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TA的每日心情 | 开心 2020-11-14 17:15 |
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签到天数: 74 天 [LV.6]常住居民II
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问题的提出
* d6 v% @# m9 L7 {( W2 V医生们发现,在一个民族或地区,当某种传染病流传时,波及到的总人数大体上保持为一个常数。即既非所有人都会得病也非毫无规律,两次流行(同种疾病)的波及人数不会相差太大。如何解释这一现象呢?试用建模方法来加以证明。
% @7 L% _) V: A+ n9 E$ N# l0 N7 J: B O1 l s2 T! E; _
指数模型; f5 }1 Z0 D; N( H) d
定义已感染人数为i(t) i(t)i(t),假设每个病人单位时间有效接触(足以使人致病)的人数为λ \lambdaλ,那么,在时间段Δt \Delta tΔt内,病人的增量可以用如下的公式进行计算% F4 _& F. T; V; c: A2 I6 W
i(t+Δt)−i(t)=λi(t)Δt i(t+\Delta t) - i(t) = \lambda i(t)\Delta t! i+ ]) I0 j# x1 M; P9 L& z
i(t+Δt)−i(t)=λi(t)Δt
- j2 N3 ^) K+ I0 r9 W( R8 v* y
$ V. ]4 H- G! V" u将i(t) i(t)i(t)移到等式的右边,我们得到如下的递推公式! j7 R7 s# X4 h2 T T5 T: j
i(t+Δt)=i(t)+λi(t)Δt i(t+\Delta t) = i(t) + \lambda i(t)\Delta t8 k; I* j1 m. E- p1 k; X( K
i(t+Δt)=i(t)+λi(t)Δt
) C8 n- c( e2 H4 J/ S2 C5 A
0 w. H+ _# j# b A$ y; c5 M以上递推公式意味着,我们可以通过当前时刻的病人人数和致病参数λ \lambdaλ,计算得到Δt \Delta tΔt时间后的病人人数,将以上思想在Python中进行实现,代码如下。7 o: ?$ h. p& { ^+ Q0 z/ X9 R% [
2 s T& m9 ]/ ^- y% G' Oimport matplotlib.pyplot as plt. |( x" g2 @( x
%matplotlib inline7 I) N8 Q; Y O% O5 U7 B4 K
deltaT = 0.01
' g: v$ t7 ^0 [& U2 v" z6 _lamb = 2
* |' D5 `; a |) }+ k0 Q, pi_list = []
) S) o) R0 I; G8 S& Ui0 = 0.08; # 初始有8%的人患病
, r& @6 c/ i' l9 bi_list.append(i0)
! b: e+ k5 L3 T: F. {Tot_Time = 10* g6 J8 C" ?3 \4 w; a. ^3 Y
TotStep = int(Tot_Time/deltaT)) `- r9 B, L w6 N
##
; G* F% R% C" Z8 Rfor i in range(TotStep):
1 {8 Q& P& t7 \1 D/ F6 z$ i i_new = i_list[-1] + lamb * i_list[-1] * deltaT
4 \. x: b0 `$ a1 v& h1 ` i_list.append(i_new)
$ I# ?+ K9 ]& x- x" U. J( p, Nplt.plot(i_list)! @7 [# p3 F4 {/ P
4 g5 L- j" O- }将以上代码在Jupyter Notebook中运行,得到病人人数的变化趋势见下图,从中我们可以看到病人的增长是指数级的,在短短十天后,已经有3000万人患病!这显然不符合实际情况的,那么问题出在哪里了呢?
9 ^- i8 v! b4 D# I K# ]9 `6 L
2 M8 y2 @1 h* i9 c- z
3 D) |$ Q! U# x; n4 i& }/ R实际上,若病人解除的是病人,并不能够使病人再次患病,实际上以上的算法导致了重复计数现象的发生。解决办法:必须区分已感染者和未感染者。+ l3 V K* ]8 C( [# G
: C. R( m, ?" Z5 b1 h
SI模型0 W/ [2 y. @' h- g0 _
现在我们将人群分成两个群体:已感染者(病人,Infected)和未感染者(健康者,Suspect),该模型称为SI模型,模型假设:
+ |! G5 ~$ l) J7 D# d! b( Q- O
" K- K, T s/ w在研究时间内,不考虑死亡率和出生率,即总人数N NN不变,病人和健康人的比例分别为i(t) i(t)i(t)和s(t) s(t)s(t)$ T0 A1 s) s3 Y- [' t# O3 r
每个病人在单位时间内有效接触并致病的人数为λ \lambdaλ,且只有接触健康人才会致病,称λ \lambdaλ为日接触率5 y( [- D0 s5 l4 T1 V, a, ]* R: X
仿照指数模型里面的建模方法,在时间段Δt \Delta tΔt内,病人的增量可以用如下的公式进行计算% P, p- ~, [1 o7 t, q- P
0 p* @8 Q' ]* V0 O/ y
N[i(t+Δt)−i(t)]=[λs(t)]Ni(t)Δt N[i(t+\Delta t)-i(t)]=[\lambda s(t)] N i(t) \Delta t
# M+ r) b% C) M1 I9 y6 b% YN[i(t+Δt)−i(t)]=[λs(t)]Ni(t)Δt
% u) ?8 `9 r4 s% q5 [. _- K" q1 A' Q: ?+ m
消去N NN,再将i(t) i(t)i(t)移到等式的右边,我们得到如下的递推公式
* ?5 y" |: r) \' u, j b; ei(t+Δt)=i(t)+λi(t)s(t)Δt i(t+\Delta t) = i(t) + \lambda i(t)s(t)\Delta t u& f k, s. E4 @
i(t+Δt)=i(t)+λi(t)s(t)Δt6 [0 I: C t' @# X
* t# ]" v8 K3 q3 ^" [同样地,我们可以通过当前时刻的病人人数和致病参数λ \lambdaλ,计算得到Δt \Delta tΔt时间后的病人人数,将以上思想在Python中进行实现,代码如下:
5 h+ u% C0 m: k5 C. F6 c0 I ^, ], R) e
import matplotlib.pyplot as plt
$ P, ~/ z" G$ t) ~- U7 i%matplotlib inline
# `6 _! D6 \& W* OdeltaT = 0.019 Q. n+ [' P0 J9 q. R+ {$ P
lamb = 20 e+ [: P# l# ~* |* A, W5 l
i_list = []. ?1 c/ H0 I2 c& m2 ~ X# w: v
s_list = []
0 Y' L& g( H8 h, F% di0 = 0.08; # 初始有8%的人患病
# Y/ d, A( G1 O% ~9 B* R7 M! \7 s a5 Qi_list.append(i0)" b: X- |3 Q# E& S! }
s_list.append(1 - i0)7 C6 [" q4 z. r! I8 D
Tot_Time =5
: e, n( o7 Q4 s: f# u' vTotStep = int(Tot_Time/deltaT)8 ~ u' e1 n5 v3 \0 w
## ) p/ J) V! N" C7 F. \. x* M
for i in range(TotStep):
% `9 z% ^3 w. N$ \: b! i9 X1 o( M) c i_new = i_list[-1] + lamb * i_list[-1] * deltaT * s_list[-1]
" Z7 B/ D+ g7 q- K$ C( n. z7 [ i_list.append(i_new)( b* g. ?/ y3 @& K, G
s_list.append(1- i_new)$ J# v% k7 w5 a3 K+ ?0 A3 n7 k
Time = [i * deltaT for i in range(TotStep + 1)]5 ^4 i$ L0 ~# K$ N8 G& S
plt.plot(Time,i_list): {- R: g5 K5 [0 {! l
plt.plot(Time,s_list)
: |4 c! D* `! X, ?plt.title("SI",fontsize = 20)! g- D& v7 ~: z, R3 Y* i) t
plt.xlabel("Time")) K. d$ [3 b" H+ w9 {1 a* @, f: d
plt.ylabel('i(t)')$ F3 w7 f) w& l) z1 V1 p3 P
& C: O8 F( n; K) j6 Z7 s
从SI模型我们可以看到,病人比例不再会出现"指数爆炸"的情况,在t→∞ t \rightarrow \inftyt→∞时最大患病比例为1。在SI模型中,病人数量的增长曲线是一个典型的S型曲线,又称为Logistic曲线,该曲线在生物学上经常被用来描述物种的增长模。5 }" ~. P8 U5 P/ r! D$ B
1 {6 F& C1 [" Z, G/ M5 A0 h
然后,SI模型的结论告诉我们,无论λ \lambdaλ多么小,最终人群都会患病,这显然也是不符合实际情况的。
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2 {+ v r0 ]3 f) h# \5 l7 h0 o& p版权声明:本文为CSDN博主「任公子ha」的原创文章,遵循CC 4.0 BY-SA版权协议,转载请附上原文出处链接及本声明。8 a" {) {5 ~* f9 P
原文链接:https://blog.csdn.net/baidu_26746963/article/details/93918383 g J2 _* S0 ?0 U: R
& S& R8 x7 l0 S/ r! U! W" P- S, j4 R4 a& U$ D
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