与大稀疏矩阵的计算有关的内存错误问题

℡oメ心情浪子o

    从文件导入数据建立一个大于10000*5000的稀疏矩阵，然后用corrcoef()计算相关系数时，刚开始就不能跑起来，直接显示 out of memort，后来通过开启3G模式之后可以跑起来，但是跑了大概40分分钟之后显示相同的错误，错误信息如下：
aaa=corrcoef(B)
# q+ O3 D- z. g' wError using  ./
% [" Z9 Z& Z' v6 HOut of memory. Type HELP MEMORY for your options.


6 s3 ]* ?1 L0 I, b, c9 rError in cov (line 97)
    xy = (xc' * xc) / (m-1);

1 {3 ?& v3 H9 @# l
( N2 T, L/ K- `$ r+ O0 Y- X0 aError in corrcoef>correl (line 209)
7 Q; V. t: b5 ?' Q  A6 n( cr = cov(x);

+ S* t! |3 u. q
Error in corrcoef (line 92)
   r = correl(x);
怎么破，求大神！

madio

这个问题我觉得既然3G模式可以跑起来，说明这个矩阵可以放进去了，但是跑了一段时间出现内存不足，说明中间变量过多了，我建议你不要用这个函数来求相关系数矩阵，毕竟这个相关系数矩阵数学上的算法很明确，你编一个循环程序来计算，每次只调用两个向量，用完了这个空间就被下一组向量占用，这样会省很大的空间。不要只依赖函数

madio

转一篇别人写的过于内存溢出问题的文章，里面介绍了一些基本的方法。
3 T5 S1 k* e- t+ V$ z8 {MATLAB程序碰到OUT OF MEMORY的问题

matlab程序碰到out of memory的问题真是让人崩溃的一件事情，程序是别人的，不能做大的改动，只能想办法增加内存。别人总结的可用的方法有：

1. 增加虚拟内存：右击我的电脑—属性--高级--性能设置--高级--虚拟内存更改，按自己电脑的硬盘在自定义大小里设置数字，然后再按设置-确定，然后重启。否则更改无效。

对XP，我发现即使增大虚拟内存到4G, matlab可用虚拟内存仍只有2G。仍然out of memory.

>> feature('memstats')
3 _5 L3 {" `2 D; y4 e# J3 CPhysical Memory (RAM):
In Use:                              611 MB (26364000)
Free:                               1428 MB (59418000)
Total:                              2039 MB (7f77c000)
4 C9 q) F  j# a4 Z" sPage File (Swap space):
4 s; _8 N  }* K7 E2 MIn Use:                              470 MB (1d628000)
8 ]# M4 Q, j8 R1 WFree:                               4481 MB (118156000)
Total:                              4951 MB (13577e000)
Virtual Memory (Address Space):
* x3 D5 Q) p8 `& L# GIn Use:                              400 MB (190d3000)
Free:                               1647 MB (66f0d000)
Total:                              2047 MB (7ffe0000)
/ D0 q, `: p+ S. Z; ]/ V. i; bLargest Contiguous Free Blocks:
% _/ S/ U/ h1 S8 l1. [at 20017000]                    675 MB (2a3f9000)
2. [at 4b033000]                    253 MB ( fd8d000)
3. [at 18010000]                    127 MB ( 7ff0000)
1 R$ E0 l$ P. x9 ~) [2 K4 O4. [at 68ff7000]                     64 MB ( 4009000)
5. [at 6d7c5000]                     56 MB ( 389b000)
6. [at 62c29000]                     50 MB ( 3207000)
1 f2 e5 R) D" K* S- T/ p" Z7. [at  d330000]                     44 MB ( 2ca0000)
' Y4 ]+ t2 F: z3 t' ]! h8. [at 663dd000]                     41 MB ( 2983000)
6 E+ X1 s2 V3 I9. [at 60809000]                     36 MB ( 2417000)
1 I5 o2 L8 k/ S10. [at 5adf7000]                     35 MB ( 2379000)
; \4 O+ w# q. v) L# a======= ==========
1385 MB (569d4000)

对Vista系统，可能是因为我在第四步设置了命令3GB switche：可用最大虚拟内存是3G

>> feature('memstats')

9 c, h1 _) F2 a' qPhysical Memory (RAM):
, {! s' j9 h6 u: _0 H1 ?In Use:                             1082 MB (43a3a000)
8 {% v2 `2 Y" y$ kFree:                               1467 MB (5bb96000)
Total:                              2549 MB (9f5d0000)
Page File (Swap space):
In Use:                             1227 MB (4cbe3000)
Free:                               5315 MB (14c36e000)
) g% E8 b8 G+ u: K5 S$ h0 ]4 BTotal:                              6543 MB (198f51000)
Virtual Memory (Address Space):
0 e$ `# V4 n- @# nIn Use:                              501 MB (1f5bf000)
" C$ H- `- R2 Y5 k% _- m" G$ n: hFree:                               2570 MB (a0a21000)
/ a7 v* \$ ]' G3 H+ c$ \Total:                              3071 MB (bffe0000)
  D( ?: K; _; |4 I4 iLargest Contiguous Free Blocks:
1. [at 1b010000]                   1074 MB (432d0000)
2. [at 7fff0000]                   1023 MB (3ff9c000)
6 q. d: G- r$ Z# V# U3. [at 5e302000]                    227 MB ( e32e000)
) [& [7 T  t2 I- M* R4. [at 7c41b000]                     50 MB ( 32d5000)
& [( B3 M1 I( Z: J9 V% n5. [at 6d857000]                     30 MB ( 1e09000)
6. [at 6f66b000]                     21 MB ( 1595000)
5 o' ?3 I$ l5 S& Z: W/ m7. [at 715c3000]                     20 MB ( 149d000)
5 p7 \8 j( I6 Z3 q$ Q9 M- \1 e8. [at 7a038000]                     18 MB ( 12f8000)
9. [at 739a6000]                     17 MB ( 114a000)
8 \3 O" V( B2 w- h. M0 M2 F10. [at 70c41000]                      9 MB (  94f000)
======= ==========
* d/ ?! S+ [9 `) v2494 MB (9be3b000)

2. 采用PACK： 试了不管用

3. 条件允许的话采用64位系统：32位免谈

( \$ |* Q2 X( n+ s: j4. 采用3GB switch： 由于32位 Windows 操作系统的限制，每个进程只能使用最多 2GB 的虚拟内存地址空间，因此 Matlab 的可分配内存也受到相应的限制。Matlab 7.0.1 引进了新的内存管理机制，可以利用 Windows 的 3GB 开关，使用 3GB 开关启动的 Windows 每个进程可以在多分配 1 GB 的虚拟地址空间。我的笔记本是vista系统，台式机是XP系统。

1）对vista系统：Bcdedit 位于X:\Windows\system32\ "X:"为安装Vista的盘符，利用Bcdedit命令，可以自定义你的Vista启动管理项。使用命令: BCDEdit /set increaseuserva 3072 ，DOS界面显示操作成功，注意虚拟内存应设成大于3G，否则内存分配<3G。可在matlab里使用 system_dependent memstats或feature('memstats')命令查询。

2）对XP：右键单击我的电脑--->>属性--->>高级--->>启动和故障修复--->>设置--->>编辑--->>将最后一行multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS="Microsoft Windows XP Professional" 复制，在下一行粘贴，并将粘贴一行改为： multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS="Microsoft Windows XP Professional with 3GB switche" /3gb --->>存储--->>确定--->>重新启动计算机--->>在显示选择操作系统时，选择带有 3GB switche的一项--->>打开matlab。可是我设置完重启计算机，选择3GB switche的一项时，显示lsass.exe 应用程序错误，无法登陆！看来我的XP系统不支持3GB switche模式登录，因此matlab的可用虚拟内存不会超过2G。

5. 优化程序，减少变量

6. 如果必有必要，不要启动java虚拟机，采用matlab -nojvm启动

9 C  C: S2 R9 s+ j3 q* V7. 关闭Matlab Server

0 O# q4 U' q: Y4 ?* }8 _

℡oメ心情浪子o

madio 发表于 2013-10-3 18:16
转一篇别人写的过于内存溢出问题的文章，里面介绍了一些基本的方法。
* V5 G% M* S2 E( [5 b3 {) CMATLAB程序碰到OUT OF MEMORY的问题m ...

' }' j8 d4 R6 L6 b8 p" U' Y* [十分谢谢。。