta t
& I* W: x6 H7 O! }# Y' \5 i5 J+ Ui(t+Δt)=i(t)+λi(t)Δt7 R$ b" Z8 G# J
2 d. N2 i1 v% d0 Y& T6 L# K以上递推公式意味着,我们可以通过当前时刻的病人人数和致病参数λ \lambdaλ,计算得到Δt \Delta tΔt时间后的病人人数,将以上思想在Python中进行实现,代码如下。
5 r0 d- ] @% O, J: g5 v' Y2 a/ }; H' d+ m! A0 r1 S
import matplotlib.pyplot as plt: ?1 c! A' C& N S
%matplotlib inline
, t/ y2 S& j- r( p! O% U0 OdeltaT = 0.01
2 f( E5 G3 b9 S. N8 P+ Alamb = 2& O9 ]$ x4 P2 T/ B9 y% X
i_list = []
' l$ E! n2 P9 j% ti0 = 0.08; # 初始有8%的人患病# A8 h& k7 |4 `# U4 f
i_list.append(i0)
3 {) v( D( c2 UTot_Time = 10: i9 e" m; {7 e% p
TotStep = int(Tot_Time/deltaT)
" l( z* U0 Y7 A8 ^8 G: [##
, m% B+ a2 s3 ]4 B. ?% Qfor i in range(TotStep):# h, o: n! d+ R& b+ [7 {+ B- F/ Z
i_new = i_list[-1] + lamb * i_list[-1] * deltaT6 a" }: Y1 A0 k; s4 K
i_list.append(i_new)2 X" m" j( d \. Y: ^# N
plt.plot(i_list)
( o l5 H, h8 M! t# O: ?2 `( Y
( {$ x! |; _, m6 u7 ?# v将以上代码在Jupyter Notebook中运行,得到病人人数的变化趋势见下图,从中我们可以看到病人的增长是指数级的,在短短十天后,已经有3000万人患病!这显然不符合实际情况的,那么问题出在哪里了呢?- ]& A5 G% q9 B8 L
6 Q* o. _* q" S0 z( S- g. O H3 t5 K* C' P8 }# V2 P# ~ j& A" r
实际上,若病人解除的是病人,并不能够使病人再次患病,实际上以上的算法导致了重复计数现象的发生。解决办法:必须区分已感染者和未感染者。
% I) e9 |0 Z1 A3 U
7 {+ W; v- k9 ~SI模型* Z8 f9 X% n" C2 Z' ^! p( d! H
现在我们将人群分成两个群体:已感染者(病人,Infected)和未感染者(健康者,Suspect),该模型称为SI模型,模型假设:7 i4 f0 `3 d1 L
! R% X! | ?9 d8 P在研究时间内,不考虑死亡率和出生率,即总人数N NN不变,病人和健康人的比例分别为i(t) i(t)i(t)和s(t) s(t)s(t)- S- {- O. l1 r* ^1 e. O7 o( m3 y
每个病人在单位时间内有效接触并致病的人数为λ \lambdaλ,且只有接触健康人才会致病,称λ \lambdaλ为日接触率
/ X$ P* _7 M0 u) w2 D/ T7 I( V仿照指数模型里面的建模方法,在时间段Δt \Delta tΔt内,病人的增量可以用如下的公式进行计算) j4 ^0 c- b2 @' A2 `
: d. F( U/ ?$ u8 q
N[i(t+Δt)−i(t)]=[λs(t)]Ni(t)Δt N[i(t+\Delta t)-i(t)]=[\lambda s(t)] N i(t) \Delta t
+ V0 K, I/ [$ FN[i(t+Δt)−i(t)]=[λs(t)]Ni(t)Δt) _7 ~0 D' a9 r, F/ L
( w1 @: Z! \4 z N4 y3 ~$ i消去N NN,再将i(t) i(t)i(t)移到等式的右边,我们得到如下的递推公式
x1 G% G: k! ^6 D/ @5 ?1 O# zi(t+Δt)=i(t)+λi(t)s(t)Δt i(t+\Delta t) = i(t) + \lambda i(t)s(t)\Delta t
6 b8 w' c- d2 s1 ^i(t+Δt)=i(t)+λi(t)s(t)Δt/ y, \( m# c! } j3 k2 k- M
7 A+ d- D+ m: @4 |, v* }同样地,我们可以通过当前时刻的病人人数和致病参数λ \lambdaλ,计算得到Δt \Delta tΔt时间后的病人人数,将以上思想在Python中进行实现,代码如下:, w$ R0 h! |+ X) p
" F6 S. v! _) P5 b* N: X6 m
import matplotlib.pyplot as plt0 [$ G! R- A! G: _( a2 Z
%matplotlib inline4 [8 }7 e/ V/ Q. c
deltaT = 0.01
* x* O, I4 h( B+ ]7 q( Elamb = 2+ q, `" r& u' s$ y! S
i_list = []
2 g5 f Q& C Ws_list = []* m0 |0 q5 S$ k( P, R/ w! L- F
i0 = 0.08; # 初始有8%的人患病
1 g7 `! N0 A8 Q7 D' ]$ o. s: V2 ki_list.append(i0)
" u4 c; p* _& f1 I [2 K' u& ls_list.append(1 - i0) T% }& O1 z, h$ o. M) d' ]
Tot_Time =5
3 Q7 I7 p4 s0 C2 O3 w6 A- V hTotStep = int(Tot_Time/deltaT)
$ W* J; j1 l9 Q##
' ?$ [ [- j5 v0 X( {6 ~1 E9 ?$ L) Yfor i in range(TotStep):
- `9 Q* g: ^/ ~3 q i_new = i_list[-1] + lamb * i_list[-1] * deltaT * s_list[-1]) Y# \, f- h, v8 s/ v
i_list.append(i_new)% x7 d/ R7 D4 H" q/ r6 _1 c4 I
s_list.append(1- i_new) P2 Y7 I% i1 b
Time = [i * deltaT for i in range(TotStep + 1)]
N4 R9 Q: }! I3 `+ y2 y/ S3 cplt.plot(Time,i_list)
5 ?: B2 Y+ v! N9 s! dplt.plot(Time,s_list)
; Q6 j+ d. f P6 V2 y" ~/ L- R: Iplt.title("SI",fontsize = 20)& _: i3 `2 X7 l0 H3 H
plt.xlabel("Time")
) d( I8 j6 w* }1 v9 lplt.ylabel('i(t)')
; |7 [, j1 w' @. H
8 ]0 O/ ]' l" U从SI模型我们可以看到,病人比例不再会出现"指数爆炸"的情况,在t→∞ t \rightarrow \inftyt→∞时最大患病比例为1。在SI模型中,病人数量的增长曲线是一个典型的S型曲线,又称为Logistic曲线,该曲线在生物学上经常被用来描述物种的增长模。
. z g3 o& W0 `5 r
+ N$ s, j2 R6 N; w1 O4 Z6 I然后,SI模型的结论告诉我们,无论λ \lambdaλ多么小,最终人群都会患病,这显然也是不符合实际情况的。# w6 A5 t' ~5 b3 U$ i
————————————————# q3 h& a% d4 N. v- t" A
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