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主成分分析(PCA)进行特征提取

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发表于 2023-8-20 17:19 |只看该作者 |倒序浏览
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这段代码实现了主成分分析(PCA)的数据得分计算和特征向量提取。下面是代码的解释:
4 @+ t; J8 J2 M: A3 J
) I$ S% v- v) |4 F9 l# u7 D1.函数定义:
' m/ ~2 ^* @6 L; U: h
2 u9 g6 R4 s1 T0 j2 c! @# h, Z) {. h1 t  q) I
2.函数名为PCA,接受两个输入参数:raw_data(原始数据)和T(保留率),并返回新数据。. w5 D' K" R- w3 u+ b( V
$ k  H5 g! t, E. ]' Z  l7 T

1 r2 z5 e5 V' ?7 y3.数据读取与标准化:
9 d) `: |; z' l) F5 u" l' u! X' \! E
6 n  m, e3 y! H8 P; I& k* K( n, W% }* v  t
4.将原始数据raw_data赋值给变量A。9 J$ v' G" Z! V! n6 j& G
5.获取数据矩阵的尺寸,其中a表示行数,b表示列数。+ r0 b2 B$ Y" P, f9 Z0 J9 |
6.创建一个与原始数据大小相同的零矩阵SA。) \+ V" g# {! Q: _2 N
7.使用循环将数据按列进行放置,并进行标准化(归一化),即将每列数据减去该列的均值,再除以该列的标准差。
; R& E+ J" y" Z: m" K
# j% Y1 E3 T, t* g" ^, J6 E
+ h% P& q3 G/ @& A" J9 o; |8.求解相关系数:$ e7 \" L' {* c  d
7 C& L' T% B/ F& J
5 v% Q/ r; q1 R2 p: A
9.使用corrcoef函数计算归一化后的数据矩阵SA的相关系数矩阵CM。
9 O4 D6 n3 A8 O" m3 k2 G
$ I  q. O, @. L+ @2 I& V3 S( t# P& x6 {4 d. B. b, o% j$ ~
10.计算特征值和特征向量:
0 n1 ]0 M0 _  {! ~( L! H& a9 Q" {
5 U' f) }# e' K  A% d; O& T
11.使用eig函数对相关系数矩阵CM进行特征值分解,得到特征向量矩阵V和特征值矩阵D。- U7 e3 D: }' V# k; t9 S4 V
* z! u3 n0 \/ K8 Y" r+ S) i! B
* K, S+ ?; y6 f8 c8 d5 t" X* O6 W& X
12.提取特征值和计算贡献率:
, e3 D% r) B# R' B8 Q, }$ W$ h9 @; |( L9 C: ]

, [, G' o4 g7 g13.创建一个零矩阵DS,其大小为b x 3,其中b为特征值矩阵D的列数。/ l5 h1 T+ g9 K, _6 k8 ]5 j1 B1 w
14.将特征值矩阵D的对角线元素(特征值)赋值给DS的第一列。& Q4 Q$ [; k  y
15.对DS按照第一列的值进行从大到小排序。0 _# G% b9 {& x+ H3 W6 k% I8 ?
16.计算特征值的贡献率,将特征值除以所有特征值的和,并将结果赋值给DS的第二列。6 n% U( ~% _2 i7 b8 m
17.计算特征值的累计贡献率,对贡献率列进行累加,并将结果赋值给DS的第三列。
8 M: `7 P. ^6 N5 C3 x- Y0 @$ b; g5 d( C

+ D0 p! r, S0 c  X9 X" }! [  d18.确定保留主成分的数量:$ u! X& r; e& C! Y7 S

- o3 m8 S5 o+ b% h$ {7 F( {( e4 |5 E
19.找到累计贡献率大于等于设定的保留率T的索引位置。
+ S8 H0 z. `8 k1 k3 Z20.提取第一个满足条件的索引(最小的保留主成分数量)并赋值给变量Com_num。
" V  b! a% ~9 V% A
- N: d/ T$ p3 o
3 r, g  n% P; g5 _" ~+ U21.提取主成分对应的特征向量:
1 \0 X: @6 c/ l! w/ k- `7 |+ z( u; e
7 q) d8 k5 Z8 b1 L5 g" p
22.将特征向量矩阵V的最后Com_num列反转(从最后一列开始取),得到主成分对应的特征向量矩阵PV。5 k9 M7 f" {4 H6 J" C3 S
2 O: P& X8 x  @! Y7 Z5 i. H

: X2 a0 d4 a& c4 y1 \2 C23.计算在主成分上的数据得分:9 t& [3 j3 \* i- P& y, P
1 _: E4 J: J. J- `$ }' u  u
' d- n" `5 {7 C$ P2 G) U
24.将归一化后的数据矩阵SA与主成分特征向量矩阵PV相乘,得到在主成分上的数据得分矩阵data。% B) ]! F# K+ y' o
9 x' B* M5 I; H6 D( f0 m) a
该函数的作用是对原始数据进行主成分分析,并返回在主成分上的数据得分矩阵。主成分分析用于降维和数据探索,它将原始数据转换为一组新的线性维度,其中每个维度都是原始数据维度的线性组合。这些新的维度(主成分)根据特征值的贡献率进行排序,保留贡献率较高的主成分。$ N" z( z  x( |+ r' C& i- X2 C$ d

$ q; f4 x. Y( g8 T
6 O, h$ h. x9 f4 x9 j, {9 m
: R$ @8 P  q/ t
( i$ E; h5 Y- @/ K" M, y% q, u' z

PCA.m

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