与大稀疏矩阵的计算有关的内存错误问题

℡oメ心情浪子o

    从文件导入数据建立一个大于10000*5000的稀疏矩阵，然后用corrcoef()计算相关系数时，刚开始就不能跑起来，直接显示 out of memort，后来通过开启3G模式之后可以跑起来，但是跑了大概40分分钟之后显示相同的错误，错误信息如下：
, f: X/ f* [. P6 e6 f# ?aaa=corrcoef(B)
+ }) E3 {# n  G2 M" _Error using  ./
Out of memory. Type HELP MEMORY for your options.
& P7 n/ Q  R% A' ~7 K8 }% ~* G6 x

Error in cov (line 97)
" f7 [, m" a; m% S# a3 }    xy = (xc' * xc) / (m-1);


. w, w; m- g0 @/ z- k7 KError in corrcoef>correl (line 209)
# T+ l" m$ z+ d, W: N: Ir = cov(x);


Error in corrcoef (line 92)
: i, ~  f5 H: H7 ^: T7 i   r = correl(x);
怎么破，求大神！

madio

这个问题我觉得既然3G模式可以跑起来，说明这个矩阵可以放进去了，但是跑了一段时间出现内存不足，说明中间变量过多了，我建议你不要用这个函数来求相关系数矩阵，毕竟这个相关系数矩阵数学上的算法很明确，你编一个循环程序来计算，每次只调用两个向量，用完了这个空间就被下一组向量占用，这样会省很大的空间。不要只依赖函数

madio

转一篇别人写的过于内存溢出问题的文章，里面介绍了一些基本的方法。
4 G( [# v0 Y# `* k  FMATLAB程序碰到OUT OF MEMORY的问题

matlab程序碰到out of memory的问题真是让人崩溃的一件事情，程序是别人的，不能做大的改动，只能想办法增加内存。别人总结的可用的方法有：

1. 增加虚拟内存：右击我的电脑—属性--高级--性能设置--高级--虚拟内存更改，按自己电脑的硬盘在自定义大小里设置数字，然后再按设置-确定，然后重启。否则更改无效。

对XP，我发现即使增大虚拟内存到4G, matlab可用虚拟内存仍只有2G。仍然out of memory.
3 E2 R7 b3 g8 u0 K0 G) K  S$ R' s, K

>> feature('memstats')
Physical Memory (RAM):
In Use:                              611 MB (26364000)
4 ^, Q4 ^# F! Y5 DFree:                               1428 MB (59418000)
) ?8 G" @* z: r7 w) t- B/ HTotal:                              2039 MB (7f77c000)
% G1 J( o. X/ R+ YPage File (Swap space):
; |; s2 e  U+ x; n: P7 sIn Use:                              470 MB (1d628000)
8 _. {2 h2 M! m1 d7 k6 ~Free:                               4481 MB (118156000)
Total:                              4951 MB (13577e000)
, j/ i2 a0 |' d$ IVirtual Memory (Address Space):
2 T, P! z9 H( |In Use:                              400 MB (190d3000)
) b& T. k  t' f+ z& N2 g) U7 `# S# pFree:                               1647 MB (66f0d000)
/ M" @2 w% G; `! h% n3 UTotal:                              2047 MB (7ffe0000)
Largest Contiguous Free Blocks:
1. [at 20017000]                    675 MB (2a3f9000)
3 `8 @. q0 \6 \( f( W) J# X0 o: A' u2. [at 4b033000]                    253 MB ( fd8d000)
3. [at 18010000]                    127 MB ( 7ff0000)
4. [at 68ff7000]                     64 MB ( 4009000)
5. [at 6d7c5000]                     56 MB ( 389b000)
6. [at 62c29000]                     50 MB ( 3207000)
7. [at  d330000]                     44 MB ( 2ca0000)
8. [at 663dd000]                     41 MB ( 2983000)
' k3 p3 ]- f  y- [6 }" \1 r# X; w9. [at 60809000]                     36 MB ( 2417000)
10. [at 5adf7000]                     35 MB ( 2379000)
" G+ f+ n9 }4 L! I======= ==========
4 u& v, `6 l5 M$ S! [) L1385 MB (569d4000)

对Vista系统，可能是因为我在第四步设置了命令3GB switche：可用最大虚拟内存是3G

>> feature('memstats')
! Z; F( X4 ^* J
Physical Memory (RAM):
In Use:                             1082 MB (43a3a000)
7 F( B/ S9 r" ~/ ZFree:                               1467 MB (5bb96000)
$ }  j& z5 _9 J9 b& lTotal:                              2549 MB (9f5d0000)
Page File (Swap space):
; _. f/ F  p' q$ \/ q6 i  QIn Use:                             1227 MB (4cbe3000)
% I8 d; O" L/ ?Free:                               5315 MB (14c36e000)
Total:                              6543 MB (198f51000)
( R8 c' m. C, z. c/ N# iVirtual Memory (Address Space):
% K7 C7 l# E: p& |( L9 `In Use:                              501 MB (1f5bf000)
Free:                               2570 MB (a0a21000)
# `9 y/ C4 E  E& e: dTotal:                              3071 MB (bffe0000)
Largest Contiguous Free Blocks:
5 p/ M  ~9 m8 z( Q) G' a. ?1. [at 1b010000]                   1074 MB (432d0000)
8 X; D% w) @0 d+ N- Q2. [at 7fff0000]                   1023 MB (3ff9c000)
3. [at 5e302000]                    227 MB ( e32e000)
8 D+ }1 M9 T3 G* v  Z0 k( |4. [at 7c41b000]                     50 MB ( 32d5000)
5. [at 6d857000]                     30 MB ( 1e09000)
6. [at 6f66b000]                     21 MB ( 1595000)
! }; k( Q. U' O* l4 P7. [at 715c3000]                     20 MB ( 149d000)
8. [at 7a038000]                     18 MB ( 12f8000)
* W! E7 f* K3 i9. [at 739a6000]                     17 MB ( 114a000)
+ V; t/ Z; O; n/ r9 H  H10. [at 70c41000]                      9 MB (  94f000)
0 ]& P' [2 I2 w3 A) n+ B  L======= ==========
" N, N2 t, }! N. X) }4 n2494 MB (9be3b000)

2. 采用PACK： 试了不管用

3. 条件允许的话采用64位系统：32位免谈

4. 采用3GB switch： 由于32位 Windows 操作系统的限制，每个进程只能使用最多 2GB 的虚拟内存地址空间，因此 Matlab 的可分配内存也受到相应的限制。Matlab 7.0.1 引进了新的内存管理机制，可以利用 Windows 的 3GB 开关，使用 3GB 开关启动的 Windows 每个进程可以在多分配 1 GB 的虚拟地址空间。我的笔记本是vista系统，台式机是XP系统。

1）对vista系统：Bcdedit 位于X:\Windows\system32\ "X:"为安装Vista的盘符，利用Bcdedit命令，可以自定义你的Vista启动管理项。使用命令: BCDEdit /set increaseuserva 3072 ，DOS界面显示操作成功，注意虚拟内存应设成大于3G，否则内存分配<3G。可在matlab里使用 system_dependent memstats或feature('memstats')命令查询。

2）对XP：右键单击我的电脑--->>属性--->>高级--->>启动和故障修复--->>设置--->>编辑--->>将最后一行multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS="Microsoft Windows XP Professional" 复制，在下一行粘贴，并将粘贴一行改为： multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS="Microsoft Windows XP Professional with 3GB switche" /3gb --->>存储--->>确定--->>重新启动计算机--->>在显示选择操作系统时，选择带有 3GB switche的一项--->>打开matlab。可是我设置完重启计算机，选择3GB switche的一项时，显示lsass.exe 应用程序错误，无法登陆！看来我的XP系统不支持3GB switche模式登录，因此matlab的可用虚拟内存不会超过2G。

- o- \* B5 N0 c  r5. 优化程序，减少变量

2 [  B1 S, ?/ }6. 如果必有必要，不要启动java虚拟机，采用matlab -nojvm启动

7. 关闭Matlab Server

: \( ]) |" f- J  {" N
% e5 W0 r5 V- x4 E6 k

: l4 B+ a* x' P" ]8 z& J+ w, [

℡oメ心情浪子o

madio 发表于 2013-10-3 18:16
转一篇别人写的过于内存溢出问题的文章，里面介绍了一些基本的方法。
. r7 X. A( r+ k& jMATLAB程序碰到OUT OF MEMORY的问题m ...

$ o1 E  F' a) m1 t& J. v十分谢谢。。