与大稀疏矩阵的计算有关的内存错误问题

℡oメ心情浪子o

    从文件导入数据建立一个大于10000*5000的稀疏矩阵，然后用corrcoef()计算相关系数时，刚开始就不能跑起来，直接显示 out of memort，后来通过开启3G模式之后可以跑起来，但是跑了大概40分分钟之后显示相同的错误，错误信息如下：
6 I" q8 e; B7 `- r' ~& Y3 @# H- ~aaa=corrcoef(B)
Error using  ./
! H3 [* d6 R1 F; wOut of memory. Type HELP MEMORY for your options.

1 r% G$ U( X3 x. R
Error in cov (line 97)
    xy = (xc' * xc) / (m-1);

* P! ?6 X- H, |/ j, C9 f/ F) [
( s, D8 h; S' J' h$ j+ zError in corrcoef>correl (line 209)
r = cov(x);
" I8 _# v. C# o) q
7 F! V# U; |/ ^8 V" q* n7 M+ _
Error in corrcoef (line 92)
9 P- a3 i  C, b5 \   r = correl(x);
怎么破，求大神！
8 f  {' E) S! [0 j5 K* e& V6 p3 {4 k

madio

这个问题我觉得既然3G模式可以跑起来，说明这个矩阵可以放进去了，但是跑了一段时间出现内存不足，说明中间变量过多了，我建议你不要用这个函数来求相关系数矩阵，毕竟这个相关系数矩阵数学上的算法很明确，你编一个循环程序来计算，每次只调用两个向量，用完了这个空间就被下一组向量占用，这样会省很大的空间。不要只依赖函数

madio

转一篇别人写的过于内存溢出问题的文章，里面介绍了一些基本的方法。
MATLAB程序碰到OUT OF MEMORY的问题

matlab程序碰到out of memory的问题真是让人崩溃的一件事情，程序是别人的，不能做大的改动，只能想办法增加内存。别人总结的可用的方法有：

1. 增加虚拟内存：右击我的电脑—属性--高级--性能设置--高级--虚拟内存更改，按自己电脑的硬盘在自定义大小里设置数字，然后再按设置-确定，然后重启。否则更改无效。

对XP，我发现即使增大虚拟内存到4G, matlab可用虚拟内存仍只有2G。仍然out of memory.
9 ?! b+ j6 [3 O7 U6 d. x5 h3 m  ]

>> feature('memstats')
* I% ?4 L" |+ E4 ~0 Z9 ?Physical Memory (RAM):
3 g7 |& y5 B7 }In Use:                              611 MB (26364000)
% y( ~2 x0 \3 A# q3 J+ Q% A7 \Free:                               1428 MB (59418000)
) Q$ `2 o  Z, w% hTotal:                              2039 MB (7f77c000)
& y+ w: j" e- K& U3 {2 S1 |9 VPage File (Swap space):
0 s- l* J" G8 IIn Use:                              470 MB (1d628000)
Free:                               4481 MB (118156000)
, g# X0 O# R. ?, s) ?  gTotal:                              4951 MB (13577e000)
2 k3 b) X5 _  r, w. b' rVirtual Memory (Address Space):
* N5 z3 i( H! ZIn Use:                              400 MB (190d3000)
Free:                               1647 MB (66f0d000)
Total:                              2047 MB (7ffe0000)
: P- Y$ E, q( Q* dLargest Contiguous Free Blocks:
7 @4 N. X$ ~" b" y7 W0 J9 m9 B1. [at 20017000]                    675 MB (2a3f9000)
2. [at 4b033000]                    253 MB ( fd8d000)
3. [at 18010000]                    127 MB ( 7ff0000)
) A# \+ j' \, Z( {; [0 l$ ]  L4. [at 68ff7000]                     64 MB ( 4009000)
( P( U' w5 J7 E, A) ~6 s5. [at 6d7c5000]                     56 MB ( 389b000)
; q. e3 r# ]& C9 \- Q6. [at 62c29000]                     50 MB ( 3207000)
: u4 d5 Z! k' p7 d! Z7. [at  d330000]                     44 MB ( 2ca0000)
8. [at 663dd000]                     41 MB ( 2983000)
9. [at 60809000]                     36 MB ( 2417000)
# X% H1 A. n* U10. [at 5adf7000]                     35 MB ( 2379000)
5 c0 ]* J$ t6 J% G======= ==========
0 n: V* J# b. s4 S1385 MB (569d4000)

对Vista系统，可能是因为我在第四步设置了命令3GB switche：可用最大虚拟内存是3G

>> feature('memstats')
1 \- [1 z. y1 D" C8 I$ v( G& f  y
/ x: K; D6 X- u% bPhysical Memory (RAM):
. \. E, K3 T! n! s. MIn Use:                             1082 MB (43a3a000)
, n( u; q) u5 u9 R# w2 aFree:                               1467 MB (5bb96000)
Total:                              2549 MB (9f5d0000)
- l& R+ O) p  P# bPage File (Swap space):
3 ~8 S, Z/ F/ d& f; X% C; k; o7 LIn Use:                             1227 MB (4cbe3000)
4 H5 F1 L( K( ~" SFree:                               5315 MB (14c36e000)
+ r# h* d, Y1 J% y' {Total:                              6543 MB (198f51000)
Virtual Memory (Address Space):
8 g  ~1 {+ ?3 T6 gIn Use:                              501 MB (1f5bf000)
Free:                               2570 MB (a0a21000)
Total:                              3071 MB (bffe0000)
5 ]: c+ Y) @9 |: @3 fLargest Contiguous Free Blocks:
# d! @0 c4 H& J8 h. ?6 Z# E1. [at 1b010000]                   1074 MB (432d0000)
2. [at 7fff0000]                   1023 MB (3ff9c000)
3. [at 5e302000]                    227 MB ( e32e000)
4. [at 7c41b000]                     50 MB ( 32d5000)
5. [at 6d857000]                     30 MB ( 1e09000)
, l; x- V: m" l; A$ |% N6. [at 6f66b000]                     21 MB ( 1595000)
! B! t! Q% y% S7 y- ]0 F5 A& B7. [at 715c3000]                     20 MB ( 149d000)
* E: \; L+ G. s/ m+ t% h& d" T% y8. [at 7a038000]                     18 MB ( 12f8000)
8 B- [0 G# k( C. {* b  c9. [at 739a6000]                     17 MB ( 114a000)
: `( U  v- ]8 \& o. }5 w) x  ~10. [at 70c41000]                      9 MB (  94f000)
- b- F6 Y/ g6 {) \4 B0 b& s& v======= ==========
2494 MB (9be3b000)

2. 采用PACK： 试了不管用

3 f) P& Y- t9 g9 @$ ]2 [9 p, E3. 条件允许的话采用64位系统：32位免谈

4. 采用3GB switch： 由于32位 Windows 操作系统的限制，每个进程只能使用最多 2GB 的虚拟内存地址空间，因此 Matlab 的可分配内存也受到相应的限制。Matlab 7.0.1 引进了新的内存管理机制，可以利用 Windows 的 3GB 开关，使用 3GB 开关启动的 Windows 每个进程可以在多分配 1 GB 的虚拟地址空间。我的笔记本是vista系统，台式机是XP系统。

1）对vista系统：Bcdedit 位于X:\Windows\system32\ "X:"为安装Vista的盘符，利用Bcdedit命令，可以自定义你的Vista启动管理项。使用命令: BCDEdit /set increaseuserva 3072 ，DOS界面显示操作成功，注意虚拟内存应设成大于3G，否则内存分配<3G。可在matlab里使用 system_dependent memstats或feature('memstats')命令查询。

2）对XP：右键单击我的电脑--->>属性--->>高级--->>启动和故障修复--->>设置--->>编辑--->>将最后一行multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS="Microsoft Windows XP Professional" 复制，在下一行粘贴，并将粘贴一行改为： multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS="Microsoft Windows XP Professional with 3GB switche" /3gb --->>存储--->>确定--->>重新启动计算机--->>在显示选择操作系统时，选择带有 3GB switche的一项--->>打开matlab。可是我设置完重启计算机，选择3GB switche的一项时，显示lsass.exe 应用程序错误，无法登陆！看来我的XP系统不支持3GB switche模式登录，因此matlab的可用虚拟内存不会超过2G。

5. 优化程序，减少变量

6. 如果必有必要，不要启动java虚拟机，采用matlab -nojvm启动

7. 关闭Matlab Server

( I' L2 C. ], p7 B" K

℡oメ心情浪子o

madio 发表于 2013-10-3 18:16
% {' B0 W7 N* Y" f* m' K6 U转一篇别人写的过于内存溢出问题的文章，里面介绍了一些基本的方法。
MATLAB程序碰到OUT OF MEMORY的问题m ...

十分谢谢。。