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关于matlab代码矢量化的理解

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    [LV.1]初来乍到

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    1#
    发表于 2010-10-5 09:32 |只看该作者 |倒序浏览
    |招呼Ta 关注Ta
    代码矢量化是matlab的精髓,其基本特点是运行速度快和代码简洁,它是如何实现的?7 ]0 a6 J$ H- O3 X  A1 H5 m

    , w, q; }8 S; n8 K7 U2 ~按我的理解,代码矢量化的本质就是设计专门的函数对数组元素集中运算,这样可提高运行速度,同时兼有代码简洁的特点。/ m" K+ l! r, Z% D# a) l
    % W  w, d9 ]; q3 U' t2 ^$ W
    对matlab的理解比较肤浅,但也确实看不出有更深意义的东西,望解惑。6 ]' h- T" W) v9 g0 O

    2 f5 l: w  w. p* c2 `2 ]" N5 j! w大家有什么看法,愿畅所欲言。
    / `2 B; _; y# T# @3 S$ ?+ K, X
    zan
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    [LV.1]初来乍到

    本帖最后由 forcal 于 2010-10-12 21:46 编辑
    3 V& b0 M6 F& w
    # V: m5 ]* ?+ w我正在练手设计的FcMath库也打算以矩阵运算为基础,设计一些专门的函数对数组元素集中运算,运行效率确实有所提高(甚至有些涉及矩阵的算法比matlab还快),代码也简洁了,但不知这是不是矢量化?" j: U* E" M' R  y

      G# P: y$ T8 R$ @2 z3 ?4 _5 p脚本运行效率应该取决于函数调度效率、对象管理效率和函数内部算法的实现。) \: D8 E. m- ]5 [; D

    8 k/ j, V1 s/ `我感觉,matlab的函数调度效率较低,对象管理效率这个不好说,但一些函数内部的设计比较优秀。故有些Forcal代码比matlab快,而有些慢。
    ( J% Z4 D- S( d  T3 i& h% Z$ t. Z7 A* g- r
    以下例子体现了Forcal和matlab的效率差别所在。
    " Y1 v6 m8 G& ~+ D: H! K
    ) a% V  U- L4 @4 g4 X& e这个matlab程序段是网友lin2009 给出的,理论结果是每个元素均为275000。
    1. clear all
      7 T3 ~\" u( {; y, m
    2. clc! G$ l2 D5 Q( c- a: ]$ }
    3. tic' e% H- s/ e: \0 U3 G& I' s8 L
    4. k = zeros(5,5); % //生成5×5全0矩阵
      / N. D  F, j) j5 v. G
    5. % 循环计算以下程序段1000 00次:: u8 j6 L/ a- D9 P: W1 g
    6. for m = 1:1000 004 y# g) T% B8 q: D
    7.     a = rand(5,7);8 g0 ?# D+ h' Q1 H, p& Z8 ]: W# W
    8.     b = rand(7,5);%//生成5×7矩阵a,7×5矩阵b,用0~1之间的随机数初始化
      6 K' P: }& M' l. B* ]) N* a9 Q1 [
    9.     k = k + a * b + a(1:5, 2:6) * b(2:6, 1:5) - a(:, 7) * b(3, :);6 P1 ~9 `' Y! Y8 Q* k
    10. end( u$ {: T; b* X' j7 T. P6 [
    11. k4 e/ }2 j: {# z! Y/ @* K9 I0 {9 W
    12. toc
    复制代码
    " f8 @3 o# t$ k  d! X
    Forcal代码1:运行稍快的代码,比matlab约快10%吧?
    , `4 Z! u- H! q7 C
    1. !using["math","sys"];
    2. # y( w, K- ~) ~+ O# O0 z% n
    3. mvar:
    4. * k$ m1 d* \# ?' @. X# K8 g
    5. t0=clock(),% f) L4 o\\" ^5 v( K  s9 y3 s$ c
    6. oo{k=zeros[5,5]},
    7. ' F& H4 F: Y( D  f- n
    8. i=0,((i++)<100000).while{
    9. - B! b& u) K9 P. l# O' T
    10.   oo{
    11. * `- u6 k1 U\\" g5 ^0 m
    12.     a=rand[5,7], b=rand[7,5],
    13. % P+ @0 ~) I) P! p: y% L' z
    14.     k.oset[k+a*b+a.subg(0,4:1,5)*b.subg(1,5:0,4)-a.subg(neg:6)*b.subg(3:neg)]
    15. 1 r9 E5 B0 g- _1 ~+ \. f
    16.   }
    17. ; ?. ^9 }, c; B& h
    18. },4 F  d3 i& M9 \  {
    19. k.outm(),
    20. % l9 x\\" n' ?% @* `% B( w
    21. [clock()-t0]/1000;
    在我的电脑上运行时间为3.344秒。
    3 f- Q% z3 i$ g2 k" g) g: J3 M- f* ~7 ~' h: }" p
    Forcal代码2:比较好看些的代码,似乎也比matlab稍快吧?5 p8 r% I: p- M, q( x* V
    1. !using["math","sys"];6 c. p% ?4 c$ i. j  O
    2. (:t0,k,i,a,b)=
    3. 6 q3 V0 e# e$ K$ T* _# x
    4. {9 r/ d. }& i% O+ k$ V: O, y! o
    5.   t0=clock(),3 f8 H5 |\\" J1 Y# @
    6.   oo{k=zeros[5,5]},. U! t1 z. b$ D
    7.   i=0,((i++)<100000).while{
    8. \\" t\\" P' q4 z7 \3 A
    9.     oo{\\" e* X6 i7 g! S; [5 a
    10.       a=rand[5,7], b=rand[7,5],! `1 j+ j7 u* ^* x* N
    11.       k.=k+a*b+a(0,4:1,5)*b(1,5:0,4)-a(neg:6)*b(3:neg)
    12. $ l, f\\" c5 [& j- n. N1 e
    13.     }
    14. ) X. X\\" N4 `- g# T, U
    15.   },
    16. + A  |5 ]  C* T
    17.   k.outm(),  T2 @, G5 @% F2 H. Z' P, i
    18.   [clock()-t0]/10001 o5 c& q9 r8 Y* ]2 }6 G) c
    19. };
    在我的电脑上运行时间为3.579秒。
    / j& r3 I1 B6 C+ A6 x7 N* E+ p
    ; c% b3 j" ^% c* |例子2:5 [+ l/ g: p9 f
    一段程序的Forcal实现:
    * ?( G2 f' q5 ?
    1. //用C++代码描述为:
      ) L9 p1 z2 z; k: i# A, q& D
    2. s=0.0;  & C$ o0 t7 E) o0 C: h# x: Z
    3. for(x=0.0;x<=1.0;x=x+0.0011)  
      / H2 s0 s9 H/ F4 T
    4. {) u5 p/ O! u$ d/ b# M! S3 t5 O; ?
    5.   for(y=1.0;y<=2.0;y=y+0.0009)
        H; d+ l5 {9 P# M
    6.   {. |! ^* @8 d* M. K! G* q& o: f
    7.   s=s+cos(1-sin(1.2*x^(y/2)+cos(1-sin(1.2*y^(x/2)))));& J; J  a' C- j, K# p
    8.   }+ A; k0 N1 X& k: L, ]
    9. }  
    复制代码
    结果:" k, r. ^" U  _$ q# R# f: y: y, w7 S
    1008606.64947441
    4 n$ c3 T% u1 o2 W0.609 //时间
    6 j8 u; H/ S* [  ~7 b% n. i! d* z+ a
    这个matlab程序段是网友yycs001给出的。1 P3 D/ N, x1 Q" B# W, H# h
    1. %file speedtest.m% I5 I& ], w+ y  }, ^
    2. function speedtest% r# l\" k+ J6 ~/ y2 t
    3. format long
      % b5 n! @6 a4 y) ~* i2 A
    4. tic
      , C3 E6 E6 B: `& N
    5. [x,y]=meshgrid(0:0.0011:1,1:0.0009:2);
      / |  r: s! k- l  y
    6. s=sum(sum(cos(1-sin(1.2*x.^(y/2)+cos(1-sin(1.2*y.^(x/2)))))))
      ' u3 F: G% R\" N) U* g1 w\" g, q
    7. toc
    复制代码
    2 Q3 P- }0 g: \% h
    Forcal代码1:**数组求和函数Sum,完全矢量化的代码
    9 X2 m4 G) p4 g$ W4 F7 V
    1. !using["math","sys"];, a: J1 U# P5 ]\\" W) ?* z
    2. mvar:& @\\" j( G- E0 m) s9 g
    3. t=clock(),
    4. , y% I2 Z+ T1 S  m; L
    5. oo{8 r0 U# N. }! B$ B. R
    6.   ndgrid[linspacex(0,1,0.0011),linspacex(1,2,0.0009),&x,&y],* n1 p\\" O3 A$ R, W+ V0 E
    7.   Sum[Cos(rn(1)-Sin(rn(1.2)*x^(y/rn(2))+Cos(rn(1)-Sin(rn(1.2)*y^(x/rn(2)))))),0]
    8. ' a* B: t/ w6 x  T+ N3 u! |% C! t
    9. };
    10. : F- ~9 \- O* V, P* J; D
    11. [clock()-t]/1000;
    结果:
    % A& w; I5 C* l- g# {$ U3 X/ u1008606.64947441
    9 i9 y. ^  d: l2 x2 o" F0.625 //时间& _2 I7 ^! c. |1 k# u# t
    - B9 n: d! I- w+ N
    或者这个,与上面效率差别不大:3 r0 p/ l/ M0 V! e$ r1 `5 a
    1. !using["math","sys"];' ]. Q) W& k' w/ w
    2. mvar:
    3. ' U5 z7 s: z: w5 y1 o& d
    4. t=clock(),
    5. ; H7 \# V7 }, C8 ?1 i
    6. oo{
    7. ! j; ^) {/ \( `/ z* }1 R; i
    8.   ndgrid[linspacex(0,1,0.0011),linspacex(1,2,0.0009),&x,&y],
    9. & V1 }, M+ k+ Z- w' H1 k5 b# k
    10.   Sum[Sum[Cos(rn(1)-Sin(rn(1.2)*x^(y/rn(2))+Cos(rn(1)-Sin(rn(1.2)*y^(x/rn(2))))))]]; Q# `; C7 |7 u5 S) D# m
    11. };
    12.   ]2 S2 W) h8 h) l
    13. [clock()-t]/1000;

    : v' C6 b: Y2 P* JForcal代码2:求和函数sum,非矢量化代码0 _7 z3 ]2 @. q
    1. f(x,y)=cos(1-sin(1.2*x^(y/2)+cos(1-sin(1.2*y^(x/2))))); 1 s) }' [. x! G/ j0 {9 p
    2. sum["f",0,1,0.0011,1,2,0.0009];
    复制代码
    结果:; z: V2 D/ M" \4 Y* s) _
    1008606.64947441
    . W3 a7 H. n- s5 |- X$ @0.719 //时间& \, {. ~4 R) Q1 ?* W) r

    1 I- |$ E; s1 |Forcal代码3:while循环
    * }% ^" Q$ {2 Y' |* m$ z2 P8 V. l
    1. mvar:
      2 U* i8 o' T, \8 o
    2. t=sys::clock();
      # v6 z+ x+ H* w# i2 d! M
    3. s=0,x=0, 0 E. z, F\" S7 u( E4 w1 X2 U; m8 l+ T$ n
    4. while{x<=1,  //while循环算法; - z/ J% {0 T) {' V0 |
    5.    y=1,
      ' ]# k+ o* s6 o
    6.    while{y<=2, \" U2 K* t7 R( ^' K$ ~: t4 C
    7.        s=s+cos(1-sin(1.2*x^(y/2)+cos(1-sin(1.2*y^(x/2))))), , c6 u' U. D# H5 v/ g* j' e
    8.        y=y+0.0009 4 I, `9 ~, z2 \: f
    9.       },
      2 ?, q( S7 E% {2 g
    10.    x=x+0.0011 8 _8 f1 f8 S& m& U7 E* V+ G\" R. y
    11. },
      ) G; w5 Q7 u: B+ |: B2 G! g: j
    12. s;
      3 w6 a$ A4 C+ o4 D8 Y
    13. [sys::clock()-t]/1000;
    复制代码
    结果:
    " c& ~6 o# H2 c8 ~- l2 M. r' i- A1008606.64947441" K# |; a  e+ p+ w
    0.734 //时间
    ; N' q6 e) g" E7 _+ E' }. X- }! J0 h( Z+ J
    大家可下载OpenFC进行测试:http://www.forcal.net/xiazai/forcal9/openfc32w.rar
    % e% z5 ]1 F. W
    1 H' }  w/ c' E* ^  B2 z( H注意Forcal的矢量化代码第一次运行有时效率较低。
    ( U) i0 U! C1 c% `0 L' v& P& a# h3 z9 `
    例子1中Forcal和matlab都是矢量化代码,但matlab跑不过Forcal。该例子的特点是函数调用频繁,临时变量生成多,但矩阵很小,矩阵的各种函数运行时耗时较少。故说明Forcal函数调用+变量管理效率优于matlab。7 G! F/ r5 U7 E/ C7 y* I$ B9 a5 D
    , ?$ S0 j$ d, [$ h4 t5 Q
    例子2中Forcal的矢量化代码是最快的,但与matlab的矢量化代码相比仍有差距。该例子的特点是函数调用少,临时变量也少,但矩阵大。故说明Forcal的各种矩阵函数Sin、Cos及矩阵的加减运算等函数的内部设计不及matlab。
    0 ~8 N7 G: s( q% ^* |
    8 l- C6 X+ B- q, ~1 ?( l6 Y如能在函数内部设计上下点功夫,例子2超越matlab也是可能的。在这方面,期待高手们的指点。
    # b7 O; Q, S7 t2 J0 ?6 T3 ]
    7 G' e& v6 I+ B# e7 J5 c如果例子2速度也超越了matlab ,matlab矢量化的神秘面纱就揭开了。
    6 }  ]5 j. I8 F' R
    4 a+ g* @' j# k; j5 \顺便说一下,例子1如果用C++的运算符重载来实现,速度将比Forcal慢一些,也就是说,在涉及运算符重载时,脚本的效率有时比C++还要高些。

    " a* N3 ]; L7 n
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    参考:http://bbs.emath.ac.cn/thread-2709-1-1.html+ ~8 Q) H  b1 Z' w6 @8 Z

    6 t, u& R+ k0 k. m& [我在多个帖子中有不同说明,但将这些说明再集中到一个帖子中比较麻烦,大家相互参考一下,看能否把这个问题解决了。
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