与大稀疏矩阵的计算有关的内存错误问题

℡oメ心情浪子o

    从文件导入数据建立一个大于10000*5000的稀疏矩阵，然后用corrcoef()计算相关系数时，刚开始就不能跑起来，直接显示 out of memort，后来通过开启3G模式之后可以跑起来，但是跑了大概40分分钟之后显示相同的错误，错误信息如下：
& h2 ?/ K: z2 c2 x: |5 [aaa=corrcoef(B)
. \8 s3 n$ b/ pError using  ./
1 _& x, c. D# o; O6 lOut of memory. Type HELP MEMORY for your options.
: X4 b: V8 F$ Y- e; P: N

Error in cov (line 97)
% S& J& l8 [" J    xy = (xc' * xc) / (m-1);
: F& R4 K3 i. j* R0 ?6 `* q
3 T+ \2 A6 v! c' `
3 j+ S0 o6 ?" P7 A( QError in corrcoef>correl (line 209)
r = cov(x);


5 U6 S5 k; i8 @8 |Error in corrcoef (line 92)
   r = correl(x);
怎么破，求大神！

℡oメ心情浪子o

madio 发表于 2013-10-3 18:16
转一篇别人写的过于内存溢出问题的文章，里面介绍了一些基本的方法。
MATLAB程序碰到OUT OF MEMORY的问题m ...

十分谢谢。。

madio

转一篇别人写的过于内存溢出问题的文章，里面介绍了一些基本的方法。
: H7 H) T5 D  EMATLAB程序碰到OUT OF MEMORY的问题

matlab程序碰到out of memory的问题真是让人崩溃的一件事情，程序是别人的，不能做大的改动，只能想办法增加内存。别人总结的可用的方法有：

1. 增加虚拟内存：右击我的电脑—属性--高级--性能设置--高级--虚拟内存更改，按自己电脑的硬盘在自定义大小里设置数字，然后再按设置-确定，然后重启。否则更改无效。

对XP，我发现即使增大虚拟内存到4G, matlab可用虚拟内存仍只有2G。仍然out of memory.

>> feature('memstats')
Physical Memory (RAM):
  h& S& F2 X9 c6 y6 O/ O3 i( V( wIn Use:                              611 MB (26364000)
Free:                               1428 MB (59418000)
( q+ ?8 m0 |0 K1 ETotal:                              2039 MB (7f77c000)
Page File (Swap space):
- k. _) z& p6 Y, GIn Use:                              470 MB (1d628000)
Free:                               4481 MB (118156000)
Total:                              4951 MB (13577e000)
Virtual Memory (Address Space):
3 n  ~6 t, y7 `( m& D8 B0 N% BIn Use:                              400 MB (190d3000)
Free:                               1647 MB (66f0d000)
Total:                              2047 MB (7ffe0000)
) L% h" d* J! aLargest Contiguous Free Blocks:
. l$ L3 K3 E/ @" t( B5 d# j- C0 l1. [at 20017000]                    675 MB (2a3f9000)
- K& v: Y4 H! @$ D2. [at 4b033000]                    253 MB ( fd8d000)
3. [at 18010000]                    127 MB ( 7ff0000)
4. [at 68ff7000]                     64 MB ( 4009000)
& u0 u1 Q/ F; Q5. [at 6d7c5000]                     56 MB ( 389b000)
- v: E" k! v$ d; |6. [at 62c29000]                     50 MB ( 3207000)
7. [at  d330000]                     44 MB ( 2ca0000)
8. [at 663dd000]                     41 MB ( 2983000)
( j  m7 b8 s7 T7 v2 ^5 q9. [at 60809000]                     36 MB ( 2417000)
3 `; s/ A- L" H8 |( o3 W3 e10. [at 5adf7000]                     35 MB ( 2379000)
5 \2 W) Y; @' _/ w1 ?! R, w" x======= ==========
1385 MB (569d4000)

对Vista系统，可能是因为我在第四步设置了命令3GB switche：可用最大虚拟内存是3G

>> feature('memstats')
1 @% `: S4 f+ Z8 k  f5 h% [
6 {5 Q8 j. P9 RPhysical Memory (RAM):
! E5 L. Y$ p" X: r$ \: X4 hIn Use:                             1082 MB (43a3a000)
Free:                               1467 MB (5bb96000)
Total:                              2549 MB (9f5d0000)
Page File (Swap space):
! U' G8 c$ Z- {- P3 F: c" eIn Use:                             1227 MB (4cbe3000)
Free:                               5315 MB (14c36e000)
& A3 k: ?  E3 K' J) \; |7 K$ F, D4 mTotal:                              6543 MB (198f51000)
# y0 p. k' {) y" m1 W- }3 oVirtual Memory (Address Space):
: \& v' l3 L4 y6 GIn Use:                              501 MB (1f5bf000)
+ Z( a% F/ {8 q4 K. G: X) BFree:                               2570 MB (a0a21000)
Total:                              3071 MB (bffe0000)
Largest Contiguous Free Blocks:
3 z) [, F% l$ g1 c1. [at 1b010000]                   1074 MB (432d0000)
2. [at 7fff0000]                   1023 MB (3ff9c000)
- p( @2 ~. g* ~( z! \. O) c. c3. [at 5e302000]                    227 MB ( e32e000)
% i" c0 P$ h( R2 q- z4. [at 7c41b000]                     50 MB ( 32d5000)
3 J7 u+ B6 \2 w* m6 i. b5. [at 6d857000]                     30 MB ( 1e09000)
, s' Q( r  a8 ?. Q! ^6. [at 6f66b000]                     21 MB ( 1595000)
7. [at 715c3000]                     20 MB ( 149d000)
8. [at 7a038000]                     18 MB ( 12f8000)
9. [at 739a6000]                     17 MB ( 114a000)
5 [8 k# U' N! A! t+ n10. [at 70c41000]                      9 MB (  94f000)
1 D5 U$ N: ]# h9 w======= ==========
2494 MB (9be3b000)

2. 采用PACK： 试了不管用

3. 条件允许的话采用64位系统：32位免谈

4. 采用3GB switch： 由于32位 Windows 操作系统的限制，每个进程只能使用最多 2GB 的虚拟内存地址空间，因此 Matlab 的可分配内存也受到相应的限制。Matlab 7.0.1 引进了新的内存管理机制，可以利用 Windows 的 3GB 开关，使用 3GB 开关启动的 Windows 每个进程可以在多分配 1 GB 的虚拟地址空间。我的笔记本是vista系统，台式机是XP系统。

1）对vista系统：Bcdedit 位于X:\Windows\system32\ "X:"为安装Vista的盘符，利用Bcdedit命令，可以自定义你的Vista启动管理项。使用命令: BCDEdit /set increaseuserva 3072 ，DOS界面显示操作成功，注意虚拟内存应设成大于3G，否则内存分配<3G。可在matlab里使用 system_dependent memstats或feature('memstats')命令查询。

2）对XP：右键单击我的电脑--->>属性--->>高级--->>启动和故障修复--->>设置--->>编辑--->>将最后一行multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS="Microsoft Windows XP Professional" 复制，在下一行粘贴，并将粘贴一行改为： multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS="Microsoft Windows XP Professional with 3GB switche" /3gb --->>存储--->>确定--->>重新启动计算机--->>在显示选择操作系统时，选择带有 3GB switche的一项--->>打开matlab。可是我设置完重启计算机，选择3GB switche的一项时，显示lsass.exe 应用程序错误，无法登陆！看来我的XP系统不支持3GB switche模式登录，因此matlab的可用虚拟内存不会超过2G。

9 t) Z: Q; ^7 C6 B' E/ l* I5. 优化程序，减少变量

# D( _8 M% [! B- O6. 如果必有必要，不要启动java虚拟机，采用matlab -nojvm启动

7. 关闭Matlab Server

5 z- X0 B6 H0 k, Y  l6 W3 ~% ?6 ]

0 v% R/ B/ d7 v% V7 c2 W

madio

这个问题我觉得既然3G模式可以跑起来，说明这个矩阵可以放进去了，但是跑了一段时间出现内存不足，说明中间变量过多了，我建议你不要用这个函数来求相关系数矩阵，毕竟这个相关系数矩阵数学上的算法很明确，你编一个循环程序来计算，每次只调用两个向量，用完了这个空间就被下一组向量占用，这样会省很大的空间。不要只依赖函数