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主成分分析(PCA)进行特征提取

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发表于 2023-8-20 17:19 |只看该作者 |正序浏览
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这段代码实现了主成分分析(PCA)的数据得分计算和特征向量提取。下面是代码的解释:
9 F) U+ C( A/ _9 F. t% O2 ~2 R! }8 j. f# w5 r
1.函数定义:7 y% E6 \, I9 E# P' _/ J5 L

( Z) d# K3 a  c- t" s" Y
: x( s  Y/ ]5 Y+ g7 t. R$ M2.函数名为PCA,接受两个输入参数:raw_data(原始数据)和T(保留率),并返回新数据。
7 {- J- ?! Q/ T/ P; [' Z0 w! h3 ~! c$ W& ]

, J- g% |; w& \& ]4 R2 f+ ^3 \3.数据读取与标准化:% f/ @8 ?- y: P8 w! E7 U

5 e) h) H: B# O- Q7 G
; ^7 G  u8 V  h+ [( Z9 H4.将原始数据raw_data赋值给变量A。
% @1 ^( W, U* C& h5.获取数据矩阵的尺寸,其中a表示行数,b表示列数。
4 S/ D" G/ {) n3 t) k9 w! ~6.创建一个与原始数据大小相同的零矩阵SA。
6 r" h& O( z# b. V6 H2 [* l7.使用循环将数据按列进行放置,并进行标准化(归一化),即将每列数据减去该列的均值,再除以该列的标准差。1 R; L$ x) f3 }: G
0 T1 I: F! y3 h- F
+ I1 P1 ^/ E2 o( h  U
8.求解相关系数:
2 J  f# o8 i6 q! x; Z7 ]) H1 H% G  Q# q

3 T6 {8 _  U8 z% n& W0 t9.使用corrcoef函数计算归一化后的数据矩阵SA的相关系数矩阵CM。; C" `( B' A  ~9 D

8 m4 [7 n3 V' u8 _0 d% r
8 \- D6 L( v( M( `. R0 p. @10.计算特征值和特征向量:5 t9 m3 p9 }, R. L' H6 W

  |! B% n8 w, k- w6 c) |  z  W
8 [9 m. E7 `  X- j11.使用eig函数对相关系数矩阵CM进行特征值分解,得到特征向量矩阵V和特征值矩阵D。8 V$ T  L; R4 \/ t6 c
) Q3 X; R; e# s! ?- a
- g9 {$ P( P4 s! k0 |  {9 u
12.提取特征值和计算贡献率:& _. F0 E0 n2 ~) s! x
/ D+ t1 z. K& Y$ U
/ L  E$ n1 m7 p" K- c) k! M, {
13.创建一个零矩阵DS,其大小为b x 3,其中b为特征值矩阵D的列数。5 r4 }$ y+ O3 K2 s: v
14.将特征值矩阵D的对角线元素(特征值)赋值给DS的第一列。4 G2 d+ n, [& b. e( |, Y; q  t9 K
15.对DS按照第一列的值进行从大到小排序。
" C/ g* V4 p7 [/ W" b% J16.计算特征值的贡献率,将特征值除以所有特征值的和,并将结果赋值给DS的第二列。
8 q' S% U7 m. l' a. q17.计算特征值的累计贡献率,对贡献率列进行累加,并将结果赋值给DS的第三列。
/ d$ v* V, O& n0 }
$ X9 J. G# e. ~* f# O  v: s& m% ^$ R6 \; p1 z; t& t
18.确定保留主成分的数量:; h& G7 B7 u4 b0 W- t1 o& Y8 y  f

: f0 n' z0 L, T' Q: k
" J( k+ n6 p1 ^2 U3 t6 a3 m19.找到累计贡献率大于等于设定的保留率T的索引位置。
5 \6 f! X- v# j! j; z, w20.提取第一个满足条件的索引(最小的保留主成分数量)并赋值给变量Com_num。3 K0 t, e. n  U- z/ K* m; P. A
+ y  D# {5 d5 K6 |, m: k. J% q

( {+ Z, ~  T+ B21.提取主成分对应的特征向量:+ Q! |1 b+ t; S

. Z7 s  ]0 {3 M; G4 s" k5 Z. Y0 A/ _8 I
22.将特征向量矩阵V的最后Com_num列反转(从最后一列开始取),得到主成分对应的特征向量矩阵PV。, H- r% ^  O4 d, T" {  [7 o" U" o

# K8 g9 D0 v3 q7 w3 n, v$ B% L$ z8 v: Z5 y8 S2 l# c! H3 d
23.计算在主成分上的数据得分:9 _. K' D. \- ]! o# \2 ~8 k6 A

" W8 P  P7 K. ]$ Q
. m9 S9 \( I& Z9 D: @24.将归一化后的数据矩阵SA与主成分特征向量矩阵PV相乘,得到在主成分上的数据得分矩阵data。
+ k2 H- I' X, }5 Y1 n$ p7 _# [5 J, x* V) r; q5 H
该函数的作用是对原始数据进行主成分分析,并返回在主成分上的数据得分矩阵。主成分分析用于降维和数据探索,它将原始数据转换为一组新的线性维度,其中每个维度都是原始数据维度的线性组合。这些新的维度(主成分)根据特征值的贡献率进行排序,保留贡献率较高的主成分。0 V/ d% l. Y2 }8 D# n2 _9 F
  m- z  y& m! j9 z: o2 ~

: `7 J$ u/ R: N3 t5 H2 }
4 e+ X9 D) y( a4 a) r+ \* {) E( a6 _- a  z. S

: Z& N# X4 C  ?6 ?: Z

PCA.m

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