与大稀疏矩阵的计算有关的内存错误问题

℡oメ心情浪子o

    从文件导入数据建立一个大于10000*5000的稀疏矩阵，然后用corrcoef()计算相关系数时，刚开始就不能跑起来，直接显示 out of memort，后来通过开启3G模式之后可以跑起来，但是跑了大概40分分钟之后显示相同的错误，错误信息如下：
aaa=corrcoef(B)
9 u8 a2 o2 [* fError using  ./
Out of memory. Type HELP MEMORY for your options.


& I: `5 j" F6 B# D$ F% AError in cov (line 97)
# k3 V+ f8 u+ K; g0 T4 v8 ^' i    xy = (xc' * xc) / (m-1);

  S2 \* y, R. ]: o9 K3 m
Error in corrcoef>correl (line 209)
1 |' D: h' y8 P9 z4 N# lr = cov(x);
7 Y9 D# z. x+ v  G  R# M' {' A! q
- V! _0 w/ m, Y; z
6 Z1 J3 K! I6 @! ^Error in corrcoef (line 92)
   r = correl(x);
怎么破，求大神！
) A/ o1 m1 w( A3 g) _: Z/ ^( \

madio

这个问题我觉得既然3G模式可以跑起来，说明这个矩阵可以放进去了，但是跑了一段时间出现内存不足，说明中间变量过多了，我建议你不要用这个函数来求相关系数矩阵，毕竟这个相关系数矩阵数学上的算法很明确，你编一个循环程序来计算，每次只调用两个向量，用完了这个空间就被下一组向量占用，这样会省很大的空间。不要只依赖函数

madio

转一篇别人写的过于内存溢出问题的文章，里面介绍了一些基本的方法。
MATLAB程序碰到OUT OF MEMORY的问题

matlab程序碰到out of memory的问题真是让人崩溃的一件事情，程序是别人的，不能做大的改动，只能想办法增加内存。别人总结的可用的方法有：

1. 增加虚拟内存：右击我的电脑—属性--高级--性能设置--高级--虚拟内存更改，按自己电脑的硬盘在自定义大小里设置数字，然后再按设置-确定，然后重启。否则更改无效。

对XP，我发现即使增大虚拟内存到4G, matlab可用虚拟内存仍只有2G。仍然out of memory.
9 {& t6 k; q8 F5 g# G$ \, k/ N9 b

>> feature('memstats')
0 A5 f$ H' c2 s* h- U; h9 vPhysical Memory (RAM):
1 m: \( q! ^( @( e4 jIn Use:                              611 MB (26364000)
Free:                               1428 MB (59418000)
Total:                              2039 MB (7f77c000)
Page File (Swap space):
% r" Z1 y" K% }1 L3 \In Use:                              470 MB (1d628000)
" o0 R3 P" N0 `8 V7 w# OFree:                               4481 MB (118156000)
) a" t4 J7 C5 E; R- Z% q1 ITotal:                              4951 MB (13577e000)
Virtual Memory (Address Space):
In Use:                              400 MB (190d3000)
% r% E% L6 Z3 Q' fFree:                               1647 MB (66f0d000)
% P. m0 O- @$ W4 a9 \0 {Total:                              2047 MB (7ffe0000)
Largest Contiguous Free Blocks:
: V8 j' h* K7 y7 I/ p6 p# G1. [at 20017000]                    675 MB (2a3f9000)
# ?, \; P+ h; I) v! `% b+ t; [2. [at 4b033000]                    253 MB ( fd8d000)
' v2 F1 k- k. r) i& i4 p# H3 `+ F$ D, Q3. [at 18010000]                    127 MB ( 7ff0000)
) ^2 t& `2 {0 w+ E' p' N$ f4. [at 68ff7000]                     64 MB ( 4009000)
5. [at 6d7c5000]                     56 MB ( 389b000)
. S2 S- b7 x) Y7 ^% |8 o6. [at 62c29000]                     50 MB ( 3207000)
7. [at  d330000]                     44 MB ( 2ca0000)
8. [at 663dd000]                     41 MB ( 2983000)
9. [at 60809000]                     36 MB ( 2417000)
10. [at 5adf7000]                     35 MB ( 2379000)
* i  Q$ X" M: I* ?, z======= ==========
# k% y. L. Y2 z4 a! d5 V1385 MB (569d4000)

对Vista系统，可能是因为我在第四步设置了命令3GB switche：可用最大虚拟内存是3G

>> feature('memstats')

2 {8 m" d; b* i/ b7 TPhysical Memory (RAM):
In Use:                             1082 MB (43a3a000)
. j" A2 ?+ E% M1 cFree:                               1467 MB (5bb96000)
Total:                              2549 MB (9f5d0000)
Page File (Swap space):
In Use:                             1227 MB (4cbe3000)
4 H: k8 O' t& K9 f; C) ^Free:                               5315 MB (14c36e000)
Total:                              6543 MB (198f51000)
Virtual Memory (Address Space):
) z0 ^# ?8 d3 f0 a- fIn Use:                              501 MB (1f5bf000)
% L9 Y; I9 N' @- @! XFree:                               2570 MB (a0a21000)
Total:                              3071 MB (bffe0000)
+ Z3 o+ C4 @! s' B9 _% H& }4 e6 fLargest Contiguous Free Blocks:
) n5 K- T& y0 E, P1 P1. [at 1b010000]                   1074 MB (432d0000)
- Q3 c: U* F; ]4 {. c8 F2. [at 7fff0000]                   1023 MB (3ff9c000)
3. [at 5e302000]                    227 MB ( e32e000)
4. [at 7c41b000]                     50 MB ( 32d5000)
5. [at 6d857000]                     30 MB ( 1e09000)
6. [at 6f66b000]                     21 MB ( 1595000)
7 Z9 n+ F4 f$ ?* |0 U8 T/ E* c7. [at 715c3000]                     20 MB ( 149d000)
8. [at 7a038000]                     18 MB ( 12f8000)
9 Z$ C( L7 l5 Q2 r7 s; Q9. [at 739a6000]                     17 MB ( 114a000)
: e1 A- S* l2 q# t# t10. [at 70c41000]                      9 MB (  94f000)
======= ==========
9 S% p; d$ j# X0 H9 B2494 MB (9be3b000)

2. 采用PACK： 试了不管用

# m  ?/ J2 Y- [* ^! e6 u$ N0 K3. 条件允许的话采用64位系统：32位免谈

- m' N) x" e) Q! |% L) c4. 采用3GB switch： 由于32位 Windows 操作系统的限制，每个进程只能使用最多 2GB 的虚拟内存地址空间，因此 Matlab 的可分配内存也受到相应的限制。Matlab 7.0.1 引进了新的内存管理机制，可以利用 Windows 的 3GB 开关，使用 3GB 开关启动的 Windows 每个进程可以在多分配 1 GB 的虚拟地址空间。我的笔记本是vista系统，台式机是XP系统。

1）对vista系统：Bcdedit 位于X:\Windows\system32\ "X:"为安装Vista的盘符，利用Bcdedit命令，可以自定义你的Vista启动管理项。使用命令: BCDEdit /set increaseuserva 3072 ，DOS界面显示操作成功，注意虚拟内存应设成大于3G，否则内存分配<3G。可在matlab里使用 system_dependent memstats或feature('memstats')命令查询。

2）对XP：右键单击我的电脑--->>属性--->>高级--->>启动和故障修复--->>设置--->>编辑--->>将最后一行multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS="Microsoft Windows XP Professional" 复制，在下一行粘贴，并将粘贴一行改为： multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS="Microsoft Windows XP Professional with 3GB switche" /3gb --->>存储--->>确定--->>重新启动计算机--->>在显示选择操作系统时，选择带有 3GB switche的一项--->>打开matlab。可是我设置完重启计算机，选择3GB switche的一项时，显示lsass.exe 应用程序错误，无法登陆！看来我的XP系统不支持3GB switche模式登录，因此matlab的可用虚拟内存不会超过2G。

5. 优化程序，减少变量

9 V9 w% w6 \. f; X1 T6. 如果必有必要，不要启动java虚拟机，采用matlab -nojvm启动

( ~, |# }6 H( X) ]( J7. 关闭Matlab Server

0 g, ^! Q) b3 w2 \1 b6 b1 n4 M

3 i/ G9 h/ R0 U- E& S2 n3 x% N

℡oメ心情浪子o

madio 发表于 2013-10-3 18:16
& F1 v$ w6 T& N1 f转一篇别人写的过于内存溢出问题的文章，里面介绍了一些基本的方法。
, o" e9 N, l' r  G7 QMATLAB程序碰到OUT OF MEMORY的问题m ...

2 B5 ~1 c/ E7 ^1 m) h) ]& M十分谢谢。。