与大稀疏矩阵的计算有关的内存错误问题

℡oメ心情浪子o

    从文件导入数据建立一个大于10000*5000的稀疏矩阵，然后用corrcoef()计算相关系数时，刚开始就不能跑起来，直接显示 out of memort，后来通过开启3G模式之后可以跑起来，但是跑了大概40分分钟之后显示相同的错误，错误信息如下：
8 @; W" }: [8 z5 ?+ m' ?. zaaa=corrcoef(B)
Error using  ./
Out of memory. Type HELP MEMORY for your options.

5 j' I! i' S' K. B
Error in cov (line 97)
6 i) l) ?7 i" e    xy = (xc' * xc) / (m-1);
$ H, S3 W  p* W; n
5 k6 O6 @) B0 b9 ~
1 A' ^7 ~  T6 j1 V+ ^. B9 tError in corrcoef>correl (line 209)
5 g$ y% w4 ^7 E" H6 S8 Cr = cov(x);


( L" R8 l9 [. e) oError in corrcoef (line 92)
   r = correl(x);
# p+ Y$ ]6 i. L4 _7 u6 a( \怎么破，求大神！

madio

这个问题我觉得既然3G模式可以跑起来，说明这个矩阵可以放进去了，但是跑了一段时间出现内存不足，说明中间变量过多了，我建议你不要用这个函数来求相关系数矩阵，毕竟这个相关系数矩阵数学上的算法很明确，你编一个循环程序来计算，每次只调用两个向量，用完了这个空间就被下一组向量占用，这样会省很大的空间。不要只依赖函数

madio

转一篇别人写的过于内存溢出问题的文章，里面介绍了一些基本的方法。
6 ?) w% d' P6 q1 l+ _MATLAB程序碰到OUT OF MEMORY的问题

matlab程序碰到out of memory的问题真是让人崩溃的一件事情，程序是别人的，不能做大的改动，只能想办法增加内存。别人总结的可用的方法有：

1. 增加虚拟内存：右击我的电脑—属性--高级--性能设置--高级--虚拟内存更改，按自己电脑的硬盘在自定义大小里设置数字，然后再按设置-确定，然后重启。否则更改无效。

对XP，我发现即使增大虚拟内存到4G, matlab可用虚拟内存仍只有2G。仍然out of memory.
& m6 h( C" G7 Y" q, C

>> feature('memstats')
# k6 V! h% z2 e1 @# D, Z! rPhysical Memory (RAM):
In Use:                              611 MB (26364000)
5 [0 e8 |+ i2 mFree:                               1428 MB (59418000)
2 M6 E+ Q. D5 tTotal:                              2039 MB (7f77c000)
Page File (Swap space):
In Use:                              470 MB (1d628000)
Free:                               4481 MB (118156000)
( ]5 T' a" O# x' WTotal:                              4951 MB (13577e000)
/ B+ K- q. {: bVirtual Memory (Address Space):
In Use:                              400 MB (190d3000)
Free:                               1647 MB (66f0d000)
4 z' h6 @# b: G" K0 R4 R* Y) LTotal:                              2047 MB (7ffe0000)
% Z9 a$ y, O+ BLargest Contiguous Free Blocks:
$ w! V% n* P( ~' k8 L/ R) ~1. [at 20017000]                    675 MB (2a3f9000)
/ L) i$ f1 v# j/ q  r2. [at 4b033000]                    253 MB ( fd8d000)
5 b. ~" _0 B$ ^3 K3. [at 18010000]                    127 MB ( 7ff0000)
4. [at 68ff7000]                     64 MB ( 4009000)
5. [at 6d7c5000]                     56 MB ( 389b000)
6. [at 62c29000]                     50 MB ( 3207000)
7. [at  d330000]                     44 MB ( 2ca0000)
; F$ \5 [: L: x  S5 F  t$ r, h5 I8. [at 663dd000]                     41 MB ( 2983000)
9. [at 60809000]                     36 MB ( 2417000)
; Z- x; }6 r# ~10. [at 5adf7000]                     35 MB ( 2379000)
0 i3 g! e( i+ D4 ?5 {/ k+ g* `6 R======= ==========
1385 MB (569d4000)

对Vista系统，可能是因为我在第四步设置了命令3GB switche：可用最大虚拟内存是3G

>> feature('memstats')

Physical Memory (RAM):
6 D3 ^( ~+ ~4 @: N9 y8 z4 a1 s1 jIn Use:                             1082 MB (43a3a000)
  a& H0 D5 a$ y* J8 d0 S7 f0 j# ?Free:                               1467 MB (5bb96000)
Total:                              2549 MB (9f5d0000)
Page File (Swap space):
In Use:                             1227 MB (4cbe3000)
; o  B, \5 ?+ L" o9 [Free:                               5315 MB (14c36e000)
0 b& b& X; a  [* XTotal:                              6543 MB (198f51000)
: C7 t# Y) V4 H3 U: [' r$ M& S" FVirtual Memory (Address Space):
0 x# h+ w! M' Z  H7 aIn Use:                              501 MB (1f5bf000)
Free:                               2570 MB (a0a21000)
: {, q/ o/ `3 DTotal:                              3071 MB (bffe0000)
, p* r7 p/ c  g0 N. G; E$ nLargest Contiguous Free Blocks:
2 @$ Y, i6 i. a6 H" f1. [at 1b010000]                   1074 MB (432d0000)
2. [at 7fff0000]                   1023 MB (3ff9c000)
- E% Z/ K! [4 e3. [at 5e302000]                    227 MB ( e32e000)
4. [at 7c41b000]                     50 MB ( 32d5000)
5. [at 6d857000]                     30 MB ( 1e09000)
6. [at 6f66b000]                     21 MB ( 1595000)
5 E7 C9 z: n8 D! @5 _* s3 P1 y# _( F7. [at 715c3000]                     20 MB ( 149d000)
8. [at 7a038000]                     18 MB ( 12f8000)
9. [at 739a6000]                     17 MB ( 114a000)
( D1 y" y$ K0 c8 H! z* T10. [at 70c41000]                      9 MB (  94f000)
% U" T0 D0 h) R======= ==========
2494 MB (9be3b000)

2. 采用PACK： 试了不管用

3. 条件允许的话采用64位系统：32位免谈

4. 采用3GB switch： 由于32位 Windows 操作系统的限制，每个进程只能使用最多 2GB 的虚拟内存地址空间，因此 Matlab 的可分配内存也受到相应的限制。Matlab 7.0.1 引进了新的内存管理机制，可以利用 Windows 的 3GB 开关，使用 3GB 开关启动的 Windows 每个进程可以在多分配 1 GB 的虚拟地址空间。我的笔记本是vista系统，台式机是XP系统。

1）对vista系统：Bcdedit 位于X:\Windows\system32\ "X:"为安装Vista的盘符，利用Bcdedit命令，可以自定义你的Vista启动管理项。使用命令: BCDEdit /set increaseuserva 3072 ，DOS界面显示操作成功，注意虚拟内存应设成大于3G，否则内存分配<3G。可在matlab里使用 system_dependent memstats或feature('memstats')命令查询。

2）对XP：右键单击我的电脑--->>属性--->>高级--->>启动和故障修复--->>设置--->>编辑--->>将最后一行multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS="Microsoft Windows XP Professional" 复制，在下一行粘贴，并将粘贴一行改为： multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS="Microsoft Windows XP Professional with 3GB switche" /3gb --->>存储--->>确定--->>重新启动计算机--->>在显示选择操作系统时，选择带有 3GB switche的一项--->>打开matlab。可是我设置完重启计算机，选择3GB switche的一项时，显示lsass.exe 应用程序错误，无法登陆！看来我的XP系统不支持3GB switche模式登录，因此matlab的可用虚拟内存不会超过2G。

& A* S, y2 @; A3 i% a& C: Y* Y5. 优化程序，减少变量

& H, c# n  m5 y8 O8 \6. 如果必有必要，不要启动java虚拟机，采用matlab -nojvm启动

7. 关闭Matlab Server

8 Q4 _+ c- H2 U
4 b. e& p* [6 ~* q+ d' G
, w2 q) }3 F- E

℡oメ心情浪子o

madio 发表于 2013-10-3 18:16
* I* m7 Y  x) A# m% r0 q* |转一篇别人写的过于内存溢出问题的文章，里面介绍了一些基本的方法。
5 g; E( {- z# k. LMATLAB程序碰到OUT OF MEMORY的问题m ...

十分谢谢。。