与大稀疏矩阵的计算有关的内存错误问题

℡oメ心情浪子o

    从文件导入数据建立一个大于10000*5000的稀疏矩阵，然后用corrcoef()计算相关系数时，刚开始就不能跑起来，直接显示 out of memort，后来通过开启3G模式之后可以跑起来，但是跑了大概40分分钟之后显示相同的错误，错误信息如下：
aaa=corrcoef(B)
5 n& S- L1 I" {4 s2 zError using  ./
; p. J; `1 T  m& dOut of memory. Type HELP MEMORY for your options.


8 R. k. o$ T' I) C: B. r% d- \Error in cov (line 97)
    xy = (xc' * xc) / (m-1);
3 h! N$ G$ \% d$ e" ?, k( _
8 C. L# C* x" Z& @, O5 N2 z0 m
Error in corrcoef>correl (line 209)
r = cov(x);
5 {! V# N9 i( n. f6 w

9 y* Y+ c- X( nError in corrcoef (line 92)
  p% G) r) F2 F; M# d6 {: |2 ^) @   r = correl(x);
) N" ~  d$ V- z怎么破，求大神！

madio

这个问题我觉得既然3G模式可以跑起来，说明这个矩阵可以放进去了，但是跑了一段时间出现内存不足，说明中间变量过多了，我建议你不要用这个函数来求相关系数矩阵，毕竟这个相关系数矩阵数学上的算法很明确，你编一个循环程序来计算，每次只调用两个向量，用完了这个空间就被下一组向量占用，这样会省很大的空间。不要只依赖函数

madio

转一篇别人写的过于内存溢出问题的文章，里面介绍了一些基本的方法。
MATLAB程序碰到OUT OF MEMORY的问题

matlab程序碰到out of memory的问题真是让人崩溃的一件事情，程序是别人的，不能做大的改动，只能想办法增加内存。别人总结的可用的方法有：

1. 增加虚拟内存：右击我的电脑—属性--高级--性能设置--高级--虚拟内存更改，按自己电脑的硬盘在自定义大小里设置数字，然后再按设置-确定，然后重启。否则更改无效。

对XP，我发现即使增大虚拟内存到4G, matlab可用虚拟内存仍只有2G。仍然out of memory.
2 L+ J% X0 x" H1 P* o2 h: v

>> feature('memstats')
Physical Memory (RAM):
) C' U0 G  R2 o" c/ m7 a& UIn Use:                              611 MB (26364000)
- J/ F$ N# R9 ]; `: I- p$ X& w8 WFree:                               1428 MB (59418000)
Total:                              2039 MB (7f77c000)
0 e6 Q9 M. Z, b0 k% [* m9 @Page File (Swap space):
In Use:                              470 MB (1d628000)
' X/ U9 |0 O8 V7 N. w/ J* P6 `Free:                               4481 MB (118156000)
" |! W0 d' r+ m* L0 `6 {Total:                              4951 MB (13577e000)
/ m- p! S7 m$ G" {. V" t+ U8 }Virtual Memory (Address Space):
* X8 F0 n5 m9 l  Q4 yIn Use:                              400 MB (190d3000)
Free:                               1647 MB (66f0d000)
Total:                              2047 MB (7ffe0000)
Largest Contiguous Free Blocks:
2 G% l) c$ |) x6 l7 n1. [at 20017000]                    675 MB (2a3f9000)
4 j. j% E3 \1 C, [# z0 Q0 @! F0 {2. [at 4b033000]                    253 MB ( fd8d000)
3. [at 18010000]                    127 MB ( 7ff0000)
4. [at 68ff7000]                     64 MB ( 4009000)
5. [at 6d7c5000]                     56 MB ( 389b000)
6. [at 62c29000]                     50 MB ( 3207000)
7 P! K' u4 q6 \, T$ \# ~7. [at  d330000]                     44 MB ( 2ca0000)
8. [at 663dd000]                     41 MB ( 2983000)
8 @9 k+ z! ~- i5 B, p9. [at 60809000]                     36 MB ( 2417000)
2 a. m2 C5 K) ]7 G$ A10. [at 5adf7000]                     35 MB ( 2379000)
======= ==========
1385 MB (569d4000)

对Vista系统，可能是因为我在第四步设置了命令3GB switche：可用最大虚拟内存是3G

>> feature('memstats')

Physical Memory (RAM):
In Use:                             1082 MB (43a3a000)
  @" e" B: I8 J& F' vFree:                               1467 MB (5bb96000)
Total:                              2549 MB (9f5d0000)
& F5 t7 p* ?4 xPage File (Swap space):
' U0 k( B0 v2 w& B: G1 vIn Use:                             1227 MB (4cbe3000)
, V- ^  ^. J& E' V, rFree:                               5315 MB (14c36e000)
' c4 m3 J8 b; Q( h, lTotal:                              6543 MB (198f51000)
8 d* c; ~$ B/ a7 YVirtual Memory (Address Space):
In Use:                              501 MB (1f5bf000)
) R2 y. O# j# x! c/ ?5 q1 X- \, zFree:                               2570 MB (a0a21000)
Total:                              3071 MB (bffe0000)
) q6 n) O# q& a7 w. dLargest Contiguous Free Blocks:
, _: j# Z* P: y+ q1. [at 1b010000]                   1074 MB (432d0000)
2. [at 7fff0000]                   1023 MB (3ff9c000)
3. [at 5e302000]                    227 MB ( e32e000)
4. [at 7c41b000]                     50 MB ( 32d5000)
5. [at 6d857000]                     30 MB ( 1e09000)
6. [at 6f66b000]                     21 MB ( 1595000)
" O  T" p& b  q9 y9 k' Y7. [at 715c3000]                     20 MB ( 149d000)
8. [at 7a038000]                     18 MB ( 12f8000)
2 K4 R# O' m/ D5 d+ k9. [at 739a6000]                     17 MB ( 114a000)
3 X) Q3 W) A3 h9 r10. [at 70c41000]                      9 MB (  94f000)
======= ==========
- ]) Q1 }" ~; |/ n% W# k' W2494 MB (9be3b000)

2. 采用PACK： 试了不管用

3. 条件允许的话采用64位系统：32位免谈

- R- X3 v- q# |  l0 Q3 r  M4. 采用3GB switch： 由于32位 Windows 操作系统的限制，每个进程只能使用最多 2GB 的虚拟内存地址空间，因此 Matlab 的可分配内存也受到相应的限制。Matlab 7.0.1 引进了新的内存管理机制，可以利用 Windows 的 3GB 开关，使用 3GB 开关启动的 Windows 每个进程可以在多分配 1 GB 的虚拟地址空间。我的笔记本是vista系统，台式机是XP系统。

1）对vista系统：Bcdedit 位于X:\Windows\system32\ "X:"为安装Vista的盘符，利用Bcdedit命令，可以自定义你的Vista启动管理项。使用命令: BCDEdit /set increaseuserva 3072 ，DOS界面显示操作成功，注意虚拟内存应设成大于3G，否则内存分配<3G。可在matlab里使用 system_dependent memstats或feature('memstats')命令查询。

2）对XP：右键单击我的电脑--->>属性--->>高级--->>启动和故障修复--->>设置--->>编辑--->>将最后一行multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS="Microsoft Windows XP Professional" 复制，在下一行粘贴，并将粘贴一行改为： multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS="Microsoft Windows XP Professional with 3GB switche" /3gb --->>存储--->>确定--->>重新启动计算机--->>在显示选择操作系统时，选择带有 3GB switche的一项--->>打开matlab。可是我设置完重启计算机，选择3GB switche的一项时，显示lsass.exe 应用程序错误，无法登陆！看来我的XP系统不支持3GB switche模式登录，因此matlab的可用虚拟内存不会超过2G。

5. 优化程序，减少变量

6. 如果必有必要，不要启动java虚拟机，采用matlab -nojvm启动

  j- R  T* `2 {: T" O6 p, W7. 关闭Matlab Server

+ Y- L" G! o; g6 J
5 }. E& {. I: ^
3 u; W; s/ c( y: O+ B# m

℡oメ心情浪子o

madio 发表于 2013-10-3 18:16
: Q; A/ L# k& X! m: G7 }: q  S7 X转一篇别人写的过于内存溢出问题的文章，里面介绍了一些基本的方法。
: e' O' s7 x- Z% U+ CMATLAB程序碰到OUT OF MEMORY的问题m ...

! [; i2 l, S# @8 c+ |  ~十分谢谢。。