与大稀疏矩阵的计算有关的内存错误问题

℡oメ心情浪子o

    从文件导入数据建立一个大于10000*5000的稀疏矩阵，然后用corrcoef()计算相关系数时，刚开始就不能跑起来，直接显示 out of memort，后来通过开启3G模式之后可以跑起来，但是跑了大概40分分钟之后显示相同的错误，错误信息如下：
9 L! k, E; T/ G' k% raaa=corrcoef(B)
Error using  ./
/ m+ ~+ a, t- }Out of memory. Type HELP MEMORY for your options.


Error in cov (line 97)
    xy = (xc' * xc) / (m-1);
) t. i9 q4 C, N9 @
7 g0 q, c. j; R' ]( d
Error in corrcoef>correl (line 209)
r = cov(x);
3 s, V- }/ Z$ _
- _7 H) v: v2 w+ y9 S& Q
Error in corrcoef (line 92)
" v' G% F/ V+ G: i& T2 d7 y   r = correl(x);
怎么破，求大神！
4 @4 p4 d* f1 o4 g- l

madio

这个问题我觉得既然3G模式可以跑起来，说明这个矩阵可以放进去了，但是跑了一段时间出现内存不足，说明中间变量过多了，我建议你不要用这个函数来求相关系数矩阵，毕竟这个相关系数矩阵数学上的算法很明确，你编一个循环程序来计算，每次只调用两个向量，用完了这个空间就被下一组向量占用，这样会省很大的空间。不要只依赖函数

madio

转一篇别人写的过于内存溢出问题的文章，里面介绍了一些基本的方法。
MATLAB程序碰到OUT OF MEMORY的问题

matlab程序碰到out of memory的问题真是让人崩溃的一件事情，程序是别人的，不能做大的改动，只能想办法增加内存。别人总结的可用的方法有：

1. 增加虚拟内存：右击我的电脑—属性--高级--性能设置--高级--虚拟内存更改，按自己电脑的硬盘在自定义大小里设置数字，然后再按设置-确定，然后重启。否则更改无效。

对XP，我发现即使增大虚拟内存到4G, matlab可用虚拟内存仍只有2G。仍然out of memory.

>> feature('memstats')
# X3 ?8 v3 a0 ^" B- QPhysical Memory (RAM):
In Use:                              611 MB (26364000)
# ^' L& G: v$ PFree:                               1428 MB (59418000)
Total:                              2039 MB (7f77c000)
/ |6 l5 {+ ~& MPage File (Swap space):
In Use:                              470 MB (1d628000)
Free:                               4481 MB (118156000)
Total:                              4951 MB (13577e000)
$ M5 l0 w# @; l* O% ^, T4 |4 sVirtual Memory (Address Space):
- [/ [5 p* b8 \8 L, b% R% hIn Use:                              400 MB (190d3000)
( c: f# m: q* G. r" [5 [Free:                               1647 MB (66f0d000)
8 ?: T" X% R* ?# z: }* OTotal:                              2047 MB (7ffe0000)
Largest Contiguous Free Blocks:
: T) y' Z2 e- A" n2 w! z1. [at 20017000]                    675 MB (2a3f9000)
* Z0 `+ T" \0 D/ t2 N1 ?2. [at 4b033000]                    253 MB ( fd8d000)
3. [at 18010000]                    127 MB ( 7ff0000)
; O$ J/ V: g3 g) _; c: L$ m7 m4. [at 68ff7000]                     64 MB ( 4009000)
5. [at 6d7c5000]                     56 MB ( 389b000)
4 C1 u8 R3 g% P/ i* n! O$ Z6. [at 62c29000]                     50 MB ( 3207000)
+ \9 ?* r6 z  B8 z" B. _2 v: F% C7. [at  d330000]                     44 MB ( 2ca0000)
8. [at 663dd000]                     41 MB ( 2983000)
& n7 Z# o( ~, H% @5 o0 [9. [at 60809000]                     36 MB ( 2417000)
  D+ v' a1 N8 Q! a1 O# j, S" r10. [at 5adf7000]                     35 MB ( 2379000)
- i& ^2 h1 s: _======= ==========
1385 MB (569d4000)

对Vista系统，可能是因为我在第四步设置了命令3GB switche：可用最大虚拟内存是3G

>> feature('memstats')
/ e; v, \: c4 p* n9 y. r. ^8 G, ?
# z3 v! X8 F8 j' ~Physical Memory (RAM):
In Use:                             1082 MB (43a3a000)
2 }4 c; @8 @% r1 u3 N! g4 WFree:                               1467 MB (5bb96000)
6 ?% m1 `% ^" v5 s) T; L$ E" J. ?4 aTotal:                              2549 MB (9f5d0000)
* m5 Q# u. q: ^" F% H5 E$ ZPage File (Swap space):
, q  g( D% L; ]% K( Q$ Y5 gIn Use:                             1227 MB (4cbe3000)
* c/ Y+ Z1 v0 i% wFree:                               5315 MB (14c36e000)
Total:                              6543 MB (198f51000)
- w4 ~6 R* v- R: z4 N5 y7 C1 R/ J8 o; WVirtual Memory (Address Space):
In Use:                              501 MB (1f5bf000)
2 G, M4 ?7 w4 ?. Y9 t9 DFree:                               2570 MB (a0a21000)
- |5 D* ]& H; A# U, _8 lTotal:                              3071 MB (bffe0000)
! ^: ?, E8 j7 x) d& ~- X+ ]& oLargest Contiguous Free Blocks:
; g5 G1 \8 J. D- _  m) O) O, L6 B" [1. [at 1b010000]                   1074 MB (432d0000)
2. [at 7fff0000]                   1023 MB (3ff9c000)
6 Z6 z8 p  L  T' R3. [at 5e302000]                    227 MB ( e32e000)
0 k- q. d' M: K* ~4. [at 7c41b000]                     50 MB ( 32d5000)
9 }% b. l0 K! T& @$ f5. [at 6d857000]                     30 MB ( 1e09000)
6. [at 6f66b000]                     21 MB ( 1595000)
8 f% R1 b8 s& L7. [at 715c3000]                     20 MB ( 149d000)
( a7 @. C; {( A% }4 s8. [at 7a038000]                     18 MB ( 12f8000)
9. [at 739a6000]                     17 MB ( 114a000)
10. [at 70c41000]                      9 MB (  94f000)
======= ==========
( z# O; x, o# t: D& b7 q' i7 T2494 MB (9be3b000)

2. 采用PACK： 试了不管用

3. 条件允许的话采用64位系统：32位免谈

4. 采用3GB switch： 由于32位 Windows 操作系统的限制，每个进程只能使用最多 2GB 的虚拟内存地址空间，因此 Matlab 的可分配内存也受到相应的限制。Matlab 7.0.1 引进了新的内存管理机制，可以利用 Windows 的 3GB 开关，使用 3GB 开关启动的 Windows 每个进程可以在多分配 1 GB 的虚拟地址空间。我的笔记本是vista系统，台式机是XP系统。

1）对vista系统：Bcdedit 位于X:\Windows\system32\ "X:"为安装Vista的盘符，利用Bcdedit命令，可以自定义你的Vista启动管理项。使用命令: BCDEdit /set increaseuserva 3072 ，DOS界面显示操作成功，注意虚拟内存应设成大于3G，否则内存分配<3G。可在matlab里使用 system_dependent memstats或feature('memstats')命令查询。

2）对XP：右键单击我的电脑--->>属性--->>高级--->>启动和故障修复--->>设置--->>编辑--->>将最后一行multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS="Microsoft Windows XP Professional" 复制，在下一行粘贴，并将粘贴一行改为： multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS="Microsoft Windows XP Professional with 3GB switche" /3gb --->>存储--->>确定--->>重新启动计算机--->>在显示选择操作系统时，选择带有 3GB switche的一项--->>打开matlab。可是我设置完重启计算机，选择3GB switche的一项时，显示lsass.exe 应用程序错误，无法登陆！看来我的XP系统不支持3GB switche模式登录，因此matlab的可用虚拟内存不会超过2G。

2 F* w1 h& {1 D3 @: E& y5. 优化程序，减少变量

- L6 s2 j' r* e& [) ?% z: Q6. 如果必有必要，不要启动java虚拟机，采用matlab -nojvm启动

7. 关闭Matlab Server

; U! H: h( y5 q5 N
7 |6 b  F' ]; Y6 [; z" q/ R3 Y
8 R9 ~5 h8 Z3 j' c/ u2 S! t

℡oメ心情浪子o

madio 发表于 2013-10-3 18:16
转一篇别人写的过于内存溢出问题的文章，里面介绍了一些基本的方法。
( V+ ^) ]2 R; d9 X7 ^5 K; tMATLAB程序碰到OUT OF MEMORY的问题m ...

9 v" z) b( B3 `十分谢谢。。