与大稀疏矩阵的计算有关的内存错误问题

℡oメ心情浪子o

    从文件导入数据建立一个大于10000*5000的稀疏矩阵，然后用corrcoef()计算相关系数时，刚开始就不能跑起来，直接显示 out of memort，后来通过开启3G模式之后可以跑起来，但是跑了大概40分分钟之后显示相同的错误，错误信息如下：
0 m" `: D1 M+ [6 B* ^/ eaaa=corrcoef(B)
Error using  ./
. N5 `- z* A( A3 x3 u0 m( b8 J+ }Out of memory. Type HELP MEMORY for your options.

- l5 j( O+ l; {/ g, {4 I& {4 i
Error in cov (line 97)
6 b: }; L/ @- P    xy = (xc' * xc) / (m-1);


Error in corrcoef>correl (line 209)
) g7 t1 i% }& {" l$ T8 X& pr = cov(x);

( {3 C+ F3 A+ n0 U4 w! g9 h2 O, i
: o1 M- A' }" i2 `% K, IError in corrcoef (line 92)
% }: M3 y0 \/ T. I   r = correl(x);
  Y1 \" p* u9 Z5 h+ H怎么破，求大神！

℡oメ心情浪子o

madio 发表于 2013-10-3 18:16
  o3 V  m, N7 R6 c: _& z+ a" U转一篇别人写的过于内存溢出问题的文章，里面介绍了一些基本的方法。
0 [# e8 T' B9 u! Y! d. I" DMATLAB程序碰到OUT OF MEMORY的问题m ...

十分谢谢。。

madio

转一篇别人写的过于内存溢出问题的文章，里面介绍了一些基本的方法。
. j6 t7 c7 F' v5 k8 qMATLAB程序碰到OUT OF MEMORY的问题

matlab程序碰到out of memory的问题真是让人崩溃的一件事情，程序是别人的，不能做大的改动，只能想办法增加内存。别人总结的可用的方法有：

1. 增加虚拟内存：右击我的电脑—属性--高级--性能设置--高级--虚拟内存更改，按自己电脑的硬盘在自定义大小里设置数字，然后再按设置-确定，然后重启。否则更改无效。

对XP，我发现即使增大虚拟内存到4G, matlab可用虚拟内存仍只有2G。仍然out of memory.

>> feature('memstats')
Physical Memory (RAM):
" C$ J  a$ E  `+ XIn Use:                              611 MB (26364000)
" R+ }$ Y  U) r( j. kFree:                               1428 MB (59418000)
Total:                              2039 MB (7f77c000)
Page File (Swap space):
In Use:                              470 MB (1d628000)
- ?, Z5 K% j6 e7 S. Y" d% ?Free:                               4481 MB (118156000)
: E8 z$ m' T1 ]% `' Y9 v1 KTotal:                              4951 MB (13577e000)
0 V. K+ j, [7 f- cVirtual Memory (Address Space):
: K; H& s' L$ ?; e6 FIn Use:                              400 MB (190d3000)
Free:                               1647 MB (66f0d000)
Total:                              2047 MB (7ffe0000)
Largest Contiguous Free Blocks:
9 j) a8 t* M/ Z# g6 P9 ?1. [at 20017000]                    675 MB (2a3f9000)
2. [at 4b033000]                    253 MB ( fd8d000)
; k  p: A* R9 m7 s, S3. [at 18010000]                    127 MB ( 7ff0000)
4. [at 68ff7000]                     64 MB ( 4009000)
% `3 i2 S5 k5 Q$ A7 a) P+ S5. [at 6d7c5000]                     56 MB ( 389b000)
6. [at 62c29000]                     50 MB ( 3207000)
4 V! R7 B/ \# X4 X/ w( t6 ]; P7. [at  d330000]                     44 MB ( 2ca0000)
8. [at 663dd000]                     41 MB ( 2983000)
9. [at 60809000]                     36 MB ( 2417000)
10. [at 5adf7000]                     35 MB ( 2379000)
% _. K2 K4 ]7 s3 W, V5 u======= ==========
1385 MB (569d4000)

对Vista系统，可能是因为我在第四步设置了命令3GB switche：可用最大虚拟内存是3G

>> feature('memstats')
' F. w7 A8 W/ {6 A3 Y
1 q9 k) L- }. d; h+ q3 V+ A( w4 b& b9 RPhysical Memory (RAM):
In Use:                             1082 MB (43a3a000)
Free:                               1467 MB (5bb96000)
Total:                              2549 MB (9f5d0000)
: ?9 ~, l! E. l* b6 O' V' w9 r' O; JPage File (Swap space):
' b5 S: y/ Z! z/ q0 WIn Use:                             1227 MB (4cbe3000)
5 S, Y+ x+ C$ l5 l7 E# W2 p. nFree:                               5315 MB (14c36e000)
Total:                              6543 MB (198f51000)
+ Z' o1 j$ R) r- w4 BVirtual Memory (Address Space):
In Use:                              501 MB (1f5bf000)
Free:                               2570 MB (a0a21000)
Total:                              3071 MB (bffe0000)
4 |% d+ ^/ d: ^) U, dLargest Contiguous Free Blocks:
. ]1 j; r! ~' S& M/ T( Y1. [at 1b010000]                   1074 MB (432d0000)
5 \: H6 d# h1 t" _2. [at 7fff0000]                   1023 MB (3ff9c000)
* ^3 e) I* ]( O% U3 Q1 v3. [at 5e302000]                    227 MB ( e32e000)
' s3 |( k8 S! P) _" h8 S; r4. [at 7c41b000]                     50 MB ( 32d5000)
8 J: e/ Y! F0 x( j5. [at 6d857000]                     30 MB ( 1e09000)
6. [at 6f66b000]                     21 MB ( 1595000)
) N$ [8 h/ Y6 y5 {4 O: y7. [at 715c3000]                     20 MB ( 149d000)
/ m  o7 h4 R& E- L8. [at 7a038000]                     18 MB ( 12f8000)
9. [at 739a6000]                     17 MB ( 114a000)
10. [at 70c41000]                      9 MB (  94f000)
======= ==========
2494 MB (9be3b000)

2. 采用PACK： 试了不管用

1 X5 P4 T: k! i' V  ~3. 条件允许的话采用64位系统：32位免谈

4. 采用3GB switch： 由于32位 Windows 操作系统的限制，每个进程只能使用最多 2GB 的虚拟内存地址空间，因此 Matlab 的可分配内存也受到相应的限制。Matlab 7.0.1 引进了新的内存管理机制，可以利用 Windows 的 3GB 开关，使用 3GB 开关启动的 Windows 每个进程可以在多分配 1 GB 的虚拟地址空间。我的笔记本是vista系统，台式机是XP系统。

1）对vista系统：Bcdedit 位于X:\Windows\system32\ "X:"为安装Vista的盘符，利用Bcdedit命令，可以自定义你的Vista启动管理项。使用命令: BCDEdit /set increaseuserva 3072 ，DOS界面显示操作成功，注意虚拟内存应设成大于3G，否则内存分配<3G。可在matlab里使用 system_dependent memstats或feature('memstats')命令查询。

2）对XP：右键单击我的电脑--->>属性--->>高级--->>启动和故障修复--->>设置--->>编辑--->>将最后一行multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS="Microsoft Windows XP Professional" 复制，在下一行粘贴，并将粘贴一行改为： multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS="Microsoft Windows XP Professional with 3GB switche" /3gb --->>存储--->>确定--->>重新启动计算机--->>在显示选择操作系统时，选择带有 3GB switche的一项--->>打开matlab。可是我设置完重启计算机，选择3GB switche的一项时，显示lsass.exe 应用程序错误，无法登陆！看来我的XP系统不支持3GB switche模式登录，因此matlab的可用虚拟内存不会超过2G。

5. 优化程序，减少变量

9 s; _7 i$ t, y, S( \: T5 [6. 如果必有必要，不要启动java虚拟机，采用matlab -nojvm启动

8 v: _& S2 @5 H7. 关闭Matlab Server

2 s3 C! l6 J  p- \, C* A6 p) J$ U1 t) s

madio

这个问题我觉得既然3G模式可以跑起来，说明这个矩阵可以放进去了，但是跑了一段时间出现内存不足，说明中间变量过多了，我建议你不要用这个函数来求相关系数矩阵，毕竟这个相关系数矩阵数学上的算法很明确，你编一个循环程序来计算，每次只调用两个向量，用完了这个空间就被下一组向量占用，这样会省很大的空间。不要只依赖函数