- 在线时间
- 0 小时
- 最后登录
- 2015-8-18
- 注册时间
- 2015-8-18
- 听众数
- 7
- 收听数
- 0
- 能力
- 0 分
- 体力
- 4 点
- 威望
- 0 点
- 阅读权限
- 10
- 积分
- 2
- 相册
- 0
- 日志
- 0
- 记录
- 0
- 帖子
- 2
- 主题
- 1
- 精华
- 0
- 分享
- 0
- 好友
- 2
升级   40% 该用户从未签到
 |
DNA序列的k-mer index 问题0 D8 `8 n" o6 l( m6 Z8 \
给定一个DNA序列,这个系列只含有4个字母ATCG,如 S =“CTGTACTGTAT”。给定一个整数值k,从S的第一个位置开始,取一连续k个字母的短串,称之为k-mer(如k= 5,则此短串为CTGTA), 然后从S的第二个位置, 取另一k-mer(如k= 5,则此短串为TGTAC),这样直至S的末端,就得一个集合,包含全部k-mer 。 如对序列S来说,所有5-mer为* M) a4 |1 X/ o$ K1 ?0 v
1 w8 a8 M* q3 G0 ]0 C{CTGTA,TGTAC,GTACT,TACTG,ACTGT,TGTAT}4 ^$ G; B, E- i x+ p/ {
' d& C3 |% O9 @
通常这些k-mer需一种数据索引方法,可被后面的操作快速访问。例如,对5-mer来说,当查询CTGTA,通过这种数据索引方法,可返回其在DNA序列S中的位置为{1,6}。* _* i! s# f5 g9 e& ]
E9 U9 Q1 K9 z t" l/ w; {
问题
/ b5 m* y- O% i; ?
( e$ M7 F! M/ d3 f. u现在以文件形式给定 100万个 DNA序列,序列编号为1-1000000,每个基因序列长度为100 。
7 P; e! P5 G/ y# E5 _' K! \) r: U6 ^8 T Y; p
(1)要求对给定k, 给出并实现一种数据索引方法,可返回任意一个k-mer所在的DNA序列编号和相应序列中出现的位置。每次建立索引,只需支持一个k值即可,不需要支持全部k值。3 B0 [" f9 d) U7 o4 q
3 E+ A' [- Q1 a& w. k% P' H(2)要求索引一旦建立,查询速度尽量快,所用内存尽量小。
+ D! ]3 w: @' ?1 I1 b9 E' \* u( Y4 x1 d! O" ?! H% ~6 g
(3)给出建立索引所用的计算复杂度,和空间复杂度分析。
* R1 C7 V* j1 [% n4 J( c' `+ p4 \8 P) T) _
(4)给出使用索引查询的计算复杂度,和空间复杂度分析。4 ^; Y& z5 k+ A c' V
6 T Q! e2 |& c2 `) w: t(5)假设内存限制为8G,分析所设计索引方法所能支持的最大k值和相应数据查询效率。
/ w& x* K. w# c% {* M: t F- F7 k(6)按重要性由高到低排列,将依据以下几点,来评价索引方法性能3 Q0 i8 K4 k4 }/ P) K
5 H, }& h- T: [& u9 E; U希望好心人帮忙
6 W |0 l+ F, ` |
zan
|