与大稀疏矩阵的计算有关的内存错误问题

℡oメ心情浪子o

    从文件导入数据建立一个大于10000*5000的稀疏矩阵，然后用corrcoef()计算相关系数时，刚开始就不能跑起来，直接显示 out of memort，后来通过开启3G模式之后可以跑起来，但是跑了大概40分分钟之后显示相同的错误，错误信息如下：
  R- j; b& B4 n) R3 caaa=corrcoef(B)
! K3 p( h* d+ p5 \* QError using  ./
8 G1 h9 q  l# U( dOut of memory. Type HELP MEMORY for your options.


/ ~: a, N: O$ X/ \7 s4 L# tError in cov (line 97)
/ s3 Q0 f. e7 i    xy = (xc' * xc) / (m-1);
4 F$ ]0 F0 k( `+ u
, P7 J! e3 u+ M
Error in corrcoef>correl (line 209)
r = cov(x);

7 E* k( `) x. X7 L
Error in corrcoef (line 92)
" p; l1 p0 O- o   r = correl(x);
: l! K' C- {5 d& e8 r: M怎么破，求大神！

madio

这个问题我觉得既然3G模式可以跑起来，说明这个矩阵可以放进去了，但是跑了一段时间出现内存不足，说明中间变量过多了，我建议你不要用这个函数来求相关系数矩阵，毕竟这个相关系数矩阵数学上的算法很明确，你编一个循环程序来计算，每次只调用两个向量，用完了这个空间就被下一组向量占用，这样会省很大的空间。不要只依赖函数

madio

转一篇别人写的过于内存溢出问题的文章，里面介绍了一些基本的方法。
MATLAB程序碰到OUT OF MEMORY的问题

matlab程序碰到out of memory的问题真是让人崩溃的一件事情，程序是别人的，不能做大的改动，只能想办法增加内存。别人总结的可用的方法有：

1. 增加虚拟内存：右击我的电脑—属性--高级--性能设置--高级--虚拟内存更改，按自己电脑的硬盘在自定义大小里设置数字，然后再按设置-确定，然后重启。否则更改无效。

对XP，我发现即使增大虚拟内存到4G, matlab可用虚拟内存仍只有2G。仍然out of memory.
; Q: A: o* k% o' ^" J' ~

>> feature('memstats')
Physical Memory (RAM):
$ K5 k% K8 `3 e$ J4 R6 u" a9 L. j" gIn Use:                              611 MB (26364000)
Free:                               1428 MB (59418000)
Total:                              2039 MB (7f77c000)
Page File (Swap space):
In Use:                              470 MB (1d628000)
Free:                               4481 MB (118156000)
Total:                              4951 MB (13577e000)
Virtual Memory (Address Space):
In Use:                              400 MB (190d3000)
Free:                               1647 MB (66f0d000)
) E1 ?0 d. `& k& v* S: eTotal:                              2047 MB (7ffe0000)
Largest Contiguous Free Blocks:
1. [at 20017000]                    675 MB (2a3f9000)
2. [at 4b033000]                    253 MB ( fd8d000)
+ L8 F. I/ Z0 }" N3. [at 18010000]                    127 MB ( 7ff0000)
$ H0 L5 t4 N7 l! P4. [at 68ff7000]                     64 MB ( 4009000)
5. [at 6d7c5000]                     56 MB ( 389b000)
. ]  J! q3 e4 M5 M6. [at 62c29000]                     50 MB ( 3207000)
& k, E: \- i) P4 K/ i7. [at  d330000]                     44 MB ( 2ca0000)
8. [at 663dd000]                     41 MB ( 2983000)
9. [at 60809000]                     36 MB ( 2417000)
10. [at 5adf7000]                     35 MB ( 2379000)
" P* t$ K4 W5 A1 t5 s======= ==========
1385 MB (569d4000)

对Vista系统，可能是因为我在第四步设置了命令3GB switche：可用最大虚拟内存是3G

>> feature('memstats')
, u7 k/ R' R! P# v, v' w
  X9 N0 o: y6 V% DPhysical Memory (RAM):
7 L8 E7 K& Y" M8 E7 JIn Use:                             1082 MB (43a3a000)
' p8 f& }1 B8 k0 z9 KFree:                               1467 MB (5bb96000)
Total:                              2549 MB (9f5d0000)
Page File (Swap space):
3 s" i+ ]8 p$ j0 |0 j9 U9 t# j, ZIn Use:                             1227 MB (4cbe3000)
! P0 Y7 G" Y2 R2 vFree:                               5315 MB (14c36e000)
& V2 x) O9 S/ }1 X6 HTotal:                              6543 MB (198f51000)
) l' z5 z4 e: w- j; ^9 wVirtual Memory (Address Space):
In Use:                              501 MB (1f5bf000)
: {2 ~2 Q# |6 z4 eFree:                               2570 MB (a0a21000)
0 m- y/ K! U6 u  h9 h$ y3 ?/ ETotal:                              3071 MB (bffe0000)
Largest Contiguous Free Blocks:
& |& D* f7 Q, g2 v* D+ S1. [at 1b010000]                   1074 MB (432d0000)
/ {  r, H& @  @% w! V1 n2. [at 7fff0000]                   1023 MB (3ff9c000)
3. [at 5e302000]                    227 MB ( e32e000)
9 ~) |5 P8 F) i- `4. [at 7c41b000]                     50 MB ( 32d5000)
& t+ i" e6 I7 M  k" N5. [at 6d857000]                     30 MB ( 1e09000)
( h* q! {  g" F( h8 `/ C6. [at 6f66b000]                     21 MB ( 1595000)
* n$ w1 X: O1 C3 |* Z$ M% T7. [at 715c3000]                     20 MB ( 149d000)
8. [at 7a038000]                     18 MB ( 12f8000)
5 l8 |7 O4 ^$ }  R) T9. [at 739a6000]                     17 MB ( 114a000)
/ P, I+ H& ~6 O5 A10. [at 70c41000]                      9 MB (  94f000)
======= ==========
2494 MB (9be3b000)

2. 采用PACK： 试了不管用

; k8 A/ ^0 `2 J/ `6 k" q3. 条件允许的话采用64位系统：32位免谈

4. 采用3GB switch： 由于32位 Windows 操作系统的限制，每个进程只能使用最多 2GB 的虚拟内存地址空间，因此 Matlab 的可分配内存也受到相应的限制。Matlab 7.0.1 引进了新的内存管理机制，可以利用 Windows 的 3GB 开关，使用 3GB 开关启动的 Windows 每个进程可以在多分配 1 GB 的虚拟地址空间。我的笔记本是vista系统，台式机是XP系统。

1）对vista系统：Bcdedit 位于X:\Windows\system32\ "X:"为安装Vista的盘符，利用Bcdedit命令，可以自定义你的Vista启动管理项。使用命令: BCDEdit /set increaseuserva 3072 ，DOS界面显示操作成功，注意虚拟内存应设成大于3G，否则内存分配<3G。可在matlab里使用 system_dependent memstats或feature('memstats')命令查询。

2）对XP：右键单击我的电脑--->>属性--->>高级--->>启动和故障修复--->>设置--->>编辑--->>将最后一行multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS="Microsoft Windows XP Professional" 复制，在下一行粘贴，并将粘贴一行改为： multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS="Microsoft Windows XP Professional with 3GB switche" /3gb --->>存储--->>确定--->>重新启动计算机--->>在显示选择操作系统时，选择带有 3GB switche的一项--->>打开matlab。可是我设置完重启计算机，选择3GB switche的一项时，显示lsass.exe 应用程序错误，无法登陆！看来我的XP系统不支持3GB switche模式登录，因此matlab的可用虚拟内存不会超过2G。

  ^5 {) x3 h+ U* m- B+ x5. 优化程序，减少变量

6. 如果必有必要，不要启动java虚拟机，采用matlab -nojvm启动

8 F7 F7 D2 v( i- D; b. m* V8 H/ l7. 关闭Matlab Server

9 S0 [3 X. B) \) f% `

℡oメ心情浪子o

madio 发表于 2013-10-3 18:16
# u* J7 |) V. J转一篇别人写的过于内存溢出问题的文章，里面介绍了一些基本的方法。
MATLAB程序碰到OUT OF MEMORY的问题m ...

% A8 `) n5 z: n' e! l( Z+ H十分谢谢。。