与大稀疏矩阵的计算有关的内存错误问题

℡oメ心情浪子o

    从文件导入数据建立一个大于10000*5000的稀疏矩阵，然后用corrcoef()计算相关系数时，刚开始就不能跑起来，直接显示 out of memort，后来通过开启3G模式之后可以跑起来，但是跑了大概40分分钟之后显示相同的错误，错误信息如下：
: `2 A1 D! ]$ E' O) w4 v) maaa=corrcoef(B)
  W4 w2 g9 e! b+ W  jError using  ./
Out of memory. Type HELP MEMORY for your options.
6 [% p- N4 @7 N0 u1 x
; @2 d; e3 C( Y0 i
: w. h  i, @7 ^  Q# U2 {3 Z( \; G) IError in cov (line 97)
    xy = (xc' * xc) / (m-1);
3 W2 B: ~8 ?' K2 A: S
, y& [; u: u7 Z" k9 @4 l9 p* \8 K, K
Error in corrcoef>correl (line 209)
9 D$ v" o! Q4 Xr = cov(x);


! @1 G: N* G# N, I2 f0 v* jError in corrcoef (line 92)
   r = correl(x);
, _* {5 s( C. D9 B怎么破，求大神！
+ @6 M; C; ~$ _" C% V( w2 ^9 p$ _, X

madio

这个问题我觉得既然3G模式可以跑起来，说明这个矩阵可以放进去了，但是跑了一段时间出现内存不足，说明中间变量过多了，我建议你不要用这个函数来求相关系数矩阵，毕竟这个相关系数矩阵数学上的算法很明确，你编一个循环程序来计算，每次只调用两个向量，用完了这个空间就被下一组向量占用，这样会省很大的空间。不要只依赖函数

madio

转一篇别人写的过于内存溢出问题的文章，里面介绍了一些基本的方法。
; i, M! A8 [8 {# M/ |3 C- Y( fMATLAB程序碰到OUT OF MEMORY的问题

matlab程序碰到out of memory的问题真是让人崩溃的一件事情，程序是别人的，不能做大的改动，只能想办法增加内存。别人总结的可用的方法有：

1. 增加虚拟内存：右击我的电脑—属性--高级--性能设置--高级--虚拟内存更改，按自己电脑的硬盘在自定义大小里设置数字，然后再按设置-确定，然后重启。否则更改无效。

对XP，我发现即使增大虚拟内存到4G, matlab可用虚拟内存仍只有2G。仍然out of memory.
. [9 _7 S% @- r1 V

>> feature('memstats')
Physical Memory (RAM):
In Use:                              611 MB (26364000)
' L/ l- s2 s/ ~: vFree:                               1428 MB (59418000)
  j. p6 E; s, k& FTotal:                              2039 MB (7f77c000)
4 a/ e$ R! P7 wPage File (Swap space):
In Use:                              470 MB (1d628000)
Free:                               4481 MB (118156000)
Total:                              4951 MB (13577e000)
Virtual Memory (Address Space):
- x5 q- o; ^# j8 r( LIn Use:                              400 MB (190d3000)
9 R9 f4 }9 A  i2 QFree:                               1647 MB (66f0d000)
& z* h! l6 ^( n8 ]Total:                              2047 MB (7ffe0000)
Largest Contiguous Free Blocks:
  y! {$ _6 f+ @1 A8 ?1. [at 20017000]                    675 MB (2a3f9000)
2. [at 4b033000]                    253 MB ( fd8d000)
# W4 @4 I7 a: N. ^7 U: M& U3. [at 18010000]                    127 MB ( 7ff0000)
4. [at 68ff7000]                     64 MB ( 4009000)
/ i$ ]# J6 G' i5. [at 6d7c5000]                     56 MB ( 389b000)
& v. A- z6 e& @8 Q- C4 C& F6. [at 62c29000]                     50 MB ( 3207000)
( K, K9 D, t* K8 c' V. m7. [at  d330000]                     44 MB ( 2ca0000)
8. [at 663dd000]                     41 MB ( 2983000)
3 X' i( `4 z5 X" H% k9. [at 60809000]                     36 MB ( 2417000)
10. [at 5adf7000]                     35 MB ( 2379000)
======= ==========
5 e0 {  r+ r8 X" {" L5 Z1385 MB (569d4000)

对Vista系统，可能是因为我在第四步设置了命令3GB switche：可用最大虚拟内存是3G

>> feature('memstats')
+ \3 {; H* Z1 Y6 _9 v- Y0 X! C
% K' {1 m: `$ H$ ^4 h: H: }Physical Memory (RAM):
In Use:                             1082 MB (43a3a000)
' Q: J! J2 f- {/ H# X' I. z, NFree:                               1467 MB (5bb96000)
8 e& {3 m3 u' z* TTotal:                              2549 MB (9f5d0000)
Page File (Swap space):
In Use:                             1227 MB (4cbe3000)
; y; N+ Y* [" `0 s# a, jFree:                               5315 MB (14c36e000)
  k# r' T, v- ^; b& hTotal:                              6543 MB (198f51000)
Virtual Memory (Address Space):
  E5 ]" e% _6 o" wIn Use:                              501 MB (1f5bf000)
/ O5 z2 V* g7 ]Free:                               2570 MB (a0a21000)
Total:                              3071 MB (bffe0000)
Largest Contiguous Free Blocks:
5 h% S  v- _% {: ~$ O! y1. [at 1b010000]                   1074 MB (432d0000)
6 B" G+ S9 v: G3 m& L$ t" ^+ U2. [at 7fff0000]                   1023 MB (3ff9c000)
0 S) P8 B* E% c6 f. ]) E3. [at 5e302000]                    227 MB ( e32e000)
4. [at 7c41b000]                     50 MB ( 32d5000)
2 }! g: o" F: k6 L1 ~$ n) `5. [at 6d857000]                     30 MB ( 1e09000)
6. [at 6f66b000]                     21 MB ( 1595000)
7. [at 715c3000]                     20 MB ( 149d000)
; `$ @+ L  \3 v0 d! h$ @8. [at 7a038000]                     18 MB ( 12f8000)
1 y" m$ a' \! H  U2 O* l9. [at 739a6000]                     17 MB ( 114a000)
10. [at 70c41000]                      9 MB (  94f000)
======= ==========
, D- |& @7 b: q; c& [/ S* K( g, ^" Z2494 MB (9be3b000)

2. 采用PACK： 试了不管用

3. 条件允许的话采用64位系统：32位免谈

4. 采用3GB switch： 由于32位 Windows 操作系统的限制，每个进程只能使用最多 2GB 的虚拟内存地址空间，因此 Matlab 的可分配内存也受到相应的限制。Matlab 7.0.1 引进了新的内存管理机制，可以利用 Windows 的 3GB 开关，使用 3GB 开关启动的 Windows 每个进程可以在多分配 1 GB 的虚拟地址空间。我的笔记本是vista系统，台式机是XP系统。

1）对vista系统：Bcdedit 位于X:\Windows\system32\ "X:"为安装Vista的盘符，利用Bcdedit命令，可以自定义你的Vista启动管理项。使用命令: BCDEdit /set increaseuserva 3072 ，DOS界面显示操作成功，注意虚拟内存应设成大于3G，否则内存分配<3G。可在matlab里使用 system_dependent memstats或feature('memstats')命令查询。

2）对XP：右键单击我的电脑--->>属性--->>高级--->>启动和故障修复--->>设置--->>编辑--->>将最后一行multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS="Microsoft Windows XP Professional" 复制，在下一行粘贴，并将粘贴一行改为： multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS="Microsoft Windows XP Professional with 3GB switche" /3gb --->>存储--->>确定--->>重新启动计算机--->>在显示选择操作系统时，选择带有 3GB switche的一项--->>打开matlab。可是我设置完重启计算机，选择3GB switche的一项时，显示lsass.exe 应用程序错误，无法登陆！看来我的XP系统不支持3GB switche模式登录，因此matlab的可用虚拟内存不会超过2G。

5. 优化程序，减少变量

6. 如果必有必要，不要启动java虚拟机，采用matlab -nojvm启动

# t" I( y6 s2 q7 r' a7. 关闭Matlab Server

0 y9 ^0 s; a* j

, J- m1 H) O, R7 G5 v
- B; i. w$ {& V: A

℡oメ心情浪子o

madio 发表于 2013-10-3 18:16
4 e8 c4 i' }6 G2 E$ a, ?2 ]$ q( l" v转一篇别人写的过于内存溢出问题的文章，里面介绍了一些基本的方法。
( |& ]! \, [+ E6 o& Q. XMATLAB程序碰到OUT OF MEMORY的问题m ...

十分谢谢。。