与大稀疏矩阵的计算有关的内存错误问题

℡oメ心情浪子o

    从文件导入数据建立一个大于10000*5000的稀疏矩阵，然后用corrcoef()计算相关系数时，刚开始就不能跑起来，直接显示 out of memort，后来通过开启3G模式之后可以跑起来，但是跑了大概40分分钟之后显示相同的错误，错误信息如下：
+ T% ?  X1 ~# k. o2 Xaaa=corrcoef(B)
Error using  ./
Out of memory. Type HELP MEMORY for your options.
9 }' U2 X  o, [0 E: E" C
% S0 ~. u8 a! Q3 [) q% L+ T4 h
Error in cov (line 97)
$ V3 _1 v/ T6 h1 f    xy = (xc' * xc) / (m-1);
2 R' s# e" W4 k& o1 _. i3 D# F
. }6 M6 l( S' [$ c( I
! P4 B8 N& c3 f5 ^' BError in corrcoef>correl (line 209)
r = cov(x);

8 B, t% D& j. j- ~
Error in corrcoef (line 92)
   r = correl(x);
( y5 k+ ~; S% u. [怎么破，求大神！

madio

这个问题我觉得既然3G模式可以跑起来，说明这个矩阵可以放进去了，但是跑了一段时间出现内存不足，说明中间变量过多了，我建议你不要用这个函数来求相关系数矩阵，毕竟这个相关系数矩阵数学上的算法很明确，你编一个循环程序来计算，每次只调用两个向量，用完了这个空间就被下一组向量占用，这样会省很大的空间。不要只依赖函数

madio

转一篇别人写的过于内存溢出问题的文章，里面介绍了一些基本的方法。
- c5 n9 }* z& E  E( gMATLAB程序碰到OUT OF MEMORY的问题

matlab程序碰到out of memory的问题真是让人崩溃的一件事情，程序是别人的，不能做大的改动，只能想办法增加内存。别人总结的可用的方法有：

1. 增加虚拟内存：右击我的电脑—属性--高级--性能设置--高级--虚拟内存更改，按自己电脑的硬盘在自定义大小里设置数字，然后再按设置-确定，然后重启。否则更改无效。

对XP，我发现即使增大虚拟内存到4G, matlab可用虚拟内存仍只有2G。仍然out of memory.

>> feature('memstats')
) D+ a3 ]0 h* S* ^3 r* M" v  kPhysical Memory (RAM):
- [4 z; j$ N9 b# D. L) x8 \In Use:                              611 MB (26364000)
& m5 |$ M9 l% Z( {4 b9 ^: oFree:                               1428 MB (59418000)
Total:                              2039 MB (7f77c000)
" L0 \' i9 H& r" N+ d( jPage File (Swap space):
% n4 w& a) ]" VIn Use:                              470 MB (1d628000)
Free:                               4481 MB (118156000)
0 D0 Z) W+ J/ A" K" VTotal:                              4951 MB (13577e000)
Virtual Memory (Address Space):
8 ?" x0 b: a6 ~" I$ UIn Use:                              400 MB (190d3000)
! ^6 W6 T# ?+ l7 |2 X5 qFree:                               1647 MB (66f0d000)
% ?7 {" f1 g- u0 STotal:                              2047 MB (7ffe0000)
Largest Contiguous Free Blocks:
8 s+ x. I6 f/ N1. [at 20017000]                    675 MB (2a3f9000)
6 Y" L( {: _% ?! M" f2. [at 4b033000]                    253 MB ( fd8d000)
8 T' W. r6 W" x; }3. [at 18010000]                    127 MB ( 7ff0000)
4. [at 68ff7000]                     64 MB ( 4009000)
+ S0 t! k7 h. C5. [at 6d7c5000]                     56 MB ( 389b000)
# D; |% v7 Z+ i) m: O/ t( b( X# v6. [at 62c29000]                     50 MB ( 3207000)
+ {  `7 W) p+ s4 Q7. [at  d330000]                     44 MB ( 2ca0000)
. [6 }) I  L; L9 L# Z: c+ ?8. [at 663dd000]                     41 MB ( 2983000)
3 q3 k' [6 `6 C2 \4 O$ ?9. [at 60809000]                     36 MB ( 2417000)
) l4 ^0 k5 X. y: y) l5 \. W10. [at 5adf7000]                     35 MB ( 2379000)
  ^  S; T7 c- J* v======= ==========
1385 MB (569d4000)

对Vista系统，可能是因为我在第四步设置了命令3GB switche：可用最大虚拟内存是3G

>> feature('memstats')
/ M  N% C9 V/ B6 n  q
Physical Memory (RAM):
% w1 u, Y  o- xIn Use:                             1082 MB (43a3a000)
) J/ V9 e# ?0 V- e. K0 _! l- RFree:                               1467 MB (5bb96000)
' n: P3 F- C' c  @! Q# YTotal:                              2549 MB (9f5d0000)
) G7 Y4 o5 q# rPage File (Swap space):
In Use:                             1227 MB (4cbe3000)
Free:                               5315 MB (14c36e000)
Total:                              6543 MB (198f51000)
4 [: }( {- J: B, }Virtual Memory (Address Space):
In Use:                              501 MB (1f5bf000)
  \1 _, Q8 E) d8 t. P! A9 Z" nFree:                               2570 MB (a0a21000)
  ]  g7 B; v; ^9 a" F: i' sTotal:                              3071 MB (bffe0000)
Largest Contiguous Free Blocks:
1. [at 1b010000]                   1074 MB (432d0000)
2. [at 7fff0000]                   1023 MB (3ff9c000)
7 N/ ?7 }: N6 r+ |+ o3. [at 5e302000]                    227 MB ( e32e000)
1 B* x9 u" S+ v+ A  P4. [at 7c41b000]                     50 MB ( 32d5000)
+ T* u: _! E: S# h/ m( F5. [at 6d857000]                     30 MB ( 1e09000)
& I5 b3 ^. c0 L( C6. [at 6f66b000]                     21 MB ( 1595000)
! o; Z! V2 L: U. X: @7. [at 715c3000]                     20 MB ( 149d000)
8. [at 7a038000]                     18 MB ( 12f8000)
9. [at 739a6000]                     17 MB ( 114a000)
- b- F$ g" _& q: P# ?10. [at 70c41000]                      9 MB (  94f000)
0 R0 u5 _6 f( L8 U+ t0 r% K, O- e( x======= ==========
2494 MB (9be3b000)

2. 采用PACK： 试了不管用

3. 条件允许的话采用64位系统：32位免谈

4. 采用3GB switch： 由于32位 Windows 操作系统的限制，每个进程只能使用最多 2GB 的虚拟内存地址空间，因此 Matlab 的可分配内存也受到相应的限制。Matlab 7.0.1 引进了新的内存管理机制，可以利用 Windows 的 3GB 开关，使用 3GB 开关启动的 Windows 每个进程可以在多分配 1 GB 的虚拟地址空间。我的笔记本是vista系统，台式机是XP系统。

1）对vista系统：Bcdedit 位于X:\Windows\system32\ "X:"为安装Vista的盘符，利用Bcdedit命令，可以自定义你的Vista启动管理项。使用命令: BCDEdit /set increaseuserva 3072 ，DOS界面显示操作成功，注意虚拟内存应设成大于3G，否则内存分配<3G。可在matlab里使用 system_dependent memstats或feature('memstats')命令查询。

2）对XP：右键单击我的电脑--->>属性--->>高级--->>启动和故障修复--->>设置--->>编辑--->>将最后一行multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS="Microsoft Windows XP Professional" 复制，在下一行粘贴，并将粘贴一行改为： multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS="Microsoft Windows XP Professional with 3GB switche" /3gb --->>存储--->>确定--->>重新启动计算机--->>在显示选择操作系统时，选择带有 3GB switche的一项--->>打开matlab。可是我设置完重启计算机，选择3GB switche的一项时，显示lsass.exe 应用程序错误，无法登陆！看来我的XP系统不支持3GB switche模式登录，因此matlab的可用虚拟内存不会超过2G。

& n& H& _. Z2 f9 B5. 优化程序，减少变量

2 R3 n- i/ P) E3 H8 m' Q& r4 p6. 如果必有必要，不要启动java虚拟机，采用matlab -nojvm启动

# ]& H0 q. `6 B; Y  z7. 关闭Matlab Server

. c! c% X% z% [0 i

℡oメ心情浪子o

madio 发表于 2013-10-3 18:16
转一篇别人写的过于内存溢出问题的文章，里面介绍了一些基本的方法。
MATLAB程序碰到OUT OF MEMORY的问题m ...

; v2 |: `# Y7 U7 l十分谢谢。。