与大稀疏矩阵的计算有关的内存错误问题

℡oメ心情浪子o

    从文件导入数据建立一个大于10000*5000的稀疏矩阵，然后用corrcoef()计算相关系数时，刚开始就不能跑起来，直接显示 out of memort，后来通过开启3G模式之后可以跑起来，但是跑了大概40分分钟之后显示相同的错误，错误信息如下：
; r3 F" S4 |' G. N( faaa=corrcoef(B)
Error using  ./
Out of memory. Type HELP MEMORY for your options.

0 ]# l$ t( K" r- ?
, E" e1 ]- }( N4 |) UError in cov (line 97)
( ]9 i$ {* Q5 e; n/ i# Q    xy = (xc' * xc) / (m-1);
8 A' f; K6 Z2 p; ]% q; y
6 A* S# v$ x, f( K9 f
Error in corrcoef>correl (line 209)
; c6 |9 N3 E" d) e3 B0 Z; Xr = cov(x);

/ q" D$ V, n, K) I0 m" @, u' R
Error in corrcoef (line 92)
! M. m, [5 M" n2 U1 `" g& Z2 l   r = correl(x);
怎么破，求大神！

℡oメ心情浪子o

madio 发表于 2013-10-3 18:16
" ]2 L( t# }/ f9 g  c转一篇别人写的过于内存溢出问题的文章，里面介绍了一些基本的方法。
MATLAB程序碰到OUT OF MEMORY的问题m ...

十分谢谢。。

madio

转一篇别人写的过于内存溢出问题的文章，里面介绍了一些基本的方法。
  n1 Y  G6 [* lMATLAB程序碰到OUT OF MEMORY的问题

matlab程序碰到out of memory的问题真是让人崩溃的一件事情，程序是别人的，不能做大的改动，只能想办法增加内存。别人总结的可用的方法有：

1. 增加虚拟内存：右击我的电脑—属性--高级--性能设置--高级--虚拟内存更改，按自己电脑的硬盘在自定义大小里设置数字，然后再按设置-确定，然后重启。否则更改无效。

对XP，我发现即使增大虚拟内存到4G, matlab可用虚拟内存仍只有2G。仍然out of memory.
, x6 u! C8 J, x5 n9 ~& c& S, ?

>> feature('memstats')
Physical Memory (RAM):
In Use:                              611 MB (26364000)
3 d- u, l# B3 ~, N7 VFree:                               1428 MB (59418000)
! _% `( R, ]9 b, ~0 J9 |7 _Total:                              2039 MB (7f77c000)
Page File (Swap space):
In Use:                              470 MB (1d628000)
Free:                               4481 MB (118156000)
5 ?( M6 @' n! c0 P3 `Total:                              4951 MB (13577e000)
Virtual Memory (Address Space):
In Use:                              400 MB (190d3000)
  P  {! o/ U+ R" j- TFree:                               1647 MB (66f0d000)
2 t% t9 Q1 M- w- S% c" kTotal:                              2047 MB (7ffe0000)
Largest Contiguous Free Blocks:
4 [* I& s) u/ s. F  S& I1. [at 20017000]                    675 MB (2a3f9000)
) V0 d0 A2 p- s. c' ]* P2. [at 4b033000]                    253 MB ( fd8d000)
3. [at 18010000]                    127 MB ( 7ff0000)
4. [at 68ff7000]                     64 MB ( 4009000)
! t: j7 j  q9 O7 I5 w0 ^5. [at 6d7c5000]                     56 MB ( 389b000)
6. [at 62c29000]                     50 MB ( 3207000)
7. [at  d330000]                     44 MB ( 2ca0000)
8. [at 663dd000]                     41 MB ( 2983000)
; ^3 p1 m+ {: y7 D' d' [+ H9. [at 60809000]                     36 MB ( 2417000)
% {" r7 q* E  n7 R; s10. [at 5adf7000]                     35 MB ( 2379000)
! e/ [4 o5 X# I5 m; ^# G4 w9 k======= ==========
3 o, j# n; C1 w1385 MB (569d4000)

对Vista系统，可能是因为我在第四步设置了命令3GB switche：可用最大虚拟内存是3G

>> feature('memstats')

Physical Memory (RAM):
% P9 I& L- \8 u8 q: uIn Use:                             1082 MB (43a3a000)
Free:                               1467 MB (5bb96000)
$ @6 S' @% |% n: XTotal:                              2549 MB (9f5d0000)
) Z. i# b" s5 m9 B. pPage File (Swap space):
In Use:                             1227 MB (4cbe3000)
& d2 C/ q8 s( A8 JFree:                               5315 MB (14c36e000)
  p, E6 B0 W1 S3 y, tTotal:                              6543 MB (198f51000)
Virtual Memory (Address Space):
8 S4 f. Z  `* H7 J. `& I$ ?In Use:                              501 MB (1f5bf000)
: ~) |/ o  A3 n4 w- G* lFree:                               2570 MB (a0a21000)
Total:                              3071 MB (bffe0000)
2 `2 }1 ^$ D* R4 ZLargest Contiguous Free Blocks:
* G" N* E4 u3 @  I1. [at 1b010000]                   1074 MB (432d0000)
2. [at 7fff0000]                   1023 MB (3ff9c000)
* n  _" x+ f1 n. m' k- Q3. [at 5e302000]                    227 MB ( e32e000)
1 _) V3 t  ~/ c& K& T' U8 H* ^8 J4. [at 7c41b000]                     50 MB ( 32d5000)
$ L8 ^1 T! w! ]5. [at 6d857000]                     30 MB ( 1e09000)
6. [at 6f66b000]                     21 MB ( 1595000)
7. [at 715c3000]                     20 MB ( 149d000)
8. [at 7a038000]                     18 MB ( 12f8000)
: F& j" L5 E  v( S1 D9. [at 739a6000]                     17 MB ( 114a000)
10. [at 70c41000]                      9 MB (  94f000)
2 l4 v# b. E3 f4 @" o======= ==========
$ J6 `0 a; Q. F, q2 _# g2494 MB (9be3b000)

2. 采用PACK： 试了不管用

3. 条件允许的话采用64位系统：32位免谈

8 n0 ^9 y0 C; q( i; L5 F8 J0 |4. 采用3GB switch： 由于32位 Windows 操作系统的限制，每个进程只能使用最多 2GB 的虚拟内存地址空间，因此 Matlab 的可分配内存也受到相应的限制。Matlab 7.0.1 引进了新的内存管理机制，可以利用 Windows 的 3GB 开关，使用 3GB 开关启动的 Windows 每个进程可以在多分配 1 GB 的虚拟地址空间。我的笔记本是vista系统，台式机是XP系统。

1）对vista系统：Bcdedit 位于X:\Windows\system32\ "X:"为安装Vista的盘符，利用Bcdedit命令，可以自定义你的Vista启动管理项。使用命令: BCDEdit /set increaseuserva 3072 ，DOS界面显示操作成功，注意虚拟内存应设成大于3G，否则内存分配<3G。可在matlab里使用 system_dependent memstats或feature('memstats')命令查询。

2）对XP：右键单击我的电脑--->>属性--->>高级--->>启动和故障修复--->>设置--->>编辑--->>将最后一行multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS="Microsoft Windows XP Professional" 复制，在下一行粘贴，并将粘贴一行改为： multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS="Microsoft Windows XP Professional with 3GB switche" /3gb --->>存储--->>确定--->>重新启动计算机--->>在显示选择操作系统时，选择带有 3GB switche的一项--->>打开matlab。可是我设置完重启计算机，选择3GB switche的一项时，显示lsass.exe 应用程序错误，无法登陆！看来我的XP系统不支持3GB switche模式登录，因此matlab的可用虚拟内存不会超过2G。

3 ]: h; P3 m$ N/ n& y5. 优化程序，减少变量

& Q2 [; ]' z) u$ E3 k: y! L+ l" ?6. 如果必有必要，不要启动java虚拟机，采用matlab -nojvm启动

7. 关闭Matlab Server

  g! c* F8 g  Y" N+ \' K
9 w% M1 t) U. ~' ]" C: [+ ]
8 M/ @! ~; d1 i. j
: B* g# E( R3 x, @0 X

madio

这个问题我觉得既然3G模式可以跑起来，说明这个矩阵可以放进去了，但是跑了一段时间出现内存不足，说明中间变量过多了，我建议你不要用这个函数来求相关系数矩阵，毕竟这个相关系数矩阵数学上的算法很明确，你编一个循环程序来计算，每次只调用两个向量，用完了这个空间就被下一组向量占用，这样会省很大的空间。不要只依赖函数