与大稀疏矩阵的计算有关的内存错误问题

℡oメ心情浪子o

    从文件导入数据建立一个大于10000*5000的稀疏矩阵，然后用corrcoef()计算相关系数时，刚开始就不能跑起来，直接显示 out of memort，后来通过开启3G模式之后可以跑起来，但是跑了大概40分分钟之后显示相同的错误，错误信息如下：
  X/ r! h# u% J" Eaaa=corrcoef(B)
2 y: x5 o8 E2 g: Y9 c) uError using  ./
8 \: ~+ Z4 y* j0 [9 R& \Out of memory. Type HELP MEMORY for your options.
9 u; C3 L9 i' C" k
' T% a5 ?; l8 x- z( j
Error in cov (line 97)
    xy = (xc' * xc) / (m-1);

/ r4 s, n% S/ u' T$ X
, Q9 k$ i) A6 C4 \Error in corrcoef>correl (line 209)
1 d0 {: g5 I7 Y# dr = cov(x);


Error in corrcoef (line 92)
   r = correl(x);
/ a* L8 ~5 ]- O  ~怎么破，求大神！

madio

这个问题我觉得既然3G模式可以跑起来，说明这个矩阵可以放进去了，但是跑了一段时间出现内存不足，说明中间变量过多了，我建议你不要用这个函数来求相关系数矩阵，毕竟这个相关系数矩阵数学上的算法很明确，你编一个循环程序来计算，每次只调用两个向量，用完了这个空间就被下一组向量占用，这样会省很大的空间。不要只依赖函数

madio

转一篇别人写的过于内存溢出问题的文章，里面介绍了一些基本的方法。
MATLAB程序碰到OUT OF MEMORY的问题

matlab程序碰到out of memory的问题真是让人崩溃的一件事情，程序是别人的，不能做大的改动，只能想办法增加内存。别人总结的可用的方法有：

1. 增加虚拟内存：右击我的电脑—属性--高级--性能设置--高级--虚拟内存更改，按自己电脑的硬盘在自定义大小里设置数字，然后再按设置-确定，然后重启。否则更改无效。

对XP，我发现即使增大虚拟内存到4G, matlab可用虚拟内存仍只有2G。仍然out of memory.
% i) o- ?7 g1 o+ @; k

>> feature('memstats')
Physical Memory (RAM):
In Use:                              611 MB (26364000)
* `" T; s0 b' S7 j4 B/ F& o$ B9 YFree:                               1428 MB (59418000)
Total:                              2039 MB (7f77c000)
Page File (Swap space):
In Use:                              470 MB (1d628000)
$ A3 W$ R3 w, t, a  f# vFree:                               4481 MB (118156000)
Total:                              4951 MB (13577e000)
6 J, G2 X. F2 |3 Q$ M4 o. LVirtual Memory (Address Space):
In Use:                              400 MB (190d3000)
8 Z. H( w+ S& z- @4 ~Free:                               1647 MB (66f0d000)
. ~8 J7 X- Y* O# l* P0 |4 S  ]Total:                              2047 MB (7ffe0000)
" x8 P% L( }- dLargest Contiguous Free Blocks:
1. [at 20017000]                    675 MB (2a3f9000)
* L. X  U4 R: |$ R3 C! d2. [at 4b033000]                    253 MB ( fd8d000)
3. [at 18010000]                    127 MB ( 7ff0000)
' }* P9 r4 k$ m  M* l5 a; ^; d  U4. [at 68ff7000]                     64 MB ( 4009000)
8 q2 I! R4 N' t8 _9 X5. [at 6d7c5000]                     56 MB ( 389b000)
" u9 c+ N, q. I7 r% r5 E; O" X+ @6. [at 62c29000]                     50 MB ( 3207000)
$ j4 d$ g5 O0 |  \7. [at  d330000]                     44 MB ( 2ca0000)
* I: |! K, G, A" ]4 r8. [at 663dd000]                     41 MB ( 2983000)
9. [at 60809000]                     36 MB ( 2417000)
# L/ B5 Y: e. W% T' ?. D- ]; A4 W10. [at 5adf7000]                     35 MB ( 2379000)
: Q& E& n5 u7 b" r======= ==========
1385 MB (569d4000)

对Vista系统，可能是因为我在第四步设置了命令3GB switche：可用最大虚拟内存是3G

>> feature('memstats')
$ n! m, E* \" J( Y# }
( c! H/ V( z( r; v2 gPhysical Memory (RAM):
( w% W6 s: n" J4 u, ~; v2 B6 D% M8 YIn Use:                             1082 MB (43a3a000)
$ E0 X6 n' f0 o6 u) qFree:                               1467 MB (5bb96000)
0 g  B  P3 K; T2 ^% X. {Total:                              2549 MB (9f5d0000)
Page File (Swap space):
In Use:                             1227 MB (4cbe3000)
+ W. K/ K% I' x2 s) W3 X$ eFree:                               5315 MB (14c36e000)
+ @" A9 m, X8 t, ?# P: L3 T0 ITotal:                              6543 MB (198f51000)
Virtual Memory (Address Space):
In Use:                              501 MB (1f5bf000)
Free:                               2570 MB (a0a21000)
: {3 j- \9 b( ~! h" ^Total:                              3071 MB (bffe0000)
Largest Contiguous Free Blocks:
) Z! y7 g! O2 c1. [at 1b010000]                   1074 MB (432d0000)
/ }! \2 V( K1 v! \! B2 G  N2 H2. [at 7fff0000]                   1023 MB (3ff9c000)
3. [at 5e302000]                    227 MB ( e32e000)
7 `7 Q% K3 u' o! O4 w* l8 @4. [at 7c41b000]                     50 MB ( 32d5000)
- ~* J& j( d- k5. [at 6d857000]                     30 MB ( 1e09000)
( l- d: `  H& X6. [at 6f66b000]                     21 MB ( 1595000)
9 h5 `$ h+ w+ A5 Y' Y8 V: i  C/ P7. [at 715c3000]                     20 MB ( 149d000)
- q0 U& F& |7 U8. [at 7a038000]                     18 MB ( 12f8000)
9. [at 739a6000]                     17 MB ( 114a000)
1 j* a2 A3 v  c; N10. [at 70c41000]                      9 MB (  94f000)
======= ==========
2494 MB (9be3b000)

2. 采用PACK： 试了不管用

3. 条件允许的话采用64位系统：32位免谈

  I, l% f' {' L# c5 A! y/ F4. 采用3GB switch： 由于32位 Windows 操作系统的限制，每个进程只能使用最多 2GB 的虚拟内存地址空间，因此 Matlab 的可分配内存也受到相应的限制。Matlab 7.0.1 引进了新的内存管理机制，可以利用 Windows 的 3GB 开关，使用 3GB 开关启动的 Windows 每个进程可以在多分配 1 GB 的虚拟地址空间。我的笔记本是vista系统，台式机是XP系统。

1）对vista系统：Bcdedit 位于X:\Windows\system32\ "X:"为安装Vista的盘符，利用Bcdedit命令，可以自定义你的Vista启动管理项。使用命令: BCDEdit /set increaseuserva 3072 ，DOS界面显示操作成功，注意虚拟内存应设成大于3G，否则内存分配<3G。可在matlab里使用 system_dependent memstats或feature('memstats')命令查询。

2）对XP：右键单击我的电脑--->>属性--->>高级--->>启动和故障修复--->>设置--->>编辑--->>将最后一行multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS="Microsoft Windows XP Professional" 复制，在下一行粘贴，并将粘贴一行改为： multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS="Microsoft Windows XP Professional with 3GB switche" /3gb --->>存储--->>确定--->>重新启动计算机--->>在显示选择操作系统时，选择带有 3GB switche的一项--->>打开matlab。可是我设置完重启计算机，选择3GB switche的一项时，显示lsass.exe 应用程序错误，无法登陆！看来我的XP系统不支持3GB switche模式登录，因此matlab的可用虚拟内存不会超过2G。

! S8 Y. y6 K1 R5. 优化程序，减少变量

6. 如果必有必要，不要启动java虚拟机，采用matlab -nojvm启动

  S6 J% @, K# o# l. w+ w& r7. 关闭Matlab Server

% I" i0 w) d  B; M
& u; p$ P& P2 }6 v5 I7 |. \6 i
7 h5 F  u4 b# g

℡oメ心情浪子o

madio 发表于 2013-10-3 18:16
( S; j% b- R3 l3 T. U% I转一篇别人写的过于内存溢出问题的文章，里面介绍了一些基本的方法。
MATLAB程序碰到OUT OF MEMORY的问题m ...

十分谢谢。。