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主成分分析(PCA)进行特征提取

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发表于 2023-8-20 17:19 |只看该作者 |倒序浏览
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这段代码实现了主成分分析(PCA)的数据得分计算和特征向量提取。下面是代码的解释:- s2 ?1 @5 i! E2 T% U; o
* ~% N  j: y- T3 {
1.函数定义:
# f; l" n4 B5 U7 u/ y4 e: D, R. e  y

/ S& I4 |' g% S) A$ E9 Q2.函数名为PCA,接受两个输入参数:raw_data(原始数据)和T(保留率),并返回新数据。
( @( z# q& S/ d5 t, s" O' y. V; p

. z# i; o6 H$ q+ D6 a. o! M' V" N$ p3.数据读取与标准化:$ j* v9 X: `# @

+ H1 H  `% H* e- y: {# H3 y/ `0 i' ^9 ~0 S1 Q+ r/ h
4.将原始数据raw_data赋值给变量A。
1 b6 q" p! [: M' k+ F( x4 C3 f  E6 Z* {( l5.获取数据矩阵的尺寸,其中a表示行数,b表示列数。
" a' x& A* A/ _, z, K6 J. O6.创建一个与原始数据大小相同的零矩阵SA。5 G0 _6 b2 e9 _- B
7.使用循环将数据按列进行放置,并进行标准化(归一化),即将每列数据减去该列的均值,再除以该列的标准差。9 Y7 Y+ \: l/ c9 x* h( |8 S& r
1 ~' `. w/ c: H( c+ p
/ n( E9 _' |5 |' u4 {! R: d
8.求解相关系数:0 I8 m5 p; n! O/ r2 q

% ^! Y7 W; `1 y  H' S# {
) o2 i8 s/ @7 J  q) w+ B9.使用corrcoef函数计算归一化后的数据矩阵SA的相关系数矩阵CM。
9 l! Y/ S/ h( }# n5 B
! h9 X, H( S" k4 S% n) t4 p$ l+ }7 v" Y( c0 \( i$ X0 X. _5 I
10.计算特征值和特征向量:$ A" c& @6 y. h  E6 Y
& b9 B: I% K% a$ w. Y3 o- N) q5 B
+ K  @* n5 v1 B1 s) b3 _  d
11.使用eig函数对相关系数矩阵CM进行特征值分解,得到特征向量矩阵V和特征值矩阵D。6 Z* c- D/ T! @( M: S7 D

: R3 c8 t5 N8 [8 h8 d5 P# H9 p8 N+ t+ e% K
12.提取特征值和计算贡献率:
/ g5 o+ S+ w# f% V  X6 M
+ {3 ?% C3 Q$ o; X, c
  C' n& c- Y: U% k13.创建一个零矩阵DS,其大小为b x 3,其中b为特征值矩阵D的列数。
* b. x9 Q. f' Z& b8 h14.将特征值矩阵D的对角线元素(特征值)赋值给DS的第一列。
0 k! l, R8 l) X* }7 w! G15.对DS按照第一列的值进行从大到小排序。/ b' u/ }8 e: b4 z* L
16.计算特征值的贡献率,将特征值除以所有特征值的和,并将结果赋值给DS的第二列。
+ ]" g* N! b& V( g17.计算特征值的累计贡献率,对贡献率列进行累加,并将结果赋值给DS的第三列。) G! U! Q' e+ Q6 a. C; F$ x5 \( F
: l  w' r0 z* w( Q/ P# e3 |9 y  O

. ?/ @" L, X2 u+ K* n6 p0 s: D; Q18.确定保留主成分的数量:
+ w0 }' L( W! S% x  _3 L8 a
2 P. \. w: l( f; R5 j! f
* N* L& ]* I* }; f9 Q8 ^: G19.找到累计贡献率大于等于设定的保留率T的索引位置。
* R) N$ E& E1 Z20.提取第一个满足条件的索引(最小的保留主成分数量)并赋值给变量Com_num。1 f3 V% p3 ?% P/ }- g+ P# y
! N1 C3 ]" }, `8 D! j- h

* c; W* \9 G& e3 H* A: }# }21.提取主成分对应的特征向量:
9 l1 n8 a- T; p' q% V5 G8 T# }' ^& W6 T, y" J$ b3 Z6 `& ]

. V+ m* V# k& i# F9 U22.将特征向量矩阵V的最后Com_num列反转(从最后一列开始取),得到主成分对应的特征向量矩阵PV。
( S6 @- q5 V% {
" K4 g: Q. z0 m/ r5 J& h  L7 c. `7 M1 Y
23.计算在主成分上的数据得分:
7 }' e$ p1 u+ u8 R: V
5 G$ X  ]+ Z4 D& W. F0 R% a1 _& H# o8 M
24.将归一化后的数据矩阵SA与主成分特征向量矩阵PV相乘,得到在主成分上的数据得分矩阵data。
' f4 ~( Y; I' `  I& l5 b. ~* a9 B+ n+ J- K
该函数的作用是对原始数据进行主成分分析,并返回在主成分上的数据得分矩阵。主成分分析用于降维和数据探索,它将原始数据转换为一组新的线性维度,其中每个维度都是原始数据维度的线性组合。这些新的维度(主成分)根据特征值的贡献率进行排序,保留贡献率较高的主成分。- B6 b: n5 g5 X+ b) ~5 r

1 U' E8 h  p/ W  f6 f# y3 ^1 h& s# Y! J3 S# R. F0 b7 ~
2 o1 _# T4 p/ ^, K' {" m
" l9 i) A+ V, B2 X+ Q* r

. u8 f! y5 M4 O" T

PCA.m

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