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主成分分析(PCA)进行特征提取

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发表于 2023-8-20 17:19 |只看该作者 |倒序浏览
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这段代码实现了主成分分析(PCA)的数据得分计算和特征向量提取。下面是代码的解释:) [/ f* Z8 f$ `! G3 Y- K$ k: }

7 f, d- A% f* _# D1.函数定义:
/ `3 Y  N2 t! D% b- t6 P( |# x$ O
/ N8 C2 }8 X# {# O
1 a& V% q5 N2 Q/ p2 M# {+ D' B9 O2.函数名为PCA,接受两个输入参数:raw_data(原始数据)和T(保留率),并返回新数据。: K* T) a( L" K7 N
* R- l& m" s3 G. T

& z* F6 C+ P, T% R1 Q% g3.数据读取与标准化:
8 R% L5 r  v( o3 }
, U. R* G0 F! \  Q0 M; h. Q, o4 _7 I$ Q
4.将原始数据raw_data赋值给变量A。; V7 [- B/ L7 E3 m; n1 B) A6 `
5.获取数据矩阵的尺寸,其中a表示行数,b表示列数。) q0 X* R' W) `, u9 X
6.创建一个与原始数据大小相同的零矩阵SA。
# i. z1 ?0 i5 x8 O4 d. P7.使用循环将数据按列进行放置,并进行标准化(归一化),即将每列数据减去该列的均值,再除以该列的标准差。
- {( z2 c6 Y/ q7 `- A+ E8 i; i
! B  G% j7 ~$ \  h. y2 k# S# Q* h7 c" [$ V& S, v4 S
8.求解相关系数:8 S; ?- p* W0 ~$ f# v+ c
( w2 i% ?; k1 f  G. |
; E& _: X2 \1 I2 V# E, p& g
9.使用corrcoef函数计算归一化后的数据矩阵SA的相关系数矩阵CM。
! O; M& t3 d# G0 a
) ~; O- \2 Q" ]* w* T. W) e+ _; C7 K+ D, e. z2 v8 j5 T$ J
10.计算特征值和特征向量:
2 }8 U. M1 @; R2 A0 [6 A5 k( v' m/ }' |7 T2 x8 j1 Z6 M

& ]# d: \6 a" ^% e0 P4 l$ u7 \11.使用eig函数对相关系数矩阵CM进行特征值分解,得到特征向量矩阵V和特征值矩阵D。
( d! a0 T: i& k% `% k% q. A( _: ~, }$ A8 ?

1 ?, j8 }6 z! i. D# g8 Q12.提取特征值和计算贡献率:
- n4 Z% D' I5 ]' e; w/ E3 M) Z0 R
' O, u  _1 K) O/ J& W
13.创建一个零矩阵DS,其大小为b x 3,其中b为特征值矩阵D的列数。
( a# N' O( V  S/ N7 _7 n9 o6 I. D14.将特征值矩阵D的对角线元素(特征值)赋值给DS的第一列。/ P1 O& w1 S3 I" q3 D3 p
15.对DS按照第一列的值进行从大到小排序。
5 I' R7 X: l; s1 V3 H16.计算特征值的贡献率,将特征值除以所有特征值的和,并将结果赋值给DS的第二列。
2 r: [1 ?/ V7 n( t* D: M" P17.计算特征值的累计贡献率,对贡献率列进行累加,并将结果赋值给DS的第三列。0 F+ s" a% \2 u
) z% v, f/ d/ B

; V/ H6 o" {" T/ }18.确定保留主成分的数量:
5 p# X% w* D# M/ \$ g: j" x
( F$ u; }* k! x2 U& A) m2 W2 u! f( w3 i; r
19.找到累计贡献率大于等于设定的保留率T的索引位置。
( B# r, \! Z3 y2 W# x# G# C20.提取第一个满足条件的索引(最小的保留主成分数量)并赋值给变量Com_num。
6 W' R9 G$ w; n; K' [
8 X$ W1 l& y  d- ]6 S2 [
5 P+ `/ Y  r9 Z/ _& {21.提取主成分对应的特征向量:
: ~" B) i2 p- J3 f' [$ P4 \" N3 P+ N2 P% U' o- U# j7 A( u& v

% ^3 Z1 n/ ^5 a7 _6 S  f& b22.将特征向量矩阵V的最后Com_num列反转(从最后一列开始取),得到主成分对应的特征向量矩阵PV。
5 V5 A% {$ s3 A
  _4 t: r5 c  d
9 Z( ]9 o7 R% w23.计算在主成分上的数据得分:
. J) a! d9 b7 Z3 ]7 m* w4 q2 i, W' l' S# W5 L0 P4 c

# u* N7 |5 y  D1 d' K* e24.将归一化后的数据矩阵SA与主成分特征向量矩阵PV相乘,得到在主成分上的数据得分矩阵data。! z* w$ ?, A$ U6 O% W
" j* i0 X7 P4 o# u
该函数的作用是对原始数据进行主成分分析,并返回在主成分上的数据得分矩阵。主成分分析用于降维和数据探索,它将原始数据转换为一组新的线性维度,其中每个维度都是原始数据维度的线性组合。这些新的维度(主成分)根据特征值的贡献率进行排序,保留贡献率较高的主成分。( N. y3 L1 B( B

  v. {( h, L0 b! q7 J, Y5 [2 U
9 Z, }, i1 A* R9 |, e. {5 _  t! X$ o, O- p' U1 L6 Z1 _
) E; b7 ^6 Y' [! B

5 J3 ]3 ?9 D3 L( C0 R

PCA.m

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