关于泊松的问题（生物信息学的一个问题扩展）

chuchumaolu

实际问题是这样的：
在实际基因组测序过程中，我们想从测序的reads的数据情况中了解生物的基因组的大小（未知）？

3 ^+ D& _" N; u' ~5 }  x概念解释：
3 p$ K/ L% B8 R- _8 d' i- N$ |; ]$ Qreads：为了知道生物基因组的DNA序列情况，把生物基因组的DNA打断为小的片段，测定每个片段的DNA序列情况，每次测定反应得到的数据叫：reads
测序深度：测序的reads的总大小 /基因组大小，叫测序深度

: n6 t- o: b( [7 K之前，生物信息估计基因组大小的方法
& H; J/ `% ?7 a2 r* r6 B( D我的实验过程是这样的

/ G2 {1 x* h! t( N1、在一个长度为G的大小的字符串中（DNA序列），从头至尾按一定长度去字符串（叫做K-mer）。例如：ATCT,取3-kmer为：ATC,TCT
$ ~! T' B; r4 D+ A+ O" L; R; i$ V  i2、统计相同K-mer出现的次数（叫K-mer的深度）
3、统计相同深度出现的次数（叫深度的频数）
' ~* N- z' Y5 k4、作深度与深度的频数的图
% \% _( e) o6 T4 |  ^
( U3 j( ]5 g$ n* q4 ~$ l# Q1 W假设：K-mer的深度与深度的频数图服从泊松分布，可以得到：位置基因组大小=K-mer的个数/K-mer的期望深度（叫peak值）

6 ~: q: s1 Y, ]( n4 s我的问题：
在一个基因组中存在相同的区域，按照上面的做法得到的深度与深度的频数的图，会出现两个峰，其深度关系成2倍关系。
那么，
# ^) ?( o0 U" ^- B% F1、这样的图是符合什么数学公式了？
2、能否区分出基因组中重复的区域？
; H' @7 ]2 L; F5 P
另一个问题，在基因组测序中，由于样品不纯存在污染（混合有其他生物的基因组），做深度与深度的频数的图，也会出现两个峰。
那么，
3 v5 U) E& H: M/ M5 r1、这个可以用数学公式表示吗？
2、能否区分出污染的数据？

第三个问题，泊松公式能否像三角函数一样，成叠加的性质，（sinx+cosx）
" E% I' A6 z! c0 @+ \+ r- Z4 w+ C

自我介绍
+ a- Q* I& v* b) ]$ Y! B我是学生物的，现在做基因组测序工作，在我们的实际工作中，我们经常要计算位置基因组大小，但是我们做的图都不是标准的泊松分布图，所以按照上面公式估计出的大小有很多偏差；而且在实际工作中，经常会遇到杂合和污染的情况；对我们的估计影响也很大。所以希望从数据上得到一些处理。

希望得到数学同志们的帮助，
我的邮箱是：jingyc01@163.com，qq是51178182


3 q+ V7 H; n# I3 G# w
2 }2 J; ~# s& u

matdrchen

我来了~~~~~~~~~ 闪人~~~~~~~~~~~~~~~~  

Agnes2_3_4_5_6

a~帮顶~先~！！

yjh2010

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madiostudy

强人，佩服死了。呵呵，不错啊

chuchumaolu

求高人指点，难道中国真的没有搞数学的

china_chinese

楼主，你写得实在是太好了。我惟一能做的，就只有把这个帖子顶上去这件事了

class77787

顶顶更健康，越顶吃的越香。

wenfeng018

我要把这个帖子一直往上顶，往上顶！

poipoi

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