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TA的每日心情 | 开心 2020-11-14 17:15 |
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问题的提出
7 R( ?4 q2 g3 p' o% }医生们发现,在一个民族或地区,当某种传染病流传时,波及到的总人数大体上保持为一个常数。即既非所有人都会得病也非毫无规律,两次流行(同种疾病)的波及人数不会相差太大。如何解释这一现象呢?试用建模方法来加以证明。) K$ s2 _. w( O _3 H
- r- ?- c2 I2 y3 B
指数模型! H; c* _& x5 B
定义已感染人数为i(t) i(t)i(t),假设每个病人单位时间有效接触(足以使人致病)的人数为λ \lambdaλ,那么,在时间段Δt \Delta tΔt内,病人的增量可以用如下的公式进行计算
7 N3 i, g1 Y: G5 x4 O2 bi(t+Δt)−i(t)=λi(t)Δt i(t+\Delta t) - i(t) = \lambda i(t)\Delta t
- D+ e( P- x/ M$ L" V. |i(t+Δt)−i(t)=λi(t)Δt
1 G- d# o [( w t- h& t. B2 U5 d% t5 t" A/ X' U
将i(t) i(t)i(t)移到等式的右边,我们得到如下的递推公式6 o4 s3 A i5 S, x: u
i(t+Δt)=i(t)+λi(t)Δt i(t+\Delta t) = i(t) + \lambda i(t)\Delta t
) l* h6 q& B% U) p+ I4 ai(t+Δt)=i(t)+λi(t)Δt
8 v. E9 M3 Y @
% u% G' v7 ]8 p' \以上递推公式意味着,我们可以通过当前时刻的病人人数和致病参数λ \lambdaλ,计算得到Δt \Delta tΔt时间后的病人人数,将以上思想在Python中进行实现,代码如下。2 k/ W( p! [$ q' F$ C' \
6 K" `( z5 I. Y' N& S% G2 Timport matplotlib.pyplot as plt3 {; H" g9 T5 C0 \. r3 X
%matplotlib inline8 U: T' Y: e2 ?* D* I5 p
deltaT = 0.01
9 r* d( r9 V* ?# n9 Wlamb = 2
+ `, n- D% f& Xi_list = []
, n) A; r, A$ v; Q9 O% li0 = 0.08; # 初始有8%的人患病
8 e \2 c9 E$ P( Zi_list.append(i0)4 a9 D+ C- P3 f( C3 c
Tot_Time = 10& b: b+ ?- X! O! }7 q! Y
TotStep = int(Tot_Time/deltaT)
6 M$ C: X2 B& R: e: K. [- I% B##
0 [% L/ Y! x, f7 n: G- l- {) }: [for i in range(TotStep):4 F g4 ^) x4 {- L2 p' y
i_new = i_list[-1] + lamb * i_list[-1] * deltaT9 R, o U* q Y% R
i_list.append(i_new)
$ w. y2 N+ } ^% e& c+ k" m/ _plt.plot(i_list)
9 ]/ c t& A) U9 J: J
! J8 y ]3 ^: k5 L A5 ?1 L将以上代码在Jupyter Notebook中运行,得到病人人数的变化趋势见下图,从中我们可以看到病人的增长是指数级的,在短短十天后,已经有3000万人患病!这显然不符合实际情况的,那么问题出在哪里了呢?/ f3 [. X! c; j" }9 P
, x- v0 M$ L: t7 Q! I( Z& u: c/ y0 P1 V3 V
实际上,若病人解除的是病人,并不能够使病人再次患病,实际上以上的算法导致了重复计数现象的发生。解决办法:必须区分已感染者和未感染者。
& J# c, l* [1 j7 n) z4 v4 u# R0 t8 p3 |! f
SI模型' H" v0 c# U H
现在我们将人群分成两个群体:已感染者(病人,Infected)和未感染者(健康者,Suspect),该模型称为SI模型,模型假设:+ P U8 t3 {! }6 e e5 v
$ A# |9 l; L2 x5 D' W0 ?6 q在研究时间内,不考虑死亡率和出生率,即总人数N NN不变,病人和健康人的比例分别为i(t) i(t)i(t)和s(t) s(t)s(t)7 i" ?* b6 k! m/ |# F4 u+ g! r, s
每个病人在单位时间内有效接触并致病的人数为λ \lambdaλ,且只有接触健康人才会致病,称λ \lambdaλ为日接触率
7 J, s, W3 R: w; `$ J: }6 S0 h6 ?仿照指数模型里面的建模方法,在时间段Δt \Delta tΔt内,病人的增量可以用如下的公式进行计算
) Q) p* ]3 e8 G1 }" O0 @
/ H1 ~- Q, J# zN[i(t+Δt)−i(t)]=[λs(t)]Ni(t)Δt N[i(t+\Delta t)-i(t)]=[\lambda s(t)] N i(t) \Delta t: T6 V8 U& y+ W3 y/ O8 B. ]
N[i(t+Δt)−i(t)]=[λs(t)]Ni(t)Δt$ ~+ h$ T6 z6 } I
+ B9 i' I! g, e7 m
消去N NN,再将i(t) i(t)i(t)移到等式的右边,我们得到如下的递推公式' h( ]3 s; }3 y' L7 O
i(t+Δt)=i(t)+λi(t)s(t)Δt i(t+\Delta t) = i(t) + \lambda i(t)s(t)\Delta t' E' L; c3 N+ i2 |
i(t+Δt)=i(t)+λi(t)s(t)Δt' G. q7 @' q( N9 U. ^
' U$ S* b0 n& H4 A3 q1 D
同样地,我们可以通过当前时刻的病人人数和致病参数λ \lambdaλ,计算得到Δt \Delta tΔt时间后的病人人数,将以上思想在Python中进行实现,代码如下:
7 n1 p- ^/ a: t+ i N) y8 P, E4 T2 y( W/ n- i0 p: Y. C
import matplotlib.pyplot as plt
9 i; g* ^1 ?' ~7 \%matplotlib inline
$ u( S- v4 a- Q# w4 B1 i. d: h+ mdeltaT = 0.01% c( q1 b% N5 H: ~( E7 w
lamb = 2
5 ~6 O- P1 {: f: n/ yi_list = []2 @, F* x3 T+ f9 r) \" v
s_list = []( v* h5 G: e' k* z/ l9 p$ q' E
i0 = 0.08; # 初始有8%的人患病
+ ]3 N7 m2 l7 ~6 t: ~( Z* _i_list.append(i0)
9 U6 ?/ _! c8 o- S; y; y% ws_list.append(1 - i0)
: H' |9 }2 A0 I }* Q: N% mTot_Time =5
: i: Q2 j5 k. uTotStep = int(Tot_Time/deltaT)- |+ `7 B/ ^5 P: d" S3 j* c8 I) V
##
! z8 \ `: x! z/ Jfor i in range(TotStep):
" q0 R& x0 K0 b! o6 g i_new = i_list[-1] + lamb * i_list[-1] * deltaT * s_list[-1]& H- k7 R4 F" }- T% Y* m" b! ]
i_list.append(i_new)
+ j7 b( x5 H% {& j8 g: ? s_list.append(1- i_new): b" V$ T( l# q& |. G1 @# r( `( m: p
Time = [i * deltaT for i in range(TotStep + 1)]
4 e; W5 |& x; d' Mplt.plot(Time,i_list)
' ]& f9 @* `) H4 J' ?- ~plt.plot(Time,s_list)% X1 a" j/ P7 k! k9 y0 ]
plt.title("SI",fontsize = 20)( _& O' B1 a5 i. R5 X
plt.xlabel("Time")
( a* Z6 j% o2 V P3 tplt.ylabel('i(t)')" U* f9 u' R4 \' F" J) G4 U
- v! }) d# q& t& j5 S% Z" `
从SI模型我们可以看到,病人比例不再会出现"指数爆炸"的情况,在t→∞ t \rightarrow \inftyt→∞时最大患病比例为1。在SI模型中,病人数量的增长曲线是一个典型的S型曲线,又称为Logistic曲线,该曲线在生物学上经常被用来描述物种的增长模。4 k4 \, V2 q; C. c
, X0 t0 E: o; s
然后,SI模型的结论告诉我们,无论λ \lambdaλ多么小,最终人群都会患病,这显然也是不符合实际情况的。/ N: v. `9 g- y
————————————————& t/ I9 S. W$ |. R0 b8 H- O
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( N6 {! h d: W7 P2 I5 c: B( |7 j+ G# g- y b* K: B _+ ?, i# h
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