与大稀疏矩阵的计算有关的内存错误问题

℡oメ心情浪子o

    从文件导入数据建立一个大于10000*5000的稀疏矩阵，然后用corrcoef()计算相关系数时，刚开始就不能跑起来，直接显示 out of memort，后来通过开启3G模式之后可以跑起来，但是跑了大概40分分钟之后显示相同的错误，错误信息如下：
1 x- T/ E4 a( Qaaa=corrcoef(B)
0 @4 Y/ u! X- s+ b( ?) _Error using  ./
! Z6 M; K7 V% Q1 j, G( S) DOut of memory. Type HELP MEMORY for your options.
. W* [/ A& d; B/ t0 Z

Error in cov (line 97)
    xy = (xc' * xc) / (m-1);


Error in corrcoef>correl (line 209)
r = cov(x);
7 Z! ?8 z1 o! f4 j
8 E( _$ F# [& h1 A6 L& i8 Z+ f+ |
Error in corrcoef (line 92)
   r = correl(x);
怎么破，求大神！

madio

这个问题我觉得既然3G模式可以跑起来，说明这个矩阵可以放进去了，但是跑了一段时间出现内存不足，说明中间变量过多了，我建议你不要用这个函数来求相关系数矩阵，毕竟这个相关系数矩阵数学上的算法很明确，你编一个循环程序来计算，每次只调用两个向量，用完了这个空间就被下一组向量占用，这样会省很大的空间。不要只依赖函数

madio

转一篇别人写的过于内存溢出问题的文章，里面介绍了一些基本的方法。
0 ]5 Z5 s7 C' X. JMATLAB程序碰到OUT OF MEMORY的问题

matlab程序碰到out of memory的问题真是让人崩溃的一件事情，程序是别人的，不能做大的改动，只能想办法增加内存。别人总结的可用的方法有：

1. 增加虚拟内存：右击我的电脑—属性--高级--性能设置--高级--虚拟内存更改，按自己电脑的硬盘在自定义大小里设置数字，然后再按设置-确定，然后重启。否则更改无效。

对XP，我发现即使增大虚拟内存到4G, matlab可用虚拟内存仍只有2G。仍然out of memory.

>> feature('memstats')
" h. _* j% b2 _0 `2 W( |, LPhysical Memory (RAM):
In Use:                              611 MB (26364000)
! M: B4 P: P1 ?+ Y1 @- x5 oFree:                               1428 MB (59418000)
6 E6 w$ ]- w1 E  ATotal:                              2039 MB (7f77c000)
Page File (Swap space):
) F& `& i4 J- _In Use:                              470 MB (1d628000)
3 X& z( R+ d6 u  U0 \0 EFree:                               4481 MB (118156000)
6 S' F! A+ D' J- R- zTotal:                              4951 MB (13577e000)
Virtual Memory (Address Space):
In Use:                              400 MB (190d3000)
8 \3 f! K& @7 J  ~; RFree:                               1647 MB (66f0d000)
* j7 n3 ?7 C4 g' k* Z. yTotal:                              2047 MB (7ffe0000)
Largest Contiguous Free Blocks:
% I# T5 ?% \7 q1. [at 20017000]                    675 MB (2a3f9000)
2. [at 4b033000]                    253 MB ( fd8d000)
; _, D' F& |! c4 J3. [at 18010000]                    127 MB ( 7ff0000)
4. [at 68ff7000]                     64 MB ( 4009000)
/ a& q- Y# _, N0 n5. [at 6d7c5000]                     56 MB ( 389b000)
0 d, X' `3 D1 Y6. [at 62c29000]                     50 MB ( 3207000)
7. [at  d330000]                     44 MB ( 2ca0000)
+ [; R& k' R3 W8. [at 663dd000]                     41 MB ( 2983000)
# `$ s9 s" J( `5 E$ ^9. [at 60809000]                     36 MB ( 2417000)
10. [at 5adf7000]                     35 MB ( 2379000)
======= ==========
1385 MB (569d4000)

对Vista系统，可能是因为我在第四步设置了命令3GB switche：可用最大虚拟内存是3G

>> feature('memstats')

Physical Memory (RAM):
In Use:                             1082 MB (43a3a000)
" v  B8 m2 o# j+ vFree:                               1467 MB (5bb96000)
! R$ Y- a# o5 @, ?3 dTotal:                              2549 MB (9f5d0000)
Page File (Swap space):
In Use:                             1227 MB (4cbe3000)
Free:                               5315 MB (14c36e000)
  @. i6 w* d3 I! j2 gTotal:                              6543 MB (198f51000)
Virtual Memory (Address Space):
In Use:                              501 MB (1f5bf000)
; l9 ^/ Y# O# K$ |* c, NFree:                               2570 MB (a0a21000)
Total:                              3071 MB (bffe0000)
8 [, w! x9 m5 y7 p3 HLargest Contiguous Free Blocks:
/ Z" S( d8 s3 J/ w7 [1. [at 1b010000]                   1074 MB (432d0000)
2. [at 7fff0000]                   1023 MB (3ff9c000)
/ x" y4 h5 P( O6 Z& K5 A3. [at 5e302000]                    227 MB ( e32e000)
7 Z  |* x' K, Z8 [7 N$ U3 b4. [at 7c41b000]                     50 MB ( 32d5000)
* H: P9 z  i) h( ?5. [at 6d857000]                     30 MB ( 1e09000)
6. [at 6f66b000]                     21 MB ( 1595000)
7. [at 715c3000]                     20 MB ( 149d000)
8. [at 7a038000]                     18 MB ( 12f8000)
9. [at 739a6000]                     17 MB ( 114a000)
10. [at 70c41000]                      9 MB (  94f000)
======= ==========
: y: V; G; i: T# Y2494 MB (9be3b000)

2. 采用PACK： 试了不管用

3. 条件允许的话采用64位系统：32位免谈

3 C2 h4 a( Z8 E$ R4. 采用3GB switch： 由于32位 Windows 操作系统的限制，每个进程只能使用最多 2GB 的虚拟内存地址空间，因此 Matlab 的可分配内存也受到相应的限制。Matlab 7.0.1 引进了新的内存管理机制，可以利用 Windows 的 3GB 开关，使用 3GB 开关启动的 Windows 每个进程可以在多分配 1 GB 的虚拟地址空间。我的笔记本是vista系统，台式机是XP系统。

1）对vista系统：Bcdedit 位于X:\Windows\system32\ "X:"为安装Vista的盘符，利用Bcdedit命令，可以自定义你的Vista启动管理项。使用命令: BCDEdit /set increaseuserva 3072 ，DOS界面显示操作成功，注意虚拟内存应设成大于3G，否则内存分配<3G。可在matlab里使用 system_dependent memstats或feature('memstats')命令查询。

2）对XP：右键单击我的电脑--->>属性--->>高级--->>启动和故障修复--->>设置--->>编辑--->>将最后一行multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS="Microsoft Windows XP Professional" 复制，在下一行粘贴，并将粘贴一行改为： multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS="Microsoft Windows XP Professional with 3GB switche" /3gb --->>存储--->>确定--->>重新启动计算机--->>在显示选择操作系统时，选择带有 3GB switche的一项--->>打开matlab。可是我设置完重启计算机，选择3GB switche的一项时，显示lsass.exe 应用程序错误，无法登陆！看来我的XP系统不支持3GB switche模式登录，因此matlab的可用虚拟内存不会超过2G。

5. 优化程序，减少变量

1 r; x8 F5 K$ [8 }6. 如果必有必要，不要启动java虚拟机，采用matlab -nojvm启动

, P6 v" Y2 z8 m- Y) P6 X7. 关闭Matlab Server

" a' }) T7 K* M/ s1 p) w
" Q9 [/ H# s; o6 b3 l7 g; O* K% w
8 {$ Z& B3 H: I2 X  `# k' x& |6 _

℡oメ心情浪子o

madio 发表于 2013-10-3 18:16
. r( g8 M7 N! P7 e0 s转一篇别人写的过于内存溢出问题的文章，里面介绍了一些基本的方法。
MATLAB程序碰到OUT OF MEMORY的问题m ...

4 e7 `* ~9 ^" C& Q7 _十分谢谢。。