与大稀疏矩阵的计算有关的内存错误问题

℡oメ心情浪子o

    从文件导入数据建立一个大于10000*5000的稀疏矩阵，然后用corrcoef()计算相关系数时，刚开始就不能跑起来，直接显示 out of memort，后来通过开启3G模式之后可以跑起来，但是跑了大概40分分钟之后显示相同的错误，错误信息如下：
aaa=corrcoef(B)
7 W+ L$ i. I" V& wError using  ./
  F$ t, A3 a) G) n, NOut of memory. Type HELP MEMORY for your options.


; n# Y5 s) h0 F; ~2 j) `Error in cov (line 97)
  x. S5 }) X2 N    xy = (xc' * xc) / (m-1);

# J; I% x+ w( t
Error in corrcoef>correl (line 209)
2 D0 @& a# p( C: Q% y( F3 Sr = cov(x);


8 p$ \8 W6 t2 vError in corrcoef (line 92)
6 Z  d" w+ T1 J7 k& X2 o3 h3 O   r = correl(x);
3 f' m2 o  @& U怎么破，求大神！
6 y0 R. x, ]2 X- {: C

madio

这个问题我觉得既然3G模式可以跑起来，说明这个矩阵可以放进去了，但是跑了一段时间出现内存不足，说明中间变量过多了，我建议你不要用这个函数来求相关系数矩阵，毕竟这个相关系数矩阵数学上的算法很明确，你编一个循环程序来计算，每次只调用两个向量，用完了这个空间就被下一组向量占用，这样会省很大的空间。不要只依赖函数

madio

转一篇别人写的过于内存溢出问题的文章，里面介绍了一些基本的方法。
9 q( w0 W; t1 g) O: ]8 v$ dMATLAB程序碰到OUT OF MEMORY的问题

matlab程序碰到out of memory的问题真是让人崩溃的一件事情，程序是别人的，不能做大的改动，只能想办法增加内存。别人总结的可用的方法有：

1. 增加虚拟内存：右击我的电脑—属性--高级--性能设置--高级--虚拟内存更改，按自己电脑的硬盘在自定义大小里设置数字，然后再按设置-确定，然后重启。否则更改无效。

对XP，我发现即使增大虚拟内存到4G, matlab可用虚拟内存仍只有2G。仍然out of memory.

>> feature('memstats')
$ u4 \5 n* Y, E4 _2 jPhysical Memory (RAM):
In Use:                              611 MB (26364000)
; ~' C0 n* R' ?6 a7 n$ GFree:                               1428 MB (59418000)
+ B9 w8 E$ \2 QTotal:                              2039 MB (7f77c000)
Page File (Swap space):
. S0 G! P( n1 J/ [  M) R/ R( t) tIn Use:                              470 MB (1d628000)
Free:                               4481 MB (118156000)
8 B. M4 b2 R4 y( ?- XTotal:                              4951 MB (13577e000)
3 G7 T7 u, Y2 ^& l- ZVirtual Memory (Address Space):
% a: c7 t' z( Y4 w8 ]In Use:                              400 MB (190d3000)
Free:                               1647 MB (66f0d000)
' W' T3 `% i( ^( J  Y6 N# ]  @& w, ?Total:                              2047 MB (7ffe0000)
Largest Contiguous Free Blocks:
! _; L0 I. G: V6 _1. [at 20017000]                    675 MB (2a3f9000)
" G& ^# Y. E/ z4 j0 h) E2. [at 4b033000]                    253 MB ( fd8d000)
  |7 h2 `; N, G3. [at 18010000]                    127 MB ( 7ff0000)
4. [at 68ff7000]                     64 MB ( 4009000)
5. [at 6d7c5000]                     56 MB ( 389b000)
6. [at 62c29000]                     50 MB ( 3207000)
3 F9 a/ m+ f% h9 _. G  J( U' E8 U7. [at  d330000]                     44 MB ( 2ca0000)
8. [at 663dd000]                     41 MB ( 2983000)
" @+ x; h; D0 o( w2 H9. [at 60809000]                     36 MB ( 2417000)
% p1 P, c/ A9 Y$ B- M- K10. [at 5adf7000]                     35 MB ( 2379000)
- n* u8 i" X8 G* y. u4 |======= ==========
1385 MB (569d4000)

对Vista系统，可能是因为我在第四步设置了命令3GB switche：可用最大虚拟内存是3G

>> feature('memstats')

Physical Memory (RAM):
In Use:                             1082 MB (43a3a000)
: T& s8 Z( x2 N4 ?$ K1 ZFree:                               1467 MB (5bb96000)
; s& n" P: n- }) I% k3 OTotal:                              2549 MB (9f5d0000)
Page File (Swap space):
/ l/ ^9 W2 r4 q/ IIn Use:                             1227 MB (4cbe3000)
Free:                               5315 MB (14c36e000)
  k# D3 c7 Z5 V  W- A7 GTotal:                              6543 MB (198f51000)
Virtual Memory (Address Space):
& h; O$ s* q9 I! R, P% yIn Use:                              501 MB (1f5bf000)
Free:                               2570 MB (a0a21000)
Total:                              3071 MB (bffe0000)
1 N: g3 F% j4 H  tLargest Contiguous Free Blocks:
1. [at 1b010000]                   1074 MB (432d0000)
2. [at 7fff0000]                   1023 MB (3ff9c000)
3. [at 5e302000]                    227 MB ( e32e000)
& A/ M" E1 m# O+ y( [4. [at 7c41b000]                     50 MB ( 32d5000)
5. [at 6d857000]                     30 MB ( 1e09000)
6. [at 6f66b000]                     21 MB ( 1595000)
# Z% }* h: E% \9 h% g1 |7. [at 715c3000]                     20 MB ( 149d000)
8. [at 7a038000]                     18 MB ( 12f8000)
9. [at 739a6000]                     17 MB ( 114a000)
10. [at 70c41000]                      9 MB (  94f000)
======= ==========
6 S! D, [  R- Q0 O2 B+ d3 d/ m# ^2494 MB (9be3b000)

2. 采用PACK： 试了不管用

3. 条件允许的话采用64位系统：32位免谈

; @- }1 X# G0 [  y  U$ s9 L4. 采用3GB switch： 由于32位 Windows 操作系统的限制，每个进程只能使用最多 2GB 的虚拟内存地址空间，因此 Matlab 的可分配内存也受到相应的限制。Matlab 7.0.1 引进了新的内存管理机制，可以利用 Windows 的 3GB 开关，使用 3GB 开关启动的 Windows 每个进程可以在多分配 1 GB 的虚拟地址空间。我的笔记本是vista系统，台式机是XP系统。

1）对vista系统：Bcdedit 位于X:\Windows\system32\ "X:"为安装Vista的盘符，利用Bcdedit命令，可以自定义你的Vista启动管理项。使用命令: BCDEdit /set increaseuserva 3072 ，DOS界面显示操作成功，注意虚拟内存应设成大于3G，否则内存分配<3G。可在matlab里使用 system_dependent memstats或feature('memstats')命令查询。

2）对XP：右键单击我的电脑--->>属性--->>高级--->>启动和故障修复--->>设置--->>编辑--->>将最后一行multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS="Microsoft Windows XP Professional" 复制，在下一行粘贴，并将粘贴一行改为： multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS="Microsoft Windows XP Professional with 3GB switche" /3gb --->>存储--->>确定--->>重新启动计算机--->>在显示选择操作系统时，选择带有 3GB switche的一项--->>打开matlab。可是我设置完重启计算机，选择3GB switche的一项时，显示lsass.exe 应用程序错误，无法登陆！看来我的XP系统不支持3GB switche模式登录，因此matlab的可用虚拟内存不会超过2G。

! s- h9 s% G7 y2 v5. 优化程序，减少变量

6. 如果必有必要，不要启动java虚拟机，采用matlab -nojvm启动

  }' }" _' r% {4 L. B7. 关闭Matlab Server

! v4 c( F5 s& j+ \7 j* Z% d6 S. Q% R9 j
8 g% D. [' Z. g( Z4 ?9 F: Q/ |. y

℡oメ心情浪子o

madio 发表于 2013-10-3 18:16
转一篇别人写的过于内存溢出问题的文章，里面介绍了一些基本的方法。
4 W* [7 [& g6 P% t* K& JMATLAB程序碰到OUT OF MEMORY的问题m ...

十分谢谢。。