与大稀疏矩阵的计算有关的内存错误问题

℡oメ心情浪子o

    从文件导入数据建立一个大于10000*5000的稀疏矩阵，然后用corrcoef()计算相关系数时，刚开始就不能跑起来，直接显示 out of memort，后来通过开启3G模式之后可以跑起来，但是跑了大概40分分钟之后显示相同的错误，错误信息如下：
; O$ `7 p  R& O! @, _$ ^aaa=corrcoef(B)
) u, v& E, ~6 k4 M& s2 F7 q" }Error using  ./
Out of memory. Type HELP MEMORY for your options.


Error in cov (line 97)
    xy = (xc' * xc) / (m-1);
. [& N  y+ G7 R8 U3 ]% o

9 }  M) @" a, `) N- TError in corrcoef>correl (line 209)
7 \5 V1 |9 @' O) y: Z( }6 Vr = cov(x);

6 _  x9 F1 Y; T7 v! u% _# J
; d2 s8 U. g& u) M# ?Error in corrcoef (line 92)
! e+ Z- R' U! a- _6 ]   r = correl(x);
怎么破，求大神！

madio

这个问题我觉得既然3G模式可以跑起来，说明这个矩阵可以放进去了，但是跑了一段时间出现内存不足，说明中间变量过多了，我建议你不要用这个函数来求相关系数矩阵，毕竟这个相关系数矩阵数学上的算法很明确，你编一个循环程序来计算，每次只调用两个向量，用完了这个空间就被下一组向量占用，这样会省很大的空间。不要只依赖函数

madio

转一篇别人写的过于内存溢出问题的文章，里面介绍了一些基本的方法。
% ?- a: `* Y7 {0 z- eMATLAB程序碰到OUT OF MEMORY的问题

matlab程序碰到out of memory的问题真是让人崩溃的一件事情，程序是别人的，不能做大的改动，只能想办法增加内存。别人总结的可用的方法有：

1. 增加虚拟内存：右击我的电脑—属性--高级--性能设置--高级--虚拟内存更改，按自己电脑的硬盘在自定义大小里设置数字，然后再按设置-确定，然后重启。否则更改无效。

对XP，我发现即使增大虚拟内存到4G, matlab可用虚拟内存仍只有2G。仍然out of memory.
6 `0 l( a2 x2 `  Q

>> feature('memstats')
7 m  B+ G( C6 R3 J: l4 SPhysical Memory (RAM):
In Use:                              611 MB (26364000)
) A  U* _5 J  c" [3 f* ZFree:                               1428 MB (59418000)
Total:                              2039 MB (7f77c000)
/ P& g: m. @6 |' X  `Page File (Swap space):
% r4 s5 ~, g0 c0 q$ e8 eIn Use:                              470 MB (1d628000)
Free:                               4481 MB (118156000)
  n( A& M  K9 |" j$ K/ I& rTotal:                              4951 MB (13577e000)
Virtual Memory (Address Space):
% X& a5 t$ o) D& A& w( A% R; YIn Use:                              400 MB (190d3000)
Free:                               1647 MB (66f0d000)
Total:                              2047 MB (7ffe0000)
Largest Contiguous Free Blocks:
1. [at 20017000]                    675 MB (2a3f9000)
" l8 S2 g9 i0 s5 `; x0 X2. [at 4b033000]                    253 MB ( fd8d000)
3. [at 18010000]                    127 MB ( 7ff0000)
4. [at 68ff7000]                     64 MB ( 4009000)
3 e) l" i9 ?; A6 m* O- f$ i5. [at 6d7c5000]                     56 MB ( 389b000)
6. [at 62c29000]                     50 MB ( 3207000)
7. [at  d330000]                     44 MB ( 2ca0000)
8 B  f# {) j5 ?8. [at 663dd000]                     41 MB ( 2983000)
9. [at 60809000]                     36 MB ( 2417000)
" `, L) @( X; V& }: M' C10. [at 5adf7000]                     35 MB ( 2379000)
======= ==========
* o6 X! U# S+ W! d( S' \1385 MB (569d4000)

对Vista系统，可能是因为我在第四步设置了命令3GB switche：可用最大虚拟内存是3G

>> feature('memstats')

1 ]) m) j2 ~) J  ]- R8 qPhysical Memory (RAM):
. x: V- @7 L3 m5 A# \In Use:                             1082 MB (43a3a000)
Free:                               1467 MB (5bb96000)
Total:                              2549 MB (9f5d0000)
1 E6 ]1 l4 e" R/ LPage File (Swap space):
In Use:                             1227 MB (4cbe3000)
Free:                               5315 MB (14c36e000)
Total:                              6543 MB (198f51000)
- H+ i0 A! J/ c1 M+ M  Y# V" AVirtual Memory (Address Space):
  C( ?4 y( w6 l: }7 C+ OIn Use:                              501 MB (1f5bf000)
: y0 h0 I+ X' x, M3 NFree:                               2570 MB (a0a21000)
Total:                              3071 MB (bffe0000)
6 U7 L8 E* {! S. W/ sLargest Contiguous Free Blocks:
: K1 h% a/ X/ T, p1. [at 1b010000]                   1074 MB (432d0000)
: g- |% u, K2 M% |/ m2. [at 7fff0000]                   1023 MB (3ff9c000)
3. [at 5e302000]                    227 MB ( e32e000)
1 p; H, Q6 \. N0 l* d7 ]4. [at 7c41b000]                     50 MB ( 32d5000)
5. [at 6d857000]                     30 MB ( 1e09000)
3 c8 d8 j0 Y6 `! `; m) q+ P; \  _" n6. [at 6f66b000]                     21 MB ( 1595000)
7. [at 715c3000]                     20 MB ( 149d000)
! K/ g+ L4 i7 J8. [at 7a038000]                     18 MB ( 12f8000)
9. [at 739a6000]                     17 MB ( 114a000)
10. [at 70c41000]                      9 MB (  94f000)
6 g& ]3 k5 T/ ~0 c1 Z+ a, W======= ==========
2 u' v2 N, }; E' ]6 Q& x6 _! b2494 MB (9be3b000)

2. 采用PACK： 试了不管用

" N$ \+ _' g1 x; [3. 条件允许的话采用64位系统：32位免谈

7 v2 L) W) I' D: K) S. I! ]4. 采用3GB switch： 由于32位 Windows 操作系统的限制，每个进程只能使用最多 2GB 的虚拟内存地址空间，因此 Matlab 的可分配内存也受到相应的限制。Matlab 7.0.1 引进了新的内存管理机制，可以利用 Windows 的 3GB 开关，使用 3GB 开关启动的 Windows 每个进程可以在多分配 1 GB 的虚拟地址空间。我的笔记本是vista系统，台式机是XP系统。

1）对vista系统：Bcdedit 位于X:\Windows\system32\ "X:"为安装Vista的盘符，利用Bcdedit命令，可以自定义你的Vista启动管理项。使用命令: BCDEdit /set increaseuserva 3072 ，DOS界面显示操作成功，注意虚拟内存应设成大于3G，否则内存分配<3G。可在matlab里使用 system_dependent memstats或feature('memstats')命令查询。

2）对XP：右键单击我的电脑--->>属性--->>高级--->>启动和故障修复--->>设置--->>编辑--->>将最后一行multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS="Microsoft Windows XP Professional" 复制，在下一行粘贴，并将粘贴一行改为： multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS="Microsoft Windows XP Professional with 3GB switche" /3gb --->>存储--->>确定--->>重新启动计算机--->>在显示选择操作系统时，选择带有 3GB switche的一项--->>打开matlab。可是我设置完重启计算机，选择3GB switche的一项时，显示lsass.exe 应用程序错误，无法登陆！看来我的XP系统不支持3GB switche模式登录，因此matlab的可用虚拟内存不会超过2G。

5. 优化程序，减少变量

6. 如果必有必要，不要启动java虚拟机，采用matlab -nojvm启动

- k6 t8 @& k5 V8 U+ X3 X3 Y* d: n' I7. 关闭Matlab Server

$ O9 Z3 V: }, _
+ Q$ M( U: o4 G8 j# K# p  [

℡oメ心情浪子o

madio 发表于 2013-10-3 18:16
转一篇别人写的过于内存溢出问题的文章，里面介绍了一些基本的方法。
MATLAB程序碰到OUT OF MEMORY的问题m ...

; k1 ^$ b7 @. W! C十分谢谢。。