与大稀疏矩阵的计算有关的内存错误问题

℡oメ心情浪子o

    从文件导入数据建立一个大于10000*5000的稀疏矩阵，然后用corrcoef()计算相关系数时，刚开始就不能跑起来，直接显示 out of memort，后来通过开启3G模式之后可以跑起来，但是跑了大概40分分钟之后显示相同的错误，错误信息如下：
aaa=corrcoef(B)
Error using  ./
Out of memory. Type HELP MEMORY for your options.
4 x4 D" F4 E3 Z* G# l

Error in cov (line 97)
& P0 X: z9 M! f* l    xy = (xc' * xc) / (m-1);

  N1 h% o- W2 N) i5 N. q8 I6 p$ e
! M3 H7 k% |% `4 ~" O. [6 o9 KError in corrcoef>correl (line 209)
r = cov(x);

% m- f( Q* n: g/ |8 m2 {4 S- F
Error in corrcoef (line 92)
( p4 }; R7 m+ b) E% g   r = correl(x);
怎么破，求大神！
3 L5 `, U/ l! x$ T% l2 t- C

madio

这个问题我觉得既然3G模式可以跑起来，说明这个矩阵可以放进去了，但是跑了一段时间出现内存不足，说明中间变量过多了，我建议你不要用这个函数来求相关系数矩阵，毕竟这个相关系数矩阵数学上的算法很明确，你编一个循环程序来计算，每次只调用两个向量，用完了这个空间就被下一组向量占用，这样会省很大的空间。不要只依赖函数

madio

转一篇别人写的过于内存溢出问题的文章，里面介绍了一些基本的方法。
MATLAB程序碰到OUT OF MEMORY的问题

matlab程序碰到out of memory的问题真是让人崩溃的一件事情，程序是别人的，不能做大的改动，只能想办法增加内存。别人总结的可用的方法有：

1. 增加虚拟内存：右击我的电脑—属性--高级--性能设置--高级--虚拟内存更改，按自己电脑的硬盘在自定义大小里设置数字，然后再按设置-确定，然后重启。否则更改无效。

对XP，我发现即使增大虚拟内存到4G, matlab可用虚拟内存仍只有2G。仍然out of memory.
+ D( @" u8 w# o/ {

>> feature('memstats')
" }% Y5 \) {: \5 C6 O& d1 E* EPhysical Memory (RAM):
0 U8 a3 J7 K1 R$ iIn Use:                              611 MB (26364000)
8 o4 a3 G+ s; C- a6 y6 xFree:                               1428 MB (59418000)
Total:                              2039 MB (7f77c000)
6 D+ ]- ]0 d: M. aPage File (Swap space):
In Use:                              470 MB (1d628000)
$ \  S. B! K. S' `  `Free:                               4481 MB (118156000)
$ q0 x& A9 O3 r7 v. aTotal:                              4951 MB (13577e000)
4 i' g" i1 c2 O/ e' [Virtual Memory (Address Space):
In Use:                              400 MB (190d3000)
Free:                               1647 MB (66f0d000)
Total:                              2047 MB (7ffe0000)
; [% L& T' f- A" gLargest Contiguous Free Blocks:
1. [at 20017000]                    675 MB (2a3f9000)
2. [at 4b033000]                    253 MB ( fd8d000)
3. [at 18010000]                    127 MB ( 7ff0000)
4. [at 68ff7000]                     64 MB ( 4009000)
5. [at 6d7c5000]                     56 MB ( 389b000)
. l: S0 M* B9 \+ E+ a# @6. [at 62c29000]                     50 MB ( 3207000)
, m- @* H" Q8 ^3 i! G2 f7. [at  d330000]                     44 MB ( 2ca0000)
) `( S  x7 V( i. b8. [at 663dd000]                     41 MB ( 2983000)
2 b  \7 \0 X. m9. [at 60809000]                     36 MB ( 2417000)
10. [at 5adf7000]                     35 MB ( 2379000)
2 ]( b  @* @* K; J6 ^# n======= ==========
1385 MB (569d4000)

对Vista系统，可能是因为我在第四步设置了命令3GB switche：可用最大虚拟内存是3G

>> feature('memstats')
; w$ Q3 i& ~$ i
+ e7 ~' ^, b' G$ r0 Z6 m* `4 @Physical Memory (RAM):
1 O) p7 Z; D8 P0 u6 c/ yIn Use:                             1082 MB (43a3a000)
Free:                               1467 MB (5bb96000)
Total:                              2549 MB (9f5d0000)
Page File (Swap space):
0 s+ r/ ~& C" E+ f( J* l8 E; eIn Use:                             1227 MB (4cbe3000)
Free:                               5315 MB (14c36e000)
Total:                              6543 MB (198f51000)
Virtual Memory (Address Space):
In Use:                              501 MB (1f5bf000)
Free:                               2570 MB (a0a21000)
; K$ z: D( x  {: s+ {) bTotal:                              3071 MB (bffe0000)
. f! \0 B  h+ Y+ e" VLargest Contiguous Free Blocks:
1. [at 1b010000]                   1074 MB (432d0000)
( Q; Q3 f+ k. ?# {& |% [2. [at 7fff0000]                   1023 MB (3ff9c000)
* L7 G2 U1 @0 P3. [at 5e302000]                    227 MB ( e32e000)
0 z# ?  `- N) N# e1 g! o4. [at 7c41b000]                     50 MB ( 32d5000)
* _; q0 u& i: ^+ M% [5. [at 6d857000]                     30 MB ( 1e09000)
6. [at 6f66b000]                     21 MB ( 1595000)
7. [at 715c3000]                     20 MB ( 149d000)
8. [at 7a038000]                     18 MB ( 12f8000)
9. [at 739a6000]                     17 MB ( 114a000)
10. [at 70c41000]                      9 MB (  94f000)
6 {! u3 A2 w% p. O8 O$ X, K======= ==========
# A8 Q9 E1 C* I& m# W+ t2494 MB (9be3b000)

2. 采用PACK： 试了不管用

- G6 J( E$ @9 {* G9 S  i: C8 K$ p3. 条件允许的话采用64位系统：32位免谈

% A3 ^, K7 k0 j4. 采用3GB switch： 由于32位 Windows 操作系统的限制，每个进程只能使用最多 2GB 的虚拟内存地址空间，因此 Matlab 的可分配内存也受到相应的限制。Matlab 7.0.1 引进了新的内存管理机制，可以利用 Windows 的 3GB 开关，使用 3GB 开关启动的 Windows 每个进程可以在多分配 1 GB 的虚拟地址空间。我的笔记本是vista系统，台式机是XP系统。

1）对vista系统：Bcdedit 位于X:\Windows\system32\ "X:"为安装Vista的盘符，利用Bcdedit命令，可以自定义你的Vista启动管理项。使用命令: BCDEdit /set increaseuserva 3072 ，DOS界面显示操作成功，注意虚拟内存应设成大于3G，否则内存分配<3G。可在matlab里使用 system_dependent memstats或feature('memstats')命令查询。

2）对XP：右键单击我的电脑--->>属性--->>高级--->>启动和故障修复--->>设置--->>编辑--->>将最后一行multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS="Microsoft Windows XP Professional" 复制，在下一行粘贴，并将粘贴一行改为： multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS="Microsoft Windows XP Professional with 3GB switche" /3gb --->>存储--->>确定--->>重新启动计算机--->>在显示选择操作系统时，选择带有 3GB switche的一项--->>打开matlab。可是我设置完重启计算机，选择3GB switche的一项时，显示lsass.exe 应用程序错误，无法登陆！看来我的XP系统不支持3GB switche模式登录，因此matlab的可用虚拟内存不会超过2G。

5. 优化程序，减少变量

/ ~9 Z. ~$ A( a$ ~2 h8 K6. 如果必有必要，不要启动java虚拟机，采用matlab -nojvm启动

7 f; ^* v* z, |; U% F1 g( B* j7. 关闭Matlab Server

9 J' |$ D* R% J% U+ S; l2 T% i& ?
3 ^' E0 b- I& K, J- h

/ b" {$ k% \: \* ~- b  d

℡oメ心情浪子o

madio 发表于 2013-10-3 18:16
转一篇别人写的过于内存溢出问题的文章，里面介绍了一些基本的方法。
; g) u( o& y$ [! JMATLAB程序碰到OUT OF MEMORY的问题m ...

- ^' T9 i: J% E3 F; e9 N" E4 C十分谢谢。。