与大稀疏矩阵的计算有关的内存错误问题

℡oメ心情浪子o

    从文件导入数据建立一个大于10000*5000的稀疏矩阵，然后用corrcoef()计算相关系数时，刚开始就不能跑起来，直接显示 out of memort，后来通过开启3G模式之后可以跑起来，但是跑了大概40分分钟之后显示相同的错误，错误信息如下：
aaa=corrcoef(B)
Error using  ./
Out of memory. Type HELP MEMORY for your options.
! c7 T0 ]. [) @# K4 ~' t7 s

+ H( B. Y4 ]' r. h: ^+ m9 AError in cov (line 97)
" m0 d! h$ Y/ n) q& N0 d0 v1 P    xy = (xc' * xc) / (m-1);
# X! E( @* e, L
+ _' J! ?; a5 N
Error in corrcoef>correl (line 209)
r = cov(x);


Error in corrcoef (line 92)
1 a# @9 P5 j: O7 {4 W! R8 u0 `1 X   r = correl(x);
1 Y5 O; Y6 ~& B5 A怎么破，求大神！

madio

这个问题我觉得既然3G模式可以跑起来，说明这个矩阵可以放进去了，但是跑了一段时间出现内存不足，说明中间变量过多了，我建议你不要用这个函数来求相关系数矩阵，毕竟这个相关系数矩阵数学上的算法很明确，你编一个循环程序来计算，每次只调用两个向量，用完了这个空间就被下一组向量占用，这样会省很大的空间。不要只依赖函数

madio

转一篇别人写的过于内存溢出问题的文章，里面介绍了一些基本的方法。
( R/ F' U9 `8 W( y% gMATLAB程序碰到OUT OF MEMORY的问题

matlab程序碰到out of memory的问题真是让人崩溃的一件事情，程序是别人的，不能做大的改动，只能想办法增加内存。别人总结的可用的方法有：

1. 增加虚拟内存：右击我的电脑—属性--高级--性能设置--高级--虚拟内存更改，按自己电脑的硬盘在自定义大小里设置数字，然后再按设置-确定，然后重启。否则更改无效。

对XP，我发现即使增大虚拟内存到4G, matlab可用虚拟内存仍只有2G。仍然out of memory.

>> feature('memstats')
4 k+ T- L8 R3 Q" W$ j! L+ T8 ePhysical Memory (RAM):
In Use:                              611 MB (26364000)
Free:                               1428 MB (59418000)
: i6 q8 W) _  x% B, U$ T8 t% VTotal:                              2039 MB (7f77c000)
Page File (Swap space):
In Use:                              470 MB (1d628000)
Free:                               4481 MB (118156000)
& N% R) \6 E8 K9 `$ M. ATotal:                              4951 MB (13577e000)
Virtual Memory (Address Space):
: n# j; W) `7 W/ ]; cIn Use:                              400 MB (190d3000)
Free:                               1647 MB (66f0d000)
Total:                              2047 MB (7ffe0000)
0 P1 ^: k$ r$ }5 DLargest Contiguous Free Blocks:
& d& a$ g% [. B1. [at 20017000]                    675 MB (2a3f9000)
6 r! m  u/ J% g" U: Q0 h; W  V1 E6 _- U2. [at 4b033000]                    253 MB ( fd8d000)
% A. u+ s0 ^4 B4 t6 H1 d! X3. [at 18010000]                    127 MB ( 7ff0000)
4. [at 68ff7000]                     64 MB ( 4009000)
5. [at 6d7c5000]                     56 MB ( 389b000)
6. [at 62c29000]                     50 MB ( 3207000)
7. [at  d330000]                     44 MB ( 2ca0000)
3 T# f& \: M8 o, e2 ^* e% }3 C! Q8. [at 663dd000]                     41 MB ( 2983000)
/ e& W0 U2 L) k8 ]! B+ [: V! h9. [at 60809000]                     36 MB ( 2417000)
- `6 Z& c0 a; |10. [at 5adf7000]                     35 MB ( 2379000)
======= ==========
% E- V# D0 ]- l) C' W; U" t2 d1385 MB (569d4000)

对Vista系统，可能是因为我在第四步设置了命令3GB switche：可用最大虚拟内存是3G

>> feature('memstats')
- _7 g& H7 t5 y) n  W& `5 h/ E
Physical Memory (RAM):
In Use:                             1082 MB (43a3a000)
Free:                               1467 MB (5bb96000)
Total:                              2549 MB (9f5d0000)
5 B6 }% x" f" S5 @Page File (Swap space):
In Use:                             1227 MB (4cbe3000)
% l- J# P; l6 f" W; ~Free:                               5315 MB (14c36e000)
* ]( s. X6 {/ A5 [# n! V9 ], S0 LTotal:                              6543 MB (198f51000)
4 m* A5 U. ?/ w1 pVirtual Memory (Address Space):
In Use:                              501 MB (1f5bf000)
Free:                               2570 MB (a0a21000)
+ N  H, K' }" \$ eTotal:                              3071 MB (bffe0000)
Largest Contiguous Free Blocks:
8 ~; k) }6 C1 ^8 E2 J* z1. [at 1b010000]                   1074 MB (432d0000)
% v! S- q: D+ d. E9 v  j- Z2. [at 7fff0000]                   1023 MB (3ff9c000)
4 Z6 l5 \& z+ h, M1 T8 y# A3. [at 5e302000]                    227 MB ( e32e000)
4. [at 7c41b000]                     50 MB ( 32d5000)
5. [at 6d857000]                     30 MB ( 1e09000)
6. [at 6f66b000]                     21 MB ( 1595000)
. F& p# V5 u7 E( ^( r7. [at 715c3000]                     20 MB ( 149d000)
8 c- _& ~. f6 P& A8. [at 7a038000]                     18 MB ( 12f8000)
9. [at 739a6000]                     17 MB ( 114a000)
10. [at 70c41000]                      9 MB (  94f000)
======= ==========
2494 MB (9be3b000)

2. 采用PACK： 试了不管用

3. 条件允许的话采用64位系统：32位免谈

( ~6 Z* ?0 g  c1 n  @; A4. 采用3GB switch： 由于32位 Windows 操作系统的限制，每个进程只能使用最多 2GB 的虚拟内存地址空间，因此 Matlab 的可分配内存也受到相应的限制。Matlab 7.0.1 引进了新的内存管理机制，可以利用 Windows 的 3GB 开关，使用 3GB 开关启动的 Windows 每个进程可以在多分配 1 GB 的虚拟地址空间。我的笔记本是vista系统，台式机是XP系统。

1）对vista系统：Bcdedit 位于X:\Windows\system32\ "X:"为安装Vista的盘符，利用Bcdedit命令，可以自定义你的Vista启动管理项。使用命令: BCDEdit /set increaseuserva 3072 ，DOS界面显示操作成功，注意虚拟内存应设成大于3G，否则内存分配<3G。可在matlab里使用 system_dependent memstats或feature('memstats')命令查询。

2）对XP：右键单击我的电脑--->>属性--->>高级--->>启动和故障修复--->>设置--->>编辑--->>将最后一行multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS="Microsoft Windows XP Professional" 复制，在下一行粘贴，并将粘贴一行改为： multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS="Microsoft Windows XP Professional with 3GB switche" /3gb --->>存储--->>确定--->>重新启动计算机--->>在显示选择操作系统时，选择带有 3GB switche的一项--->>打开matlab。可是我设置完重启计算机，选择3GB switche的一项时，显示lsass.exe 应用程序错误，无法登陆！看来我的XP系统不支持3GB switche模式登录，因此matlab的可用虚拟内存不会超过2G。

5 J- {8 W2 q2 N) L. Z$ u7 k/ M5. 优化程序，减少变量

+ _) J4 l/ }2 ^  r6. 如果必有必要，不要启动java虚拟机，采用matlab -nojvm启动

7. 关闭Matlab Server

9 k* h7 V2 W7 q( s2 J5 o

℡oメ心情浪子o

madio 发表于 2013-10-3 18:16
% Y# K# @* b% ~8 z; C转一篇别人写的过于内存溢出问题的文章，里面介绍了一些基本的方法。
5 h/ a2 `" `7 t" X9 G  e. b8 G9 GMATLAB程序碰到OUT OF MEMORY的问题m ...

3 H# r) k0 i( M; g( w3 S' h# }, A" q十分谢谢。。